New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 341039 | 53 (0.960) | 5 (0.090) | 4/244 | NT | 8.8% | coding (68/177 nt) | PP_5438 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 341063 | 53 (1.000) | coding (44/177 nt) | PP_5438 | hypothetical protein |
ATAGCGGCATTATGACGGCCAACAGGGTCGCCGGGGACTGGGGGCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATT > NC_002947/340921‑341207 | aTAGCGGCATTATGACGGCCAACAGGGTCGCCGGGGACTGGGGGCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGAtggtgc < 2:223475‑M2/149‑7 (MQ=255) gCGGCATTATGACGGCCAACAGGGTCGCCGGGGACTGGGGGCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGAtggtgacag < 5:105069‑M2/149‑10 (MQ=255) ctttATGACGGCCAACAGGGTCGCCGGGGACTGGGGGCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCttt < 7:235299/147‑1 (MQ=255) aTTATGACGGCCAACAGGGGCGCCGGGGACTGGGGGCGCTGGTGGGGCAGTTGGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCATATGGCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTg < 2:59627/149‑1 (MQ=255) cGGCCAACAGGGTCGCCGGGGACTGGGGGCGCTGGTGGGGGAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATGCAAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCgg < 1:223475/148‑1 (MQ=255) ccAACAGGGTCGCCGGGGACTGGGGGCACTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCAt < 8:147197/149‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGCCGGGGACTGGGGGCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATg > 8:176978/1‑148 (MQ=255) aCAGGGTCGCCGGGGACTGGGGGCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCgg < 6:131635/141‑1 (MQ=255) aCAGGGTCGCCGGGGACTGGGGGCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCgg > 5:131635/1‑141 (MQ=255) cAGGGTCGCCGGGGACTGGGGGCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATgg > 1:13419/1‑147 (MQ=255) ccGGGGACTGGGGGCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGtttt < 2:13419/149‑1 (MQ=255) gggggCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGAc < 5:75062/143‑1 (MQ=255) gggggCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGAc > 6:75062/1‑143 (MQ=255) ggggCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTg < 5:43112/148‑1 (MQ=255) ggggCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTg < 7:139855/148‑1 (MQ=255) ggCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAg > 8:256070/1‑149 (MQ=255) ggCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAg < 7:176978/149‑1 (MQ=255) gcgcTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAgg > 4:112745/1‑149 (MQ=255) gCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTg > 4:61760/1‑103 (MQ=255) gCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTg < 3:61760/103‑1 (MQ=255) cAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGAc < 3:112745/149‑1 (MQ=255) gTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCt > 6:273569/1‑149 (MQ=255) gTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGa < 2:188517/120‑1 (MQ=255) gTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGa > 1:188517/1‑120 (MQ=255) gCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGAc > 6:251104/1‑118 (MQ=255) gCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGAc < 5:251104/118‑1 (MQ=255) aTCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGt > 3:5206/1‑149 (MQ=255) cTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCg > 4:141248/1‑132 (MQ=255) cTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCg < 3:141248/132‑1 (MQ=255) cAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTaa < 7:256070/147‑1 (MQ=255) gCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACggg < 8:126638/149‑1 (MQ=255) cGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACGCATTGGAGGGGTAAACCCGACGTTTTGCCAGTGCTAACGGGt > 6:287569/1‑149 (MQ=255) cGTCGCGCAGATGTCCTCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCAcc < 4:5206/149‑1 (MQ=255) cAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAAt > 3:239345/1‑149 (MQ=255) tCCGCGAAGGAGTCGCCCAGCACCAGAGCCTAGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAACCCCGACCTTTTGCCAGAGCTAACGGGTTCACCCACTAATGCCATg > 5:247147/1‑149 (MQ=255) cgcgAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGt < 3:138588/99‑1 (MQ=255) cgcgAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGt > 4:138588/1‑99 (MQ=255) tCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGTAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCGCGAATGCCa > 5:332375/1‑135 (MQ=255) tCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGTAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCGCGAATGCCa < 6:332375/135‑1 (MQ=255) gCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAg < 5:273569/148‑1 (MQ=255) ccAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGAtggtgctgggcgacaccttcgcggacatctgcgcgacgttacgctgtagcgatgcgacaaactgccccaccagcgccccccgtccccggcgaccctgttggccgtcataatgccg < 4:30140‑M2/148‑116 (MQ=255) ccAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGAtggtgctgggcgacaccttcgcggacatctgcgcgacgttacgctgtagcgatgcgacaaactgccccaccagcgccccccgtccccggcgaccctgttggccgtcataatgccg > 3:30140‑M2/1‑33 (MQ=255) ccAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGAtggtgctgggcgacaccttcgcggacatctgcgcgacgttacgctgtagcgatgcgacaaactgccccaccagcgcccccagtccccggcgaccctgttggccgtcataatgccgc < 5:243121‑M2/149‑117 (MQ=255) ccAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGtt > 6:130717/1‑149 (MQ=255) ccAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGtt > 2:67814/1‑149 (MQ=255) ccAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTCCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGtt > 6:81621/1‑149 (MQ=255) cAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGAtggtgctgggcgacaccttcgcggacatctgcgcgacgttacgctgtagcgatgcgacaaactgccccaccagcgcccccagtccccggcgaccctgttggccgtcataatgccgc < 3:217028‑M2/148‑117 (MQ=255) cAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGt > 5:38309/1‑114 (MQ=255) cAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGt < 6:38309/114‑1 (MQ=255) cAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCa > 8:33395/1‑149 (MQ=255) gatg‑aAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACaa > 7:190357/1‑129 (MQ=255) gatg‑aAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACaa < 8:190357/129‑1 (MQ=255) atg‑aAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGAcc < 7:296082/56‑1 (MQ=255) atg‑aAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGAcc > 8:296082/1‑56 (MQ=255) atg‑aAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCa < 7:33395/148‑1 (MQ=255) aaaaaaGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATATTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACttt > 2:258152/1‑149 (MQ=255) aaaaaGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACtttt > 5:313024/1‑149 (MQ=255) aaGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCTGCTGATGGTAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTgg < 4:239345/149‑1 (MQ=255) aaGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTgg < 5:130717/149‑1 (MQ=255) gcgcGAtggtgctgggcgacaccttcgcggacatctgcgcgacgttacgctgtagcgatgcgacaaactgccccaccagcgcccccagtccccggcgaccctgttggccgtcataatgccgctatgctagcttggcgcacgccaggaag > 4:217028‑M2/1‑6 (MQ=255) gcgATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCAtt > 3:312948/1‑148 (MQ=255) aTGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGc < 5:218573/69‑1 (MQ=255) aTGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGc > 6:218573/1‑69 (MQ=255) | ATAGCGGCATTATGACGGCCAACAGGGTCGCCGGGGACTGGGGGCGCTGGTGGGGCAGTTTGTCGCATCGCTACAGCGTAACGTCGCGCAGATGTCCGCGAAGGTGTCGCCCAGCACCAGAGCCTTGATG‑AAAAAAGGCGCGATGGTGCCAGCTTTGGCCGGCTCATGGAAGCTGTTTTGACCCATTGGAGGGGTAAACCCGACCTTTTGCCAGTGCTAACGGGTTCACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATT > NC_002947/340921‑341207 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |