New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5982220 = | 53 (0.960) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 5.0% | coding (2865/5049 nt) | PP_5242 | GAF domain‑containing sensor histidine kinase |
? | NC_002947 | 5982264 = | 63 (1.190) | coding (2909/5049 nt) | PP_5242 | GAF domain‑containing sensor histidine kinase |
TTGTCGCTACTGCACGGCGTTGCCCCTGGCAGCACCTACGGCATGGCCTGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGATGAGCTGCTATGCCTGCAACCAC > NC_002947/5982074‑5982367 | ttGTCGCTACTGCACGGCGTTGCCCCTGGCAGCACCTACGGCATGGCCTGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGc > 3:154134/1‑149 (MQ=255) gtccggcaggtagcggcccatgaacagcgaatctgaaaccaggtggttgcaggcatagcagctcatcgccaggtcaccgctcaggcgcgccgagtcgaccgcgtccagcgcggtacgtcgggcgaattccatgggcgaggtccaggcgc < 6:292375‑M1/3‑1 (MQ=255) gcagcaCCTACGGCATGGCCTGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCt < 8:193689/148‑1 (MQ=255) gcagcaCCTACGGCATGGCCTGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTg > 1:252394/1‑149 (MQ=255) agcaCCTACGGCATGGCCTGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGa > 1:18180/1‑149 (MQ=255) agcaCCTACGGCATGGCCTGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGa > 6:104487/1‑149 (MQ=255) caCCTACGGCATGGCCTGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATc < 2:18180/149‑1 (MQ=255) tACGGCATGGCCTGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTg < 3:245559/141‑1 (MQ=255) tACGGCATGGCCTGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTg > 4:245559/1‑141 (MQ=255) tggttgcaggcatagcagctcatcgccaggtcaccgctcaggcgcgccgagtcgaccgcgtccagcgcggtacgtcgggcgaattccatgggcgaggtccaggCGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGcc > 5:98090‑M1/104‑149 (MQ=255) gCCTGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCt < 2:130137/148‑1 (MQ=255) cTGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGTCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGa < 5:282098/149‑1 (MQ=255) tGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGAc > 8:322094/1‑149 (MQ=255) gTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCt > 4:322279/1‑149 (MQ=255) cGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGc < 7:152267/149‑1 (MQ=255) cGAGCGTTTTGGCTCTTACCATTATGGCCATGCGTGTTGACTGGCCGCGCTCAAGCTGATCCCACGGCACCGGTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTCGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGccc < 7:151464/149‑1 (MQ=255) cGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCgctg > 7:172538/1‑100 (MQ=255) cGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCgctg < 8:172538/100‑1 (MQ=255) cGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGccc > 8:315569/1‑149 (MQ=255) cGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGccc > 6:189154/1‑149 (MQ=255) gCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGAc < 7:322094/149‑1 (MQ=255) cgcTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTGCCgcgc < 3:322279/149‑1 (MQ=255) cgcTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCgcgc > 3:69365/1‑149 (MQ=255) cTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTAcc < 7:278364/143‑1 (MQ=255) cTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTAcc > 8:278364/1‑143 (MQ=255) aCCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGAc > 7:295201/1‑149 (MQ=255) ccATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGAc < 8:295201/148‑1 (MQ=255) ccATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCCGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCa > 8:135890/1‑96 (MQ=255) ccATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCCGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCa < 7:135890/96‑1 (MQ=255) cATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCa < 5:223241/100‑1 (MQ=255) cATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCa > 6:223241/1‑100 (MQ=255) cATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGcc < 2:47035/129‑1 (MQ=255) tgatgGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATg > 3:229105/1‑118 (MQ=255) tgatgGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATg < 4:229105/118‑1 (MQ=255) tgatgGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCgg < 7:4742/149‑1 (MQ=255) gatgGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGt < 7:315569/149‑1 (MQ=255) atgGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTc < 5:104487/149‑1 (MQ=255) cTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGgcgc < 3:117632/149‑1 (MQ=255) gTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGgcgcgc > 3:39042/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCt > 8:101556/1‑147 (MQ=255) tGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGc > 8:149199/1‑93 (MQ=255) tGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGc < 7:149199/93‑1 (MQ=255) aaGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGc < 7:101556/149‑1 (MQ=255) gCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGa > 3:310719/1‑149 (MQ=255) cTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGa > 7:179424/1‑96 (MQ=255) cTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGa < 8:179424/96‑1 (MQ=255) aTCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGATGa < 4:69365/148‑1 (MQ=255) gAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGAt < 7:77765/143‑1 (MQ=255) gAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGAt > 8:77765/1‑143 (MQ=255) gAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGATGAgctg > 2:162917/1‑149 (MQ=255) atgggcgaggtccaggCGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATc < 6:148885‑M1/35‑1 (MQ=255) atgggcgaggtccaggCGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATc > 5:148885‑M1/17‑51 (MQ=255) gCAGGGTTTCGACGGTGTTCTGACCAGGGCGGTGCTGGCCCTGGATAAGGTCAGGGCCTGGACCTCGCCCATGTAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGATGAg < 6:230265/141‑1 (MQ=255) gCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACcgcg > 6:251148/1‑94 (MQ=255) gCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACcgcg < 5:251148/94‑1 (MQ=255) gCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCTCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGATGAg > 5:230265/1‑141 (MQ=255) tttCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGATGAGCTGCTATGCCTGc > 7:163910/1‑148 (MQ=255) tttCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGATGAGCTGCTATGCCTGc > 3:307135/1‑148 (MQ=255) ttCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGAACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGATGAGCTGCTATGCCTGCaa > 6:52134/1‑149 (MQ=255) tCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGATGAGCTGCTATGCCTGCaa < 5:189154/148‑1 (MQ=255) gACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGAcgcg > 6:62940/1‑93 (MQ=255) gACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGAcgcg < 5:62940/93‑1 (MQ=255) gACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGATGAGCTGCTATGCCTGCAacca > 1:285202/1‑149 (MQ=255) aCGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGAc < 2:346064/119‑1 (MQ=255) aCGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGAc > 1:346064/1‑119 (MQ=255) aCGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGAACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGATGAGCTGCTATGCCTGCAaccac < 5:52134/149‑1 (MQ=255) | TTGTCGCTACTGCACGGCGTTGCCCCTGGCAGCACCTACGGCATGGCCTGGTACGGCGTGATGATTGCCGAGCGTTTTGGCGCTTACCATGATGGCCATGCCTGTTGCCTGGCCGCGCTCAAGCTGATCGAACGGCACGGTTTCGACGCTGATCTGACCAGCGCGCTGCTGGCCCTGGATCAGGTCAGCGCCTGGACCTCGCCCATGGAATTCGCCCGACGTACCGCGCTGGACGCGGTCGACTCGGCGCGCCTGAGCGGTGACCTGGCGATGAGCTGCTATGCCTGCAACCAC > NC_002947/5982074‑5982367 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |