New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1682222 | 36 (0.680) | 4 (0.080) | 3/236 | NT | 9.0% | coding (741/1710 nt) | recJ | ssDNA‑specific exonuclease RecJ |
? | NC_002947 | = 1682252 | 47 (0.960) | coding (771/1710 nt) | recJ | ssDNA‑specific exonuclease RecJ |
CGCGCTCGCTTGCGCAGCCTTGGGCGCTACGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGG > NC_002947/1682076‑1682370 | cgcgcTCGCTTGCGCAGCCTTGGGCGCTACGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAgc < 5:320177/148‑1 (MQ=255) cgcgcTCGCTTGCGCAGCCTTGGGCGCTACGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAgc < 3:223573/148‑1 (MQ=255) tcgctTGCGCAGCCTTGGGCGCTACGAGGCGCAGCCACAGCCGTACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATcc > 5:92219/1‑149 (MQ=255) ccTTGGGCGCTACGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAG > 4:246172‑M1/1‑130 (MQ=255) ccTTGGGCGCTACGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAG > 4:246454‑M1/1‑130 (MQ=255) ccTTGGGCGCTACGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAG < 3:246454‑M1/130‑1 (MQ=255) ccTTGGGCGCTACGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAG < 3:246172‑M1/130‑1 (MQ=255) gcgcTACGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCTGCgcccggc > 8:205320/1‑149 (MQ=255) cGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCccggcccggc < 1:6339/148‑1 (MQ=255) aGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGcgcatccgggccgggcgcggccggcgcggatgc < 7:5309‑M1/149‑34 (MQ=255) gcAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCctcaagg > 4:257062‑M2/1‑142 (MQ=255) gCCACAGCCGAACATTGGCGACCTGCTCGCTCTGGTGGCGCTGGGCAGTGGTGCTGACGTGGGGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGgccgggccgggcgcggccggcgcggatgcgctcaaggcct < 3:226673‑M1/149‑41 (MQ=255) caGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCt > 1:85178/1‑149 (MQ=255) ccGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCtt > 2:38604/1‑147 (MQ=255) ccGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGa < 2:85178/149‑1 (MQ=255) aaCATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCAt < 2:207757/140‑1 (MQ=255) aaCATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCAt > 1:207757/1‑140 (MQ=255) gCGAACTGCTAGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTggcgcgg > 7:8655/1‑149 (MQ=255) aaCTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGGCATCCTTGAGGTggcgcggcgc < 8:8655/149‑1 (MQ=255) aaCTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTggcgcggcgc < 4:140190/149‑1 (MQ=255) aaCTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTggcgcggcgc < 6:92219/149‑1 (MQ=255) tGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCTTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGAt > 3:248826/1‑149 (MQ=255) tCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCAc > 4:98153/1‑149 (MQ=255) gATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCg > 6:90378/1‑149 (MQ=255) cTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTc > 3:270848/1‑149 (MQ=255) gggCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGgccgggccgggcgcggccggcgcggatgcgctcaaggccttggt > 8:144829‑M1/1‑67 (MQ=255) gggCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGgccgggccgggcgcggccggcgcggatgcgctcaaggccttggt < 7:144829‑M1/111‑45 (MQ=255) ggCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGTCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGAc < 5:90378/149‑1 (MQ=255) gtggtgCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCTGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGAc < 7:205320/149‑1 (MQ=255) gtggtgCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCAt > 5:63751/1‑149 (MQ=255) ccGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCgg < 3:98153/149‑1 (MQ=255) ccGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCAGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCgg > 2:196998/1‑149 (MQ=255) gCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGtt < 8:324894/137‑1 (MQ=255) gCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGtt > 7:324894/1‑137 (MQ=255) aTGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCAGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACgg < 1:196998/149‑1 (MQ=255) aacCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGgc > 3:185724/1‑100 (MQ=255) aacCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGgc < 4:185724/100‑1 (MQ=255) ccGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATgccg > 5:331004/1‑149 (MQ=255) cGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATgccgc > 4:135854/1‑149 (MQ=255) gTGCACCAAGGCTTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCt < 4:248826/149‑1 (MQ=255) gCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCGTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTg > 4:90404/1‑148 (MQ=255) aCCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCctcaaggccttggtgcaccaggatgcggttgttggcatccagcggcaccacgtcagcaacactgccc < 7:144829‑M2/111‑68 (MQ=255) aCCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCctcaaggccttggtgcaccaggatgcggttgttggcatccagcggcaccacgtcagcaacactgccc > 8:144829‑M2/1‑44 (MQ=255) aCCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAAt > 6:88938/1‑131 (MQ=255) aCCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAAt < 5:88938/131‑1 (MQ=255) cAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGgacga < 6:63751/149‑1 (MQ=255) aGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCctcaaggccttggtgcaccaggatgcggttgttggcatccagcggccccacgtcagcaccactgcccagcgccaccagagcgagcaggtcgccaatgttcggctgtggc < 3:226673‑M2/149‑110 (MQ=255) aGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACa < 8:215387/149‑1 (MQ=255) ccTTGAGgccgggccgggcgcggccggcgcggatgcgctcaaggccttggtgcaccaggatgcggttgttggcatccagcggcaccacgtcagcaacactgcccagcgccaccagatcgagcagttcgccaatgttcggctgtggctgc > 4:257062‑M1/1‑7 (MQ=255) ccTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACAt > 8:278459/1‑147 (MQ=255) cTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAg > 8:270576/1‑149 (MQ=255) gcgcATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTgg > 4:54915/1‑149 (MQ=255) gcgcATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTgg < 1:38604/149‑1 (MQ=255) | CGCGCTCGCTTGCGCAGCCTTGGGCGCTACGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGCCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGG > NC_002947/1682076‑1682370 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |