New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 284096 = | 41 (0.740) | 7 (0.130) | 6/242 | NT | 14.6% | coding (1547/2004 nt) | betT‑II | choline/carnitine/betaine transporter |
? | NC_002947 | 284148 = | 43 (0.820) | coding (1599/2004 nt) | betT‑II | choline/carnitine/betaine transporter |
GCTGCCGTTCTCGCTCATTCTGCTGTGCATGATGTGGGGGCTGCACAAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTGGTACTGATTACCCAGGACGACCCTAGCCATG > NC_002947/284004‑284290 | gCTGCCGTTCTCGCTCATTCTGCTGTGCATGATGTGGGGGCTGCACAAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGAGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCt > 5:331491/1‑147 (MQ=255) gTTCTCGCTCATTCTGCTGTGCATGATGTGGGGGCTGCACAAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCCCGGCGTGGTCGTGGCGGCAGGCCCCACCGCCTGAGCCAgg > 7:262872/1‑149 (MQ=255) ttCTCGCTCATTCTGCTGTGCATGATGTGGGGGCTGCACAAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAgg > 4:111425/1‑148 (MQ=255) ctcGCTCATTCTGCTGTGCATGATGTGGGGGCTGCACAAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCa < 6:331491/148‑1 (MQ=255) tcGCTCATTCTGCTGTGCATGATGTGGGGGCTGCACAAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAg < 1:1994/140‑1 (MQ=255) tcGCTCATTCTGCTGTGCATGATGTGGGGGCTGCACAAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAg > 2:1994/1‑140 (MQ=255) ctgTGCATGATGTGGGGGCTGCACAAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTccc < 2:99900/146‑1 (MQ=255) atgatgTGGGGGCTGCACAAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGtga < 5:271240/149‑1 (MQ=255) atgatgTGGGGGCTGCACAAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGtga > 1:217761/1‑149 (MQ=255) acaAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTAc < 6:46790/143‑1 (MQ=255) acaAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTAc > 5:46790/1‑143 (MQ=255) ggCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATgg < 6:182408/149‑1 (MQ=255) ccTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATgtgg > 3:50570/1‑149 (MQ=255) cTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGgatgat < 2:197472/144‑1 (MQ=255) cTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATgtggt > 5:317424/1‑149 (MQ=255) cTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGACACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGgatgat > 1:197472/1‑144 (MQ=255) gCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCgg > 1:352680/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGTTGAGGTGTACCGCGGGATGGATGATGTGGTGCGCCCGGc > 4:28203/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGc > 8:182265/1‑149 (MQ=255) cAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGc < 2:352680/149‑1 (MQ=255) aGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGcc < 2:217761/149‑1 (MQ=255) aGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGcc < 3:111425/149‑1 (MQ=255) gcgcAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGAtgtg < 6:13120/126‑1 (MQ=255) gcgcAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGAtgtg > 5:13120/1‑126 (MQ=255) gcAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGc < 6:317424/149‑1 (MQ=255) gCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAg > 5:277089/1‑149 (MQ=255) tCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGtt > 3:188518/1‑149 (MQ=255) cgctggcgccagccgccacgaccacgacgtgactgggcgaacggggccagcgCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTc > 5:229759‑M2/53‑149 (MQ=255) gctggcgccagccgccacgaccacgacgtgactgggcgaacggggccagcgCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTTGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAgt > 7:248763‑M2/52‑144 (MQ=255) gctggcgccagccgccacgaccacgacgtgactgggcgaacggggccagcgCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTTGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAgt < 8:248763‑M2/93‑1 (MQ=255) gctggcgccagccgccacgaccacgacgtgactgggcgaacggggccagcgCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGAt < 7:18442‑M2/82‑1 (MQ=255) gctggcgccagccgccacgaccacgacgtgactgggcgaacggggccagcgCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGAt > 8:18442‑M2/52‑133 (MQ=255) GCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCg < 2:324317‑M1/149‑1 (MQ=255) GCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCg < 3:257019‑M1/149‑1 (MQ=255) ctggcgccagccgccacgaccacgacgtgactgggcgaacggggccagcgCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCg < 7:88517‑M2/98‑1 (MQ=255) ctggcgccagccgccacgaccacgacgtgactgggcgaacggggccagcgCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCg > 8:88517‑M2/51‑148 (MQ=255) cccGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGc > 8:118680/1‑131 (MQ=255) cccGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGc < 7:118680/131‑1 (MQ=255) cccGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAg > 3:265581/1‑148 (MQ=255) cGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCATGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCTAGTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGc < 5:120790/148‑1 (MQ=255) gCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGcc < 1:324317/148‑1 (MQ=255) cccAGTCCCGGCGTGGTCGTGGCGGCAGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTg < 4:257019/149‑1 (MQ=255) cccAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTg < 6:70910/149‑1 (MQ=255) ccAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTgg > 5:169990/1‑149 (MQ=255) tCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTGGTACt > 3:269472/1‑149 (MQ=255) aCGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTGGTACTg < 6:277089/148‑1 (MQ=255) gtcgtggtcgtgGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTGGTACTGAt > 7:310072/1‑148 (MQ=255) gtcgtggtcgtgGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTGGTACTGAt > 5:4374/1‑148 (MQ=255) cgtggtcgtggCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGtt > 7:177793/1‑122 (MQ=255) cgtggtcgtggCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGtt < 8:177793/122‑1 (MQ=255) gtggCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACGGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCTGTAAGGCCTGGTACTGATTTCCCAGgac > 7:157792/1‑149 (MQ=255) ggcggcTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGaa > 4:7325/1‑108 (MQ=255) ggcggcTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGaa < 3:7325/108‑1 (MQ=255) tGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCACGGCGATTGCCTATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTGGTACTGATTACCCAGGACGACCCTAg > 7:31173/1‑149 (MQ=255) gcgcCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTGGTACTGATTACCCAGGACGACCCTAGc > 2:46718/1‑148 (MQ=255) cgcCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTGGTACTGATTACCCAGGACGACCCTAGCCa < 5:314751/149‑1 (MQ=255) gccagcgCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTGGTACTGATTACCCAGGACGACCCTAGCCAt > 1:234304‑M2/8‑149 (MQ=255) ccagcgCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTGGTACTGATTACCCAGGACGACCCTAGCCATg < 2:234304‑M2/143‑1 (MQ=255) | GCTGCCGTTCTCGCTCATTCTGCTGTGCATGATGTGGGGGCTGCACAAGGCGTTCTACCTGGAGTCGCAGCGGCAGATCGCGCAGATGCACTCGCTGGCCCCGTTCGCCCAGTCACGTCGTGGTCGTGGCGGCTGGCGCCAGCGCCTGAGCCAGGCAGTGCACTTCCCGTCGCGTGATGAGGTGTACCGCTTCATGGATGATGTGGTGCGCCCGGCGATTGCCGATGTGCGTGAAGTGTTCGAGCAGAAAGGCCTGGTACTGATTACCCAGGACGACCCTAGCCATG > NC_002947/284004‑284290 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |