New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2359112 = | 91 (1.720) | 5 (0.100) | 4/238 | NT | 5.6% | coding (70/924 nt) | PP_2074 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2359186 = | 84 (1.700) | coding (144/924 nt) | PP_2074 | LysR family transcriptional regulator |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GTGCAGGTTTCGACTCGGCTAGGATGCATGTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGAGCCCTCGGCCAGGGCCGAAGAGGTGA > NC_002947/2358965‑2359259 | gtcagcgggtcgaaatcatgggtcatgctgagggcgacagacatcgcatccaaggctggcgtgaggtacttgatcacctcttcggccctggccgagggctccatgcggttgcccactcgaaccagcagcgggtcgttgaacatcgcacg < 3:123224‑M1/2‑1 (MQ=255) tcagcgggtcgaaatcatgggtcatgctgagggcgacagacatcgcatccaaggctggcgtgaggtacttgatcacctcttcggccctggccgagggctccatgcggttgcccactcgaaccagcagcgggtcgttgaacatcgcacgc > 8:14138‑M1/147‑149 (MQ=255) cagGTTTCGACTCGGCTAGGATGCATGTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCaa > 3:292026/1‑149 (MQ=255) gcgggtcgaaatcatgggtcatgctgagggcgacagacatcgcatccaaggctggcgtgaggtacttgatcacctcttcggccctggccgagggctccatgcggttgcccactcgaaccagcagcgggtcgttgaacatcgcaCGCAAc > 1:164060‑M1/144‑149 (MQ=255) gTTTCGACTCGGCTAGGATGCATGTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCt > 1:228228/1‑149 (MQ=255) gTTTCGACTCGGCTAGGATGCATGTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCt > 6:220115/1‑149 (MQ=255) gACTCGGCTAGGATGCATGTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCAccc > 7:300059/1‑149 (MQ=255) aaatcatgggtcatgctgagggcgacagacatcgcatccaaggctggcgtgaggtacttgatcacctcttcggccctggccgagggctccatgcggttgcccactcgaaccagcagcgggtcgttgaacatcgcaCGCAACCTCACCCg < 8:154386‑M1/14‑1 (MQ=255) tAGGATGCATGTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCcgcg < 8:300059/149‑1 (MQ=255) aTGTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCa > 4:250632/1‑130 (MQ=255) aTGTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCa < 3:250632/130‑1 (MQ=255) aTGTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGga < 1:129679/143‑1 (MQ=255) aTGTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGga > 2:129679/1‑143 (MQ=255) tGTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTg < 3:13144/149‑1 (MQ=255) gTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGt > 5:125897/1‑149 (MQ=255) gATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTtc < 7:91570/148‑1 (MQ=255) tGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCgcc > 6:360907/1‑149 (MQ=255) tGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCgcc > 8:167976/1‑149 (MQ=255) tGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCgcc > 1:206964/1‑149 (MQ=255) ggAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCcgcg < 8:28/130‑1 (MQ=255) gAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGAGCAAAGCCGATATCAACCTGATCGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCgcc > 5:85125/1‑147 (MQ=255) ttGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCgcccagcc > 2:205538/1‑149 (MQ=255) aCCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACg < 7:167976/149‑1 (MQ=255) cccGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAgc < 1:22576/101‑1 (MQ=255) cGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGt > 1:88744/1‑148 (MQ=255) 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tgtTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGAc > 7:272556/1‑113 (MQ=255) tgtTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGAc < 8:272556/113‑1 (MQ=255) tgtTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGa < 1:349201/145‑1 (MQ=255) tgtTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGa > 2:349201/1‑145 (MQ=255) cGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGAGCCCTCgg > 8:111147/1‑149 (MQ=255) gcgcTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGAGCCCTCGGCCAg < 4:228424/149‑1 (MQ=255) cTGATGCAGGAGCGCAACGTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAg < 2:44936/118‑1 (MQ=255) cTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGc < 2:24308/123‑1 (MQ=255) cTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGc > 1:24308/1‑123 (MQ=255) cTGATGCAGGAGCGCAACCTCACACGTGCCGCGCAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCAGCTGGTACGAg > 1:44936/1‑118 (MQ=255) aTGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGAGCCCTCGGCCAGGGcc < 8:12625/147‑1 (MQ=255) gCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTtgcgtg < 6:339518/83‑1 (MQ=255) cAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGTGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGAGCCCTCGGCCAGGGCCGaa > 5:224201/1‑147 (MQ=255) cAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGAGCCCTCGGCCCTGGCCGaggg < 5:260060/149‑4 (MQ=255) cAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGAGCCCTCGGCCAGGGCCGAaga < 3:200067/149‑1 (MQ=255) cAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGAGCCCTCGGCCAGGGCCGAag < 7:111147/148‑1 (MQ=255) aGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGt < 2:324750/112‑1 (MQ=255) aGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGAGc < 2:4685/129‑1 (MQ=255) aGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGAGc > 1:4685/1‑129 (MQ=255) gcgcAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGTGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGAGCCCTCGGCCAGGGCCGAAGAGGTGa < 6:224201/149‑1 (MQ=255) | GTGCAGGTTTCGACTCGGCTAGGATGCATGTCGATGCTGGAATTGAACCCGAACAACAAGCACGGCCCGGGAGCACCCATGAACCGCAACGAACTGCGCAAAGCCGATATCAACCTGATGGTGGTGTTCGAAGCGCTGATGCAGGAGCGCAACCTCACCCGTGCCGCGGAGAAGCTGTTCGTCGCCCAGCCCACGGTCAGCGCCGCGCTGGCCAGGTTGCGTGCGATGTTCAACGACCCGCTGCTGGTTCGAGTGGGCAACCGCATGGAGCCCTCGGCCAGGGCCGAAGAGGTGA > NC_002947/2358965‑2359259 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |