New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1347195 = | 45 (0.850) | 3 (0.070) | 3/218 | NT | 7.4% | intergenic (‑303/+101) | udh/galP‑I | uronate dehydrogenase/porin‑like protein |
? | NC_002947 | 1347287 = | 37 (0.820) | intergenic (‑395/+9) | udh/galP‑I | uronate dehydrogenase/porin‑like protein |
CCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATAGTTGAAGATCAACCGGTTCTCATC > NC_002947/1347053‑1347340 | ccGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTTAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGAAACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCGGTGTAGGAGCGGGtt > 3:29642/1‑149 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGtt < 2:87260/149‑1 (MQ=255) tgtgatccagagcggggcgttcaaggatttaagcgtgaaatggcgtaactcgtcgattcgccgggattacagcaataacgagttcgatgagaaccggttgatcttcaactatccgctgtcgttgctctgatcaagatctGCGGGTTTAc < 6:101722‑M1/10‑1 (MQ=255) aGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 2:156809/149‑1 (MQ=255) gCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGggc < 4:308248/149‑1 (MQ=255) aaTTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 1:41011/1‑130 (MQ=255) aaTTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 2:41011/130‑1 (MQ=255) gcgtgaaatggcgtaactcgtcgattcgccgggattacagcaataacgagttcgatgagaaccggttgatcttcaactatccgctgtcgttgctctgatcaagatctGCGGGTTTACCcg > 4:235151‑M1/108‑120 (MQ=255) gcgtgaaatggcgtaactcgtcgattcgccgggattacagcaataacgagttcgatgagaaccggttgatcttcaactatccgctgtcgttgctctgatcaagatctGCGGGTTTACCcg < 3:235151‑M1/13‑1 (MQ=255) ccccgTTCACCGCCCCCGCCGCCACCGTATTCGCGTTTAAACCCTATCCTACACCTGACCAATGTTCGACACACATCGGAGCTTCGGCTTTGGCCGCTGGTTCGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTc < 4:29642/147‑1 (MQ=21) gtgaaatggcgtaactcgtcgattcggcgggattacagcaataacgagttcgatgagaaccggttgatcttcaactatccgctgtcgttgctctgatcaagatctGCGGGTTTACCcgcg > 2:173622‑M1/106‑120 (MQ=255) gctaCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTGGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGCAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACccg < 3:201567/146‑1 (MQ=255) aCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGCTCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCGGGGTAGGAGCGGGGTTTCCCGCGAATGGGCCGGCCCGGGTGGCCAg > 6:7563/1‑136 (MQ=21) ccGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCAATGGTGGAAACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCGGCTGGGCAGTTTTAACccgcag > 4:201567/1‑146 (MQ=21) gtggccgccgccTCCTTATTCGCCGGTAAACCCGCTCCTACACCTGCTCAATCGTGTCCTCACATCCGACGTGGGCCGCATGCCTCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCcgccgttc < 3:75961/146‑1 (MQ=21) gTTGCCGCCGCCACCTTTTTCGCTGGTAAAGCCGCTCCTAGACCTGATCTATGGTGCACTGACTTCTGAGGTTGGGCGCAGGCGTCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCcgccgttc < 3:136418/149‑1 (MQ=21) tcgtcgattcgccgggattacagcaataacgagttcgatgagaaccggttgatcttcaactatccgctgtcgttgctctgatcaagatctGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCcgccgttcgccgt < 8:166579‑M1/59‑1 (MQ=255) gccgccACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGt > 5:133136/1‑95 (MQ=255) gccgccACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGt < 6:133136/95‑1 (MQ=255) gccACCGTATTCGCGGGTAATCCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACCCATCGGAGGGTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTgcc > 3:87118/1‑149 (MQ=255) aCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGTTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTgccgc > 8:334795/1‑148 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCctgctg < 8:194922/103‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCctgctg > 7:194922/1‑103 (MQ=255) aaaCCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTAccc > 4:86431/1‑80 (MQ=255) aaaCCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTAccc < 3:86431/80‑1 (MQ=255) caataacgagttcgatgagaaccggttgatcttcaactatccgctgtcgttgctctgatcaagatctGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCgg > 8:49024‑M1/68‑149 (MQ=255) cgagttcgatgagaaccggttgatcttcaactatccgctgtcgttgctctgatcaagatctGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAAc > 7:166579‑M1/62‑149 (MQ=255) tCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCgg < 8:297818/64‑1 (MQ=255) tCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCgg > 7:297818/1‑64 (MQ=255) tACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCaccacc < 2:347117/129‑1 (MQ=255) tACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCaccacc > 1:347117/1‑129 (MQ=255) acCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCg > 1:19086/1‑145 (MQ=255) acCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAgc > 8:49945/1‑148 (MQ=255) cTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATc > 6:254513/1‑149 (MQ=255) gATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCGTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCtt > 1:109964/1‑149 (MQ=255) aTGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCa < 2:19086/149‑1 (MQ=255) gtggACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCagag > 4:237736/1‑149 (MQ=255) acaTCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGa > 8:61936/1‑147 (MQ=255) acaTCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGACCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATc < 6:77302/137‑1 (MQ=255) acaTCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGACCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATc > 5:77302/1‑137 (MQ=255) aTCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGc > 4:203008/1‑149 (MQ=255) tCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCg < 7:334795/149‑1 (MQ=255) ggAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGa > 5:103071/1‑149 (MQ=255) gAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTAGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCagaa > 6:38423/1‑134 (MQ=255) ttGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGTGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATAGtt < 2:109964/149‑1 (MQ=255) ggCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCTGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATAGTTGaa < 7:49945/149‑1 (MQ=255) ggCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATAGTTGaa < 6:103071/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCggg > 2:315554/1‑97 (MQ=255) gCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCggg < 1:315554/97‑1 (MQ=255) gCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATAGtt < 7:21199/136‑1 (MQ=255) gCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATAGtt > 8:21199/1‑136 (MQ=255) tgtgTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATAGTTGAAGATCAACCGGt > 6:211131/1‑148 (MQ=255) tgtAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAAc < 7:35526/118‑1 (MQ=255) tgtAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAAc > 8:35526/1‑118 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATAGTTGAAGATCAACCGGTTCTCa < 3:237736/149‑1 (MQ=255) ggAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATAGTTGAAGATCAACCGGTTCTCATc < 4:87118/149‑1 (MQ=255) | CCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATAGTTGAAGATCAACCGGTTCTCATC > NC_002947/1347053‑1347340 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |