New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3522702 = | 60 (1.080) | 5 (0.100) | 5/226 | NT | 11.6% | intergenic (+489/‑208) | PP_5584/PP_3113 | hypothetical protein/transposase |
? | NC_002947 | 3522789 = | 23 (0.470) | intergenic (+576/‑121) | PP_5584/PP_3113 | hypothetical protein/transposase |
GCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGAGCTCGCCGACCATGA > NC_002947/3522641‑3522913 | gCAGCGGGGCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCTCC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCa < 1:37803/149‑1 (MQ=255) gCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGc < 7:80229/149‑1 (MQ=255) gggTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCCAGGCCCATGGCATCGGCATgtgc < 7:190929/149‑4 (MQ=255) ggTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCCAGGCCCATGGCATCGGCATgtgcg < 1:258173/149‑5 (MQ=255) cGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGc > 5:215589/1‑149 (MQ=255) gCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTc < 1:250457/149‑1 (MQ=255) accaGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGt > 5:362077/1‑148 (MQ=255) tGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCa > 6:259487/1‑149 (MQ=255) cAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTAGGCGTTAAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCTCTCCATGaa > 8:8814/1‑149 (MQ=255) GCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACAtt < 6:71660‑M1/148‑1 (MQ=255) GCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACAtt > 5:71660‑M1/1‑148 (MQ=255) CAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCaaa > 7:264012‑M1/1‑149 (MQ=255) CCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCt < 6:328197‑M1/149‑1 (MQ=255) CATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCt < 5:87094‑M1/148‑1 (MQ=255) atggcatcggcatgtgcgtggtgaccaacgcaccgcggctgaacgccgagcacatgctgaacgccatgggcctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGATCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTa > 6:90154‑M2/78‑149 (MQ=255) TGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTAc > 8:71688‑M1/1‑149 (MQ=255) ggcatcggcatgtgcgtggtgaccaacgcaccgcggctgaacgccgagcacatgctgaacgccatgggcctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATg > 1:52420‑M2/76‑125 (MQ=255) ggcatcggcatgtgcgtggtgaccaacgcaccgcggctgaacgccgagcacatgctgaacgccatgggcctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATg < 2:52420‑M2/50‑1 (MQ=255) GCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTAcc > 5:259487‑M1/1‑148 (MQ=255) GCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCt > 1:1285‑M1/1‑149 (MQ=255) cATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATcccc > 2:144415/1‑148 (MQ=255) tgtgCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGAGCTCCATGAACACCACATTCAAAGCGCTATCCTGATCCCCGAt > 6:231237/1‑149 (MQ=255) cTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCtg > 1:132102/1‑149 (MQ=255) tCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACAt < 3:275430/119‑1 (MQ=255) tCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACAt > 4:275430/1‑119 (MQ=255) cGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCtgtg > 1:283348/1‑149 (MQ=255) tggtgaccaacgcaccgcggctgaacgccgagcacatgccgatgccatgggcctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTcc > 4:147808‑M2/59‑105 (MQ=255) tggtgaccaacgcaccgcggctgaacgccgagcacatgccgatgccatgggcctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTcc < 3:147808‑M2/47‑1 (MQ=255) ggCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGc < 6:87094/149‑1 (MQ=255) ttCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCaaa > 2:45232/1‑118 (MQ=255) ttCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCaaa < 1:45232/118‑1 (MQ=255) cgcgGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGAtttc < 5:328197/149‑1 (MQ=255) ggTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCCAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGAtttcttt < 6:279412/149‑1 (MQ=255) tGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATttctttct < 2:132102/149‑1 (MQ=255) cGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTg < 3:161774/148‑1 (MQ=255) gtGGTGACCAACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTg > 7:88258/2‑147 (MQ=255) c‑acGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGAtt > 6:70197/1‑130 (MQ=255) c‑acGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGAtt < 5:70197/130‑1 (MQ=255) acaTGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGACTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGAGCTCGCCGACCat > 1:259095/1‑148 (MQ=255) caTGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGAGCTCGCCGACCatga < 1:144415/149‑1 (MQ=255) cctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGa < 4:53376‑M2/84‑1 (MQ=255) cctgggcATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGa > 3:53376‑M2/8‑91 (MQ=255) | GCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACC‑ACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTTACCTGATCCCCGATGCTGTGCTCCCGATTTCTTTCTGGAGCTCGCCGACCATGA > NC_002947/3522641‑3522913 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |