New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1357142 | 36 (0.680) | 4 (0.080) | 4/242 | NT | 9.8% | coding (323/1608 nt) | PP_1182 | sensor histidine kinase |
? | NC_002947 | = 1357169 | 39 (0.780) | coding (350/1608 nt) | PP_1182 | sensor histidine kinase |
AACCCAACGCAAGCGTTCGCTGCTGATCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGCCACCCTCTATCTATTGGCCGACGAATTGGTGCGCTACCCGGTAGCCGAACAGCAGC > NC_002947/1356999‑1357288 | aaCCCAACGCAAGCGTTCGCTGCTGATCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATg > 7:111265/1‑149 (MQ=255) ccAACGCAAGCGTTCGCTGCTGATCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGCGGCCGCTCCGTTACCGTTGGCAACCGGCCCCGCGTGTACCGTGGCGTGGGGTTGGGCATGAAGATTGGcccccccca > 1:282065/1‑143 (MQ=255) ccAACGCAAGCGTTCGCTGCTGATCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATgcgg > 7:78371/1‑149 (MQ=255) gCGTTCGCTGCTGATCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGc > 8:137329/1‑149 (MQ=255) ctgctgATCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTTGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCaa < 7:137329/149‑1 (MQ=255) ctgctgATCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGc > 3:265507/1‑147 (MQ=255) gctgATCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCaccttgcgtagcacttgcgccgcatg > 1:308342‑M1/1‑123 (MQ=255) ctgATCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGt < 3:243696/149‑1 (MQ=255) gATCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGt < 6:154166/135‑1 (MQ=255) gATCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGt < 6:148979/135‑1 (MQ=255) agcagcgaacgctTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTgg > 4:317479‑M2/7‑146 (MQ=255) aTCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTggg < 6:230554‑M2/149‑4 (MQ=255) aTCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTg > 4:265507‑M2/1‑146 (MQ=255) gcgAACGCTTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAg < 4:197085/147‑1 (MQ=255) ggAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTgggc > 8:111265‑M2/1‑141 (MQ=255) ggAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTgggc > 6:58833‑M2/1‑141 (MQ=255) cGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGa < 4:318705/149‑1 (MQ=255) gCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCaccttgcgtagcacttgcgccgcatgcgggcc < 1:277628‑M1/141‑33 (MQ=255) gCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGAACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCaccttgcgtagcacttgcgccgcatgcgggcc > 2:277628‑M1/1‑109 (MQ=255) ccTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCaccttgcgtagcacttgcgccgcatgcgggccaatcttctc < 2:308342‑M1/149‑42 (MQ=255) ggCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCt > 1:642/1‑149 (MQ=255) cGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAgg < 5:74064/134‑1 (MQ=255) cGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAgg > 6:74064/1‑134 (MQ=255) ttGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTcgcg > 8:284229/1‑147 (MQ=255) gcgcTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTGCGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTcgc < 7:17294/143‑1 (MQ=255) gcgcTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTGCGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTcgc > 8:17294/1‑143 (MQ=255) gcTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTc > 6:113668/1‑139 (MQ=255) gcTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTc < 5:113668/139‑1 (MQ=255) gATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCa < 5:230554/149‑1 (MQ=255) aGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGa < 3:109516/149‑1 (MQ=255) cgc‑‑acgcaGCGTTGACGGTGGGCAGCGGGCGCGGCTGTACCGTGGCCTGGTGGTTGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGGGCAAGTGCTACGCAAGGTTGTCGAGGAAGACCTGATGCTGGTc < 4:154107/124‑1 (MQ=255) cgc‑‑acgcaGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTc > 3:154107/1‑124 (MQ=255) ttGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCaaa < 5:134904/125‑1 (MQ=255) ttGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCaaa > 6:134904/1‑125 (MQ=255) ttGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGGGTCCTGGTGGTGGTGGAGAAGATTGGCAAGCATGCGGCGCAAGTGCAACGCAAGGTGGGCCTGGAAGACGTGATGATGGTCGCGCAGAGCAAACAGAGCGGCTAGCTGGTGGGGCgg > 8:226653/1‑149 (MQ=255) gTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTg > 8:61066/1‑137 (MQ=255) gTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTg < 7:61066/137‑1 (MQ=255) tGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGCCAccc < 7:284229/149‑1 (MQ=255) aGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGCCACCCtcta > 8:226720/1‑148 (MQ=255) gcgcCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGCCACCCTCTATCTATTgg < 4:255246/149‑1 (MQ=255) gTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGCCACCCTCTATCTATTGGCcgac > 1:319886/1‑148 (MQ=255) cGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAg > 6:237530/1‑108 (MQ=255) cGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAg < 5:237530/108‑1 (MQ=255) gCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGCCACCCTCTAACTATTGGCCGACGAATTGGt < 7:226720/148‑1 (MQ=255) ggtggtCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGCCACCCTCTATCTATTGGCCGACGAATTGGTGCGCTAcc > 2:175062/1‑149 (MQ=255) ttggtCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGCCACCCTCTATCTATTGGCCGACGAATTGGTGCGCTAcc < 8:78371/147‑1 (MQ=255) gagaAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTgggccaatcttctcgaccaccaccaggccacggtacaggcgcgcccgctggccaccgtcaaggctgcgtgcgctcatcggctgcagcgccaactgcacgccaagcagg < 2:308342‑M2/149‑109 (MQ=255) gagaAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGCCACCCTCTATCTATTGGCCGACGAATTGGTGCGCTACCCGGTAGc > 5:229403/1‑149 (MQ=255) ggCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTgggccaatcttctcgaccaccaccaggccacggttcaggcgcgcccgctggccaccgtcaaggctgcgtgcgctcatcggctgcagcgccaactgcacgccaagcaggc > 2:277628‑M2/1‑32 (MQ=255) ggCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTgggccaatcttctcgaccaccaccaggccacggtacaggcgcgcccgctggccaccgtcaaggctgcgtgcgctcatcggctgcagcgccaactgcacgccaagcaggc < 1:277628‑M2/141‑110 (MQ=255) gCCCaccttgcgtagcacttgcgccgcatgcgggccaatcttctcgaccaccaccaggccacggtacaggcgcgcccgctggccaccgtcaaggctgcgtgcgctcatcggctgcagcgccaactgcacgccaagcaggcgttcc > 8:111265‑M1/1‑4 (MQ=255) gCCCaccttgcgtagcacttgcgccgcatgcgggccaatcttctcgaccaccaccaggccacggtacaggcgcgcccgctggccaccgtcaaggctgcgtgcgctcatcggctgcagcgccaactgcacgccaagcaggcgttcc > 6:58833‑M1/1‑4 (MQ=255) cccaccttgcgtagcacttgcgccgcatgcgggccaatcttctcgaccaccaccaggccacggtacaggcgcgcccgctggccaccgtcaaggctgcgtgcgctcatcggctgcagcgccaactgcacgccaagcaggcgttcccagat < 6:230554‑M1/149‑147 (MQ=255) ccaccttgcgtagcacttgcgccgcatgcgggccaatcttctcgaccaccaccaggccacggtacaggcgcgcccgctggccaccgtcaaggctgcgtgcgctcatcggctgcagcgccaactgcacgccaagcaagcgttcgctgct > 4:317479‑M1/1‑2 (MQ=255) ccGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGCCACCCTCTATCTATTGGCCGACGAATTGGTGCGCTACCCGGTAGCCGAAcagcag > 6:218621/1‑147 (MQ=255) ccGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGCCACCCTCTATCTATTGGCCGACGAATTGGTGCGCTACCCGGTAGCCGAAcagcag > 4:177212/1‑147 (MQ=255) caccttgcgtagcacttgcgccgcatgcgggccaatcttctcgaccaccaccaggccacggtacaggcgcgcccgctggccaccgtcaaggctgcgtgcgctcatcggctgcagcgccaactgcacgccaagcaggcgttcccagat > 4:265507‑M1/1‑1 (MQ=255) cGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGTCACCCTCTATCTATTGGCCGACGAATTGGTGCGCTACCCGGTAGCCGAAcagc < 6:277272/144‑1 (MQ=255) cGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGTCACCCTCTATCTATTGGCCGACGAATTGGTGCGCTACCCGGTAGCCGAAcagc > 5:277272/1‑144 (MQ=255) | AACCCAACGCAAGCGTTCGCTGCTGATCTGGGAACGCCTGCTTGGCGTGCAGTTGGCGCTGCAGCCGATGAGCGC‑‑ACGCAGCCTTGACGGTGGCCAGCGGGCGCGCCTGTACCGTGGCCTGGTGGTGGTCGAGAAGATTGGCCCGCATGCGGCGCAAGTGCTACGCAAGGTGGGCCAGGAAGACCTGATGCTGGTCGCGCAGATCAAACAGATCAGCGAGCAGTTGGCGCGGGCCACCCTCTATCTATTGGCCGACGAATTGGTGCGCTACCCGGTAGCCGAACAGCAGC > NC_002947/1356999‑1357288 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |