New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4012710 = | 37 (0.700) | 3 (0.060) | 3/240 | NT | 6.6% | coding (546/900 nt) | mvaB | hydroxymethylglutaryl‑CoA lyase |
? | NC_002947 | 4012765 = | 50 (1.000) | coding (601/900 nt) | mvaB | hydroxymethylglutaryl‑CoA lyase |
GCCACGGCATGCGCGTGCGCGGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTC > NC_002947/4012562‑4012854 | tattgccggtagcacccttggcgtaagggcagccgcccagcccggctaccgagctgtcgaatacgctgatgccctcgagcaggctggcatagacgttagccaaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgc < 3:342126‑M1/1‑1 (MQ=255) tattgccggtagcacccttggcgtaagggcagccgcccagcccggctaccgagctgtcgaatacgctgatgccctcgagcaggctggcatagacgttagccaaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgc > 4:342126‑M1/149‑149 (MQ=255) gccggtagcacccttggcgtaagggcagccgcccagcccggctaccgagctgtcgaatacgctgatgccctcgagcaggctggcatagacgttagccaaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgCGGt > 6:53565‑M1/145‑148 (MQ=255) gccggtagcacccttggcgtaagggcagccgcccagcccggctaccgagctgtcgaatacgctgatgccctcgagcaggctggcatagacgttagccaaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgCGGTa < 2:62680‑M1/5‑1 (MQ=255) ggCATGCGCGTGCGCGGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTAc < 4:292922/149‑1 (MQ=255) cgcgGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGacac < 3:262816/149‑1 (MQ=255) gcgGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGAGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACAcc > 7:119599/1‑149 (MQ=255) aTGTGTCGTGTGTGCTTTGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGc > 2:162136/1‑149 (MQ=255) tCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGtt > 5:286800/1‑149 (MQ=255) tgtgtgCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGa < 3:43410/149‑1 (MQ=255) tgCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCAAGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGATGGGTGACACCATAGTCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAggtg > 1:294303/1‑149 (MQ=255) cTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTAcc < 5:257018/117‑1 (MQ=255) cTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTAcc > 6:257018/1‑117 (MQ=255) ggCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGgtgt < 6:286800/148‑1 (MQ=255) cTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCgg < 8:119599/149‑1 (MQ=255) cTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAg > 4:291634/1‑149 (MQ=255) cGAGGGCAAGGGCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCAGGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTAc < 5:204503/149‑1 (MQ=255) aGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACcg > 5:267805/1‑149 (MQ=255) gaatacgctgatgccctcgagcaggctggcatagacgttagccaaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACcgcgc > 6:87118‑M1/91‑148 (MQ=255) gaatacgctgatgccctcgagcaggctggcatagacgttagccaaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACcgcgc < 5:87118‑M1/58‑1 (MQ=255) gTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGGCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCa < 5:323707/149‑1 (MQ=255) cAGCGCCGAGCAGGTGGTCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGt > 4:297299/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCGAGCAGGTGGTCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGt > 4:302297/1‑149 (MQ=255) aGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGt < 4:341502/148‑1 (MQ=255) gccctcgagcaggctggcatagacgttagccaaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACcgc < 2:316976‑M1/56‑1 (MQ=255) ccccGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTTGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCAt < 1:162136/149‑1 (MQ=255) ccGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGa > 3:251428/1‑149 (MQ=255) ggTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGaca < 3:302297/149‑1 (MQ=255) ggTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGaca < 3:297299/149‑1 (MQ=255) aCGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTg < 3:291634/149‑1 (MQ=255) gACATGGGCTGCTAGGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCTGTACCTCAGGCTACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCTGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGc < 1:86959/149‑1 (MQ=255) tACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATg > 8:269372/1‑148 (MQ=255) aCGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACg < 7:133446/123‑1 (MQ=255) aCGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACg > 8:133446/1‑123 (MQ=255) cGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATg < 7:269372/146‑1 (MQ=255) gTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCt > 6:53739/1‑149 (MQ=255) gTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCGAGGc > 3:322673/1‑115 (MQ=255) gTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGc < 4:322673/115‑1 (MQ=255) acacCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATc < 4:251428/149‑1 (MQ=255) acCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCAt > 8:159962/1‑146 (MQ=255) acCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCa < 7:159962/148‑1 (MQ=255) cATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTaa < 7:142365/117‑1 (MQ=255) cATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTaa > 8:142365/1‑117 (MQ=255) cATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCg > 7:69635/1‑149 (MQ=255) gCACCGGTACAGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGATGTTGTTTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTc < 2:294303/149‑1 (MQ=255) cACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTc > 5:40861/1‑148 (MQ=255) aCCGTTACCGCAGGCGACTCCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTTGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTc < 6:214330/129‑1 (MQ=255) | GCCACGGCATGCGCGTGCGCGGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTC > NC_002947/4012562‑4012854 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |