New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4990033 | 44 (0.790) | 4 (0.080) | 4/242 | NT | 8.1% | coding (1099/1242 nt) | PP_4399 | glutamine synthetase |
? | NC_002947 | = 4990061 | 49 (0.940) | coding (1071/1242 nt) | PP_4399 | glutamine synthetase |
CGCTCCCACGGTGTGATCTCGTCGAAGAAATCGCTCAGCTCAAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTGGCATCGGCGCCAGGCAGGCGGTTTTCCACC > NC_002947/4989915‑4990208 | cGCTCCCACGGTGTGATCTCGTCGAAGAAATCGCTCAGCTCAAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCag > 8:240261‑M2/1‑147 (MQ=255) tgATCTCGTCGAAGAAATCGCTCAGCTCAAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCg > 3:61803/1‑149 (MQ=255) tcgtcgAAGAAATCGCTCAGCTCAAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCAc > 8:237892/1‑149 (MQ=255) tcgtcgAAGAAATCGCTCAGCTCAAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCAc > 4:332020/1‑149 (MQ=255) tcgAAGAAATCGCTCAGCTCAAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTc < 3:332020/149‑1 (MQ=255) aTCGCTCAGCTCAAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGc > 6:302315/1‑149 (MQ=255) gctcagctcaAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCaggctc > 4:46002‑M2/1‑115 (MQ=255) gctcagctcaAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCaggctc < 3:46002‑M2/121‑7 (MQ=255) gctcagctcaAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGcc‑c < 4:191108/148‑1 (MQ=255) gctcagctcaAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑Ct < 2:326805/149‑1 (MQ=255) tcagctcaAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCAGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCggg > 4:272647/1‑130 (MQ=255) tcagctcaAGGGGCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCggg < 3:272647/130‑1 (MQ=255) agctcaAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGa < 5:200594/148‑1 (MQ=255) ctcaAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTc > 3:341500/1‑132 (MQ=255) ctcaAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTc < 4:341500/132‑1 (MQ=255) gCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCt > 8:162462/1‑149 (MQ=255) tGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTg > 6:31074/1‑148 (MQ=255) tGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAAt > 3:351827/1‑116 (MQ=255) tGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAAt < 4:351827/116‑1 (MQ=255) tGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTgg > 6:263755/1‑125 (MQ=255) tGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTgg < 5:263755/125‑1 (MQ=255) ttCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGa > 5:533/1‑149 (MQ=255) gATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATg < 6:285532/148‑1 (MQ=255) gATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGc > 7:144624/1‑149 (MQ=255) aTGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGcc < 3:59475/149‑1 (MQ=255) tGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCTCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCa < 4:61803/149‑1 (MQ=255) aaCTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGTGGCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCAt > 1:42869/1‑149 (MQ=255) aCTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATg > 5:190909/1‑148 (MQ=255) gCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCAATTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGc < 8:144624/148‑1 (MQ=255) cGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCcggcg < 7:237892/149‑1 (MQ=255) aGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGTTGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAg < 1:70360/149‑1 (MQ=255) ttCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAggc > 2:280146/1‑149 (MQ=255) ccGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGAt < 2:211609/93‑1 (MQ=255) ccGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGAt > 1:211609/1‑93 (MQ=255) ccGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAggctgg < 7:162462/149‑1 (MQ=255) cgcgCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAggctggc < 2:42869/149‑1 (MQ=255) cgcgCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAggctggc < 5:77046/149‑1 (MQ=255) gCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATg > 5:329031/1‑149 (MQ=255) ctgcGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAg < 5:112409/149‑1 (MQ=255) cgcTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCaggctcaagcgcagcacgctggcgcgggaactgttcggcagcgagttcatcgaaggctacattgccagcaagacccttgagctgagcgatttcttcgacgagatcacacc < 8:179206‑M2/149‑111 (MQ=255) cTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCaggctcaagcgcagcacgctggcgcgggaactgttcggcagcgagttcatcgaaggctacattgccagcaagacccttgagctgagcgatttcttcgacgagatcacaccgt < 5:306140‑M2/149‑113 (MQ=255) cTTGAGCCTTTCAAGGGACGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAgg > 4:77692/1‑149 (MQ=255) aGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCaggctcaagcgcagcacgctggcgcgggaactgttcggcagcgagttcatcgaaggctacattgccagcaagacccttgagctgagcgatttcttcgacgagatcacaccgtggga > 7:179206‑M2/1‑33 (MQ=255) gCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTg < 6:533/149‑1 (MQ=255) ccTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTgg > 4:303419/1‑149 (MQ=255) tttCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCCGGTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTgg > 1:103252/1‑148 (MQ=255) cAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTGGCATc < 6:190909/148‑1 (MQ=255) cAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTGGCATc < 1:280146/148‑1 (MQ=255) cAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTGGCATc < 5:31074/148‑1 (MQ=255) ccGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCGCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTGGCATCGGCGCca < 5:302315/149‑1 (MQ=255) cgcgTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAggctggct > 6:322097/1‑115 (MQ=255) cgcgTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAggctggct < 5:322097/115‑1 (MQ=255) agcgtgcaCGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTGGCATCGGCGCCAGGCAGGCg < 6:329031/149‑1 (MQ=255) agcgtgcaCGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACGTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTGGCATCGGCGCCAGGCAGGCg > 1:235884/1‑149 (MQ=255) caCGGCaggctcaagcgcagcacgctggcgcgggaactgttcggcagcgagttcatcgaaggctacattgccagcaagacccttgagctgagcgatttcttcgacgagatcacaccgtgggagcgtcgggtcctggcggcacaggcctg > 6:306140‑M2/1‑6 (MQ=255) caCGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTGGCATCGGCGCCAGGCAGGCGGTTTTc > 2:303567/1‑149 (MQ=255) ggCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTGGCATCGGCGCcaggca < 7:153571/136‑1 (MQ=255) ggCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTGGCATCGGCGCcaggca > 8:153571/1‑136 (MQ=255) gCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTGGCATCGGCGCCAGGCAGGCGGTTTTCCAcc < 3:77692/149‑1 (MQ=255) | CGCTCCCACGGTGTGATCTCGTCGAAGAAATCGCTCAGCTCAAGGGTCTTGCTGGCAATGTAGCCTTCGATGAACTCGCTGCCGAACAGTTCCCGCGCCAGCGT‑GCTGCGCTTGAGCCTTTCAAGGGCCGCGTGCAGCGTGCACGGCAGGCTCAGGTGCTCGGGCACTTCGAATTCGCC‑CTGGATGGCCGGCGATGGCTGCAAGCGCTGCTCGATGCCATGCAGCCCGGCGGCCAGGCTGGCTGCAATGGCCAGGTAGGGGTTGGCATCGGCGCCAGGCAGGCGGTTTTCCACC > NC_002947/4989915‑4990208 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |