New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2856265 = | 39 (0.740) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 7.4% | coding (90/168 nt) | PP_2508 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 2856332 = | 37 (0.720) | coding (157/168 nt) | PP_2508 | hypothetical protein |
GCAAAAGAAAGGTTGGGCTGCGGAATCAGGTCGATCAGTAGATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGCTGACTGCCCAAGACTTGTTCCTGCGTGTGATGGTCGTGCTCGC > NC_002947/2856122‑2856407 | gCAAAAGAAAGGTTGGGCTGCGGAATCAGGTCGATCAGTAGATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCAc > 8:146649/1‑149 (MQ=255) cAAAAGAAAGGTTGGGCTGCGGAATCAGGTCGATCAGTAGATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCAcc > 2:12364/1‑149 (MQ=255) aaaaGAAAGGTTGGGCTGCGGAATCAGGTCGATGAGTAGTTTGTCGTTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGGTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCTGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCg < 6:333447/149‑1 (MQ=255) agaaagGTTGGGCTGCGGAATCAGGTCGATCAGTAGATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCa < 3:44074/149‑1 (MQ=255) agGTTGGGCTGCGGAATCAGGTCGATCAGTAGATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGaa < 5:129518/149‑1 (MQ=255) ggCTGCGGAATCAGGTCGATCAGTAGATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAAcatca < 1:12364/148‑1 (MQ=255) tGCGGAATCAGGTCGATCAGTAGATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATccc > 8:142287/1‑149 (MQ=255) gAATCAGGTCGATCAGTAGATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGa < 3:339330/135‑1 (MQ=255) gAATCAGGTCGATCAGTAGATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGa > 4:339330/1‑135 (MQ=255) aTCAGGTCGATCAGTAGATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCt < 5:321919/149‑1 (MQ=255) aTCAGTAGATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGc < 5:80127/149‑1 (MQ=255) gATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATggg < 7:142287/148‑1 (MQ=255) tCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGtcgt < 7:146649/149‑1 (MQ=255) gtaggtagtcgcaggccgcgagcacgaccatcacacgcaggaacaagtcttgggcagtcagcgctgaaatcaggatgtttttcatatcaggcaCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGtcgttcgt < 6:135441‑M1/55‑1 (MQ=255) tACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGtc < 8:223990/141‑1 (MQ=255) tACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGtc > 7:223990/1‑141 (MQ=255) cccACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGC‑GGGTAGTGTTCGTACACGGCCTcc > 8:13200/1‑87 (MQ=255) gcaggccgcgagcacgaccatcacacgcaggaacaagtcttgggcagtcagcgctgaaatcaggatgtttttcatatcaggcaCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGa > 3:212537‑M1/84‑148 (MQ=255) gccgcgagcacgaccatcacacgcaggaacaagtcttgggcagtcagcgctgaaatcaggatgtttttcatatcaggcaCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGc > 5:135441‑M1/80‑149 (MQ=255) ggTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGc > 4:333006/1‑148 (MQ=255) ggTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGc < 3:333006/148‑1 (MQ=255) cGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGatat > 2:330770/1‑149 (MQ=255) cccAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGtcgttc < 5:272093/113‑1 (MQ=255) cccAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCt > 1:318195/1‑149 (MQ=255) cccAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGAAGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGtcgttc > 6:272093/1‑113 (MQ=255) cAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGa > 1:334059/1‑149 (MQ=255) ttgagcttgCGTTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAg < 5:126371/149‑1 (MQ=255) ttgagcttgCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAg < 5:273727/118‑1 (MQ=255) ttgagcttgCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAg > 6:273727/1‑118 (MQ=255) gagcttgCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAgc < 2:318195/148‑1 (MQ=255) gagcgtgCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAgc < 4:322304/148‑1 (MQ=255) aCCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGCTGACTGccc > 5:179525/1‑147 (MQ=255) cGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGCTGACTGCCCAAGa > 3:320006/1‑149 (MQ=255) aactgctgTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACAGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGCTGACTGCCCAAGACTTGt > 2:188497/3‑149 (MQ=255) tCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAACCAGCCTGCTTTCAGCGCTGCCTGCCCAAGaagtgtg > 6:320279/1‑143 (MQ=255) ctgTGCGGTGTAGTGTTCGTACTCGGGCTCAGCGGGATGAACATCATCCGCGGGCTCAAGGCTGGCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGCTGACTGCCCAAGACTTGTTGCt < 4:320003/148‑1 (MQ=255) tgCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGCTGACTGCCCAAGACTTGTTCCTGCgt < 2:334059/149‑1 (MQ=255) gCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGATGACTGCCCAAGACTTGTTCCTGCgtg > 4:252573/1‑149 (MQ=255) ggTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGCTGACTGCCCAAGACTTGTTCCTGCGTGTGAt > 5:130867/1‑149 (MQ=255) tAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGCTGACTGCCCAAGACTTGTTCCTGCGTGTGATgg < 3:252573/149‑1 (MQ=255) tgtTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGCTGACTGCCCAAGACTTGTTCCTGCGTGTGa > 3:255550/1‑143 (MQ=255) tgtTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGCTGACTGCCCAAGACTTGTTCCTGCGTGTGa < 4:255550/143‑1 (MQ=255) aCTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGaa > 6:170459/1‑86 (MQ=255) cTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGCTGACTGCCCAAGACTTGTTCCTGCGTGTGATGGTCGTGCTcgc < 6:130867/148‑1 (MQ=255) | GCAAAAGAAAGGTTGGGCTGCGGAATCAGGTCGATCAGTAGATTGTCGGTCTACATGACCCCACCGGTCACCGCCTGGCTTGCCCCAAAGCTTGAGCTTGCGGTCACCGATGATCTGCTGTGCGGGGTAGTGTTCGTACTCGGCCTCACCGCCATGAACATCATCCCCGCGCTCAAGGCTGCCATGGGGGTCGTTCGTCACGGCGCGAGGTGCCTGATATGAAAAACATCCTGATTTCAGCGCTGACTGCCCAAGACTTGTTCCTGCGTGTGATGGTCGTGCTCGC > NC_002947/2856122‑2856407 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |