| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1419549 = | 17 (0.320) | 4 (0.080) | 4/230 | NT | 13.2% | intergenic (‑38/+98) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | = 5238649 | 37 (0.770) | coding (161/204 nt) | PP_5701 | hypothetical protein | |||||
CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCC > NC_002947/1419401‑1419628 | cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑c > 6:134214/1‑149 (MQ=255)cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑c < 5:227785/149‑1 (MQ=255) aaggcaccttgaggcatggcacgatgcatgaactggaggcgctgcggcctcttcttgagtcggcgctggttcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggaagggccggcCTCTTCGCgg > 7:47546‑M1/140‑149 (MQ=255) cGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTAGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCAc < 1:289905/149‑1 (MQ=255) tGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 5:134214/149‑1 (MQ=255) gAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcaca < 4:182873/149‑1 (MQ=255) tgcatgaactggaggcgctgcggcctcttcttgagtcggcgctggttcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggcaggtccggcCCTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt‑g < 2:58292‑M1/34‑1 (MQ=255) atgaactggaggcgctgcggcctcttcttgagtcggcgctggttcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggaagggccggcCTCTTcgcg < 8:119369‑M1/9‑1 (MQ=255) atgaactggaggcgctgcggcctcttcttgagtcggcgctggttcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggaagggccggcCTCTTcgcg > 7:119369‑M1/113‑121 (MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCTTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGt < 5:243400/148‑1 (MQ=255) ccTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCtg > 1:115165/1‑149 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 2:115165/147‑1 (MQ=255) gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAcc > 6:157733/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt‑gtg < 2:123428/122‑1 (MQ=255) gtcggcgctggttcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggaaggtccggcCCTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGAAAGGCTTGACTAGTGTGGTGACCGCTGTggg < 2:327916‑M1/68‑1 (MQ=255) ggcgctggttcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggcaggtccggcCCTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTCGTGCAAGTCTTGACTACTGTGGTGACCGCTGTGGGa > 1:58292‑M1/79‑148 (MQ=255) ggcgctgggtcaggtgcagatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggaaggtccggcCCTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAAGTCTTGACTACTGTGGTGACCGCTGTGGGAg > 1:327916‑M1/79‑148 (MQ=255) ccGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTcgc < 4:82282/84‑1 (MQ=255) aCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGt < 5:157733/149‑1 (MQ=255) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTgg > 3:192211/1‑135 (MQ=255) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTgg < 4:192211/135‑1 (MQ=255) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGccc < 1:318513/149‑1 (MQ=255) gatgtccgctgagcccaggaacttcgcactaaggctggttaacgtgccggaagggccggcCTCTTCGCggg > 2:323516‑M1/61‑71 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑Ct > 3:30738/1‑121 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑Ct < 4:30738/121‑1 (MQ=255) gtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGc < 2:210681/106‑1 (MQ=255) gtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGc > 1:210681/1‑106 (MQ=255) | CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACT‑GTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCC > NC_002947/1419401‑1419628 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |