New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1682222 | 36 (0.680) | 4 (0.080) | 3/236 | NT | 9.0% | coding (741/1710 nt) | recJ | ssDNA‑specific exonuclease RecJ |
? | NC_002947 | = 1682252 | 47 (0.960) | coding (771/1710 nt) | recJ | ssDNA‑specific exonuclease RecJ |
CGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAATGCCTGCTGTGCGAGGACGCGG > NC_002947/1682105‑1682400 | cGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCccggcccgg‑‑‑c < 1:6339/148‑1 (MQ=255) gcAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑Cctcaagg > 4:257062‑M2/1‑142 (MQ=255) caGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCt > 1:85178/1‑149 (MQ=255) ccGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCtt > 2:38604/1‑147 (MQ=255) ccGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGa < 2:85178/149‑1 (MQ=255) aaCATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCAt > 1:207757/1‑140 (MQ=255) aaCATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCAt < 2:207757/140‑1 (MQ=255) gCGAACTGCTAGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTggcgcgg > 7:8655/1‑149 (MQ=255) aaCTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGGCATCCTTGAGGTggcgcggcgc < 8:8655/149‑1 (MQ=255) aaCTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTggcgcggcgc < 6:92219/149‑1 (MQ=255) aaCTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTggcgcggcgc < 4:140190/149‑1 (MQ=255) tGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCTTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGAt > 3:248826/1‑149 (MQ=255) tCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCAc > 4:98153/1‑149 (MQ=255) gATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCg > 6:90378/1‑149 (MQ=255) cTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTc > 3:270848/1‑149 (MQ=255) ggCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGTCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGAc < 5:90378/149‑1 (MQ=255) gtggtgCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCTGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGAc < 7:205320/149‑1 (MQ=255) gtggtgCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCAt > 5:63751/1‑149 (MQ=255) ccGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCgg < 3:98153/149‑1 (MQ=255) ccGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCAGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCgg > 2:196998/1‑149 (MQ=255) gCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGtt < 8:324894/137‑1 (MQ=255) gCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGtt > 7:324894/1‑137 (MQ=255) aTGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCAGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACgg < 1:196998/149‑1 (MQ=255) aacCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGgc < 4:185724/100‑1 (MQ=255) aacCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGgc > 3:185724/1‑100 (MQ=255) ccGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATgccg > 5:331004/1‑149 (MQ=255) cGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATgccgc > 4:135854/1‑149 (MQ=255) gTGCACCAAGGCTTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCt < 4:248826/149‑1 (MQ=255) gCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCGTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTg > 4:90404/1‑148 (MQ=255) aCCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑Cctcaaggccttggtgcaccaggatgcggttgttggcatccagcggcaccacgtcagcaacactgccc < 7:144829‑M2/111‑68 (MQ=255) aCCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑Cctcaaggccttggtgcaccaggatgcggttgttggcatccagcggcaccacgtcagcaacactgccc > 8:144829‑M2/1‑44 (MQ=255) aCCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAAt < 5:88938/131‑1 (MQ=255) aCCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAAt > 6:88938/1‑131 (MQ=255) cAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGgacga < 6:63751/149‑1 (MQ=255) aGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑Cctcaaggccttggtgcaccaggatgcggttgttggcatccagcggccccacgtcagcaccactgcccagcgccaccagagcgagcaggtcgccaatgttcggctgtggc < 3:226673‑M2/149‑110 (MQ=255) aGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACa < 8:215387/149‑1 (MQ=255) ccTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACAt > 8:278459/1‑147 (MQ=255) cTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAg > 8:270576/1‑149 (MQ=255) gcgcATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTgg > 4:54915/1‑149 (MQ=255) gcgcATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTgg < 1:38604/149‑1 (MQ=255) cgcATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCt < 8:313122/131‑1 (MQ=255) cgcATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCt > 7:313122/1‑131 (MQ=255) gcATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGGATGCgctcaaggccttggtgcaccaggatgcggttgttggcatccagcggcaccacgtcagcaacactgcccagcgccaccagatcgagcagttcgccaatgttcggctgtggctgcgcct < 7:5309‑M2/149‑118 (MQ=255) gcATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACa < 6:318143/138‑1 (MQ=255) gcATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACa > 5:318143/1‑138 (MQ=255) cgcgCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCGTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGa < 3:90404/149‑1 (MQ=255) gcgcCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGaa < 3:135854/149‑1 (MQ=255) gcgcCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGaa > 8:20070/1‑149 (MQ=255) cgcCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAAt < 4:270848/149‑1 (MQ=255) ccgCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAATGCctgc > 7:332296/1‑149 (MQ=255) ccggcccgg‑‑‑cCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAATGcc < 3:53334/140‑1 (MQ=255) ccggcccgg‑‑‑cCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAATGcc > 4:53334/1‑140 (MQ=255) ccggcccgg‑‑‑cCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAATGCCTGCTGTGCg > 5:228291/1‑149 (MQ=255) cggcccgg‑‑‑ccTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAATGCCTGCTGTGCGa < 1:280619/149‑1 (MQ=255) cggcccgg‑‑‑ccTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAATGCCTGCTGTGCGa < 3:54915/149‑1 (MQ=255) ggcccgg‑‑‑ccTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAATGCCTGCTGTGCGAg < 7:278459/149‑1 (MQ=255) ccgg‑‑‑ccTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAAt > 2:306612/1‑132 (MQ=255) ccgg‑‑‑ccTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAAt < 1:306612/132‑1 (MQ=255) ccTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAATGCCTGCTGTGCGAGGACgcgg < 7:270576/149‑1 (MQ=255) | CGAGGCGCAGCCACAGCCGAACATTGGCGAACTGCTCGATCTGGTGGCGCTGGGCAGTGTTGCTGACGTGGTGCCGCTGGATGCCAACAACCGCATCCTGGTGCACCAAGGCCTTGAGCGCATCCGCGCCGGCCGCGCCCGGCCCGG‑‑‑CCTCAAGGCCATCCTTGAGGTGGCGCGGCGCGATCACCGGCGCATCACTTCGACTGACCTTGGTTTCATCCTCGGCCCACGGTTGAATGCCGCCGGGCGCCTGGACGACATGAGCCTGGGCATCGAATGCCTGCTGTGCGAGGACGCGG > NC_002947/1682105‑1682400 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |