New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2693988 | 34 (0.640) | 4 (0.080) | 4/238 | NT | 11.5% | coding (279/2394 nt) | PP_2362 | usher protein |
? | NC_002947 | = 2694043 | 30 (0.610) | coding (334/2394 nt) | PP_2362 | usher protein |
CCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCCTGCTGCTGCAGGTGCCGCCAGCCTGGTTGCCAGAACAGCAAGTGGGTGATCGCA > NC_002947/2693843‑2694133 | ccccACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGc > 5:192059/1‑149 (MQ=255) cccACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCC < 3:109497‑M1/145‑1 (MQ=255) cccACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCC > 4:109497‑M1/1‑145 (MQ=255) ccACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGt > 5:351063/1‑149 (MQ=255) aCCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGtct < 2:40092/149‑1 (MQ=255) aCGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGcc > 8:205124/1‑149 (MQ=255) ggAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCgg < 2:74463/149‑1 (MQ=255) aTGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCaa < 6:351063/149‑1 (MQ=255) ccGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAAcccc > 2:40475/1‑149 (MQ=255) tCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAggg < 6:21861/148‑1 (MQ=255) tCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAggg > 5:21861/1‑148 (MQ=255) ccACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTAGCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGcc < 6:192059/149‑1 (MQ=255) cACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCTCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCg < 6:310686/124‑1 (MQ=255) cACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCTCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCg > 5:310686/1‑124 (MQ=255) cACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCccgcgatgctgtccagggccacctccccctgggggttgcc > 4:231444‑M1/1‑109 (MQ=255) cTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCGCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGa < 7:187357/149‑1 (MQ=255) cTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGa > 5:349351/1‑149 (MQ=255) ccTTGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACa > 8:226482/1‑146 (MQ=255) ccTTGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACa < 7:226482/146‑1 (MQ=255) ccTCGACCTGGTGGTTAACCAGAGGCCCAGGGTTGACGTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGAACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCGGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACa < 5:230154/146‑1 (MQ=255) ccTCGACCTGGAGGTGAACCAGATGCCCAGCGTTGACCAGATACAGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCAGGACAGCGCCGAATTGCGTGCAGCCCGCGTCTCGCTGCCGCGCAACCCCCACGTGGAGGAGGCCCTGGACa > 6:230154/1‑146 (MQ=255) tCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCccgcgatgctgtccagggccacctccccctgggggttgcccggcagcgaga > 5:151343‑M1/1‑98 (MQ=255) ccTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGCTCACCTGATACCGGTTCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCgg < 8:195966/149‑1 (MQ=255) gtggtgAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCccgcgatgctgtccagggccacctccccctgggggttgcccggcagcgagacgccgg < 6:151343‑M1/147‑58 (MQ=255) tggtgAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCTGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGATGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGggctg > 6:349351‑M2/1‑144 (MQ=255) tggtgAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGGTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGggctg > 4:219593‑M2/1‑144 (MQ=255) gtgAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCccgcgatgctgtccagggccacctccccctgggggttgcccggcagcgagacgccggctgca < 3:231444‑M1/149‑63 (MQ=255) gtgAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTgg > 7:209431/1‑130 (MQ=255) gtgAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTgg < 8:209431/130‑1 (MQ=255) aaCCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCacac > 2:261146/1‑149 (MQ=255) gATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGAc > 4:3285/1‑148 (MQ=255) cAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAAccc < 4:166486/96‑1 (MQ=255) cAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAAccc > 3:166486/1‑96 (MQ=255) ttGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAg < 3:3285/149‑1 (MQ=255) aTACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAg < 1:40475/147‑1 (MQ=255) tGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGa > 6:155332/1‑127 (MQ=255) tGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGa < 5:155332/127‑1 (MQ=255) cagcagCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCctgctgct < 7:205124/149‑1 (MQ=255) ggccgggcGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGTCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCCTGCTGCTGCAGGTgc > 2:287878/1‑149 (MQ=255) gTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCCTGCTGCTGCAGGTGCCGCCAGCCTGGt > 6:355417/1‑149 (MQ=255) gACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCCTGCTGCTGCAGGTGCCGCCAGCCTGGTTGCCa < 1:261146/147‑1 (MQ=255) ttGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCCTGCTGCTGCAGGTGCCGCCAGCCt > 4:59650/1‑127 (MQ=255) tGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGggctgcacgcaatacgtcgctgtccaggtacaaccgcccggcccgctgctgcaccggtatcaggtcaaccctgggcatctggttcac < 3:231444‑M2/149‑88 (MQ=255) tGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCCTGCTGCTGCAGGTGCCGCCAGCCTGGTTGCCAGaa > 5:69035/1‑133 (MQ=255) tGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCCTGCTGCTGCAGGTGCCGCCAGCCTGGTTGCCAGaa < 6:69035/133‑1 (MQ=255) cAGCCccgcgatgctgtccagggccacctccccctgggggttgcccggcatcgagacgccggctgcacgcaatacgtcgctgtccaggtacaaccgccaggcccgctgctgcaccggtatcaggtcaaccctgggcatctggttcacca > 6:349351‑M1/1‑5 (MQ=255) cAGCCccgcgatgctgtccagggccacctccccctgggggttgcccggcagcgagacgccggctgcacgcaatacgtcgctgtccaggtacacccgcccggcccgctgctgcaccggtatcaggtcaaccctgggcatctggttcacca > 4:219593‑M1/1‑5 (MQ=255) ccGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGggctgcacgcaatacgtcgctgtccaggtacaaccgcccggcccgctgctgcaccggtatcaggtcaaccctgggcatctggttcaccac < 6:151343‑M2/147‑91 (MQ=255) ccGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCCTGCTGCTGCAGGTGCCGCCAGCCTGGTTGCCAGAACAGCAAGTg < 7:305484/137‑1 (MQ=255) ccGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCCTGCTGCTGCAGGTGCCGCCAGCCTGGTTGCCAGAACAGCAAGTg > 8:305484/1‑137 (MQ=255) cGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCCTGCTGCTGCAGGTGCCGCCAGCCTGGTTGCCAGAAc < 7:80761/128‑1 (MQ=255) cGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCCTGCTGCTGCAGGTGCCGCCAGCCTGGTTGCCAGAAc > 8:80761/1‑128 (MQ=255) | CCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGGCGGTTGTACCTGGACAGCGACGTATTGCGTGCAGCCGGCGTCTCGCTGCCGGGCAACCCCCAGGGGGAGGTGGCCCTGGACAGCATCGCGGGGCTGCACACCGACTACGACAGTCAGAACCAGCGCCTGCTGCTGCAGGTGCCGCCAGCCTGGTTGCCAGAACAGCAAGTGGGTGATCGCA > NC_002947/2693843‑2694133 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |