New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3511889 = | 52 (0.940) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 5.6% | coding (557/4158 nt) | PP_3108 | rhs family protein |
? | NC_002947 | 3511940 = | 50 (0.920) | coding (608/4158 nt) | PP_3108 | rhs family protein |
ACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGCTGATCCCCGATGAAATCGACTTCAGC > NC_002947/3511793‑3512085 | atcTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGGGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGGCATGCCTTGCGCCCTGaa < 8:313159/146‑1 (MQ=255) ggggttgccgaccaggccgccgatagccttgcgggccacgggttcgaccacataacggctggccacctcaccggcgacgaagccggccgtgaactTCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGt < 3:54572‑M1/54‑1 (MQ=255) ccTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGt > 4:188037/1‑149 (MQ=255) gttgccgaccaggccgccgatagccttgcgggccacgggttcgaccacataacggctggccacctcaccggcgacgaagccggccgtgaactTCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCa > 4:54572‑M1/93‑149 (MQ=255) ttgccgaccaggccgccgatagccttgcgggccacgggttcgaccacataacggctggccacctcaccggcgacgaagccggccgtgaactTCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCAc > 6:282465‑M1/92‑149 (MQ=255) ccGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCAcg > 5:343857/1‑149 (MQ=255) cGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCAcgg > 6:57086/1‑149 (MQ=255) aCGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCAcggccggc < 6:343857/149‑1 (MQ=255) aTGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTtc < 1:134129/149‑1 (MQ=255) tCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGcc > 1:155712/1‑149 (MQ=255) tCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGcc > 3:76607/1‑149 (MQ=255) ccGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCgg > 7:78654/1‑149 (MQ=255) tGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAgg < 4:178436/148‑1 (MQ=255) tGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGt < 4:15502/149‑1 (MQ=255) gCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTgg > 8:56471/1‑149 (MQ=255) cgcACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCAcggccgg > 1:216918/1‑125 (MQ=255) cgcACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCAcggccgg < 2:216918/125‑1 (MQ=255) cgcACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGcc < 2:200934/147‑1 (MQ=255) caccacCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGcc < 3:188037/149‑1 (MQ=255) caccacCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGcc < 5:57086/149‑1 (MQ=255) cGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTAtg > 7:98576/1‑149 (MQ=255) gATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGt < 2:155712/149‑1 (MQ=255) cTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAAcc > 2:247800/1‑149 (MQ=255) tGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAAccc > 5:68574/1‑149 (MQ=255) tGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAAccc > 7:5391/1‑149 (MQ=255) aTGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGt < 1:247800/149‑1 (MQ=255) ggCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCAc > 3:14056/1‑96 (MQ=255) ggCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCAc < 4:14056/96‑1 (MQ=255) cATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGccc < 8:78654/149‑1 (MQ=255) ccGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAg < 5:46930/149‑1 (MQ=255) cGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAgg > 3:287951/1‑149 (MQ=255) gCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCggcggc < 4:76607/149‑1 (MQ=255) gCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCggcggc < 8:5391/149‑1 (MQ=255) gCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCggcggc < 6:188213/149‑1 (MQ=255) aTCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTAtgtg < 1:50836/111‑1 (MQ=255) aTCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCATTAAGTTCACGGCCGGATTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTAtttg > 2:50836/1‑111 (MQ=255) gtgaacttcagggcgcaaggcatgacggctttcatgccggcctgggtacccgccttgaAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCaa > 6:282465‑M2/59‑149 (MQ=255) cAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCaa > 1:283052/1‑149 (MQ=255) tgaacttcagggcgcaaggcatgacggctttcatgccggcctgggtacccgccttgaAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAAc > 4:54572‑M2/58‑149 (MQ=255) aGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCaa > 4:211628/1‑124 (MQ=255) aGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCaa < 3:211628/124‑1 (MQ=255) aGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAAc > 5:242945/1‑149 (MQ=255) gCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAAcc < 6:242945/149‑1 (MQ=255) tGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCCGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAAcccc > 1:112535/1‑149 (MQ=255) acttcagggcgcaaggcatgacggctttcatgccggcctgggtacccgccttgaAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAAcccc < 3:54572‑M2/95‑1 (MQ=255) gATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCg > 5:32793/1‑149 (MQ=255) gATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCg > 5:27564/1‑149 (MQ=255) aGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTc > 8:26227/1‑146 (MQ=255) aGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTc < 7:26227/146‑1 (MQ=255) ggTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCac > 5:304898/1‑149 (MQ=255) ggCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGcc < 6:304898/149‑1 (MQ=255) ccGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCg > 4:350566/1‑148 (MQ=255) aaggCATGACGGCTTTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAg < 5:145554/99‑1 (MQ=255) aaggCATGACGGCTTTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAg > 6:145554/3‑101 (MQ=255) cATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGc < 8:98576/149‑1 (MQ=255) aaaGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGCTGa < 6:68574/148‑1 (MQ=255) gCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGCTGATCCCCGATGaaa > 2:263585/1‑149 (MQ=255) ccTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGCTGATCCCCGATGAAAt > 5:176599/1‑149 (MQ=255) tgaAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGCTGATCCCCGATGAAATCGACTTCAGc > 7:195903‑M2/4‑149 (MQ=255) tgaAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGCTGATCCCCGATGAAATCGACTTCAGc > 4:283161‑M2/4‑149 (MQ=255) tgaAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTCGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGTCGGGCCGCAAGCTGATGCCCGATAAAATCGACTTCAGc > 7:74804‑M2/4‑149 (MQ=255) | ACCTGCCCGTGGACGATGAAGTCCCGGAGTGGCTGCGCACCACCGTGGATGTGCTGATGGCCATCGCCGGTGCCGCAGGCGGTATCGCCCAGCTGATCAAGGCGGGTACCCAGGCCGGCATGAAAGCCGTCATGCCTTGCGCCCTGAAGTTCACGGCCGGCTTCGTCGCCGGTGAGGTGGCCAGCCGTTATGTGGTCGAACCCGTGGCCCGCAAGGCTATCGGCGGCCTGGTCGGCAACCCCGTCGACCTCACGACGGGCCGCAAGCTGATCCCCGATGAAATCGACTTCAGC > NC_002947/3511793‑3512085 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |