New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4012710 = | 37 (0.700) | 3 (0.060) | 3/240 | NT | 6.6% | coding (546/900 nt) | mvaB | hydroxymethylglutaryl‑CoA lyase |
? | NC_002947 | 4012765 = | 50 (1.000) | coding (601/900 nt) | mvaB | hydroxymethylglutaryl‑CoA lyase |
CAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGTGCTACCGGCAATAT > NC_002947/4012620‑4012913 | gaatacgctgatgccctcgagcaggctggcatagacgttagccaaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACcgcgc < 5:87118‑M1/58‑1 (MQ=255) gaatacgctgatgccctcgagcaggctggcatagacgttagccaaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACcgcgc > 6:87118‑M1/91‑148 (MQ=255) gTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGGCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCa < 5:323707/149‑1 (MQ=255) cAGCGCCGAGCAGGTGGTCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGt > 4:302297/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCGAGCAGGTGGTCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGt > 4:297299/1‑149 (MQ=255) aGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGt < 4:341502/148‑1 (MQ=255) gccctcgagcaggctggcatagacgttagccaaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACcgc < 2:316976‑M1/56‑1 (MQ=255) ccccGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTTGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCAt < 1:162136/149‑1 (MQ=255) ccGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGa > 3:251428/1‑149 (MQ=255) ggTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGaca < 3:297299/149‑1 (MQ=255) ggTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGaca < 3:302297/149‑1 (MQ=255) aCGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTg < 3:291634/149‑1 (MQ=255) gACATGGGCTGCTAGGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCTGTACCTCAGGCTACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCTGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGc < 1:86959/149‑1 (MQ=255) tACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATg > 8:269372/1‑148 (MQ=255) aCGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACg > 8:133446/1‑123 (MQ=255) aCGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACg < 7:133446/123‑1 (MQ=255) cGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATg < 7:269372/146‑1 (MQ=255) gTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCt > 6:53739/1‑149 (MQ=255) gTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCGAG‑Gc > 3:322673/1‑115 (MQ=255) gTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑Gc < 4:322673/115‑1 (MQ=255) acacCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATc < 4:251428/149‑1 (MQ=255) acCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCAt > 8:159962/1‑146 (MQ=255) acCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCa < 7:159962/148‑1 (MQ=255) cATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTaa < 7:142365/117‑1 (MQ=255) cATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTaa > 8:142365/1‑117 (MQ=255) cATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCg > 7:69635/1‑149 (MQ=255) gCACCGGTACAGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGATGTTGTTTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTc < 2:294303/149‑1 (MQ=255) gcgcggtacctgggccgacaccacctcgaacaggcgtcgggtgtcgcctgcggtaccgCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTc > 6:87118‑M2/59‑148 (MQ=255) gcgcggtacctgggccgacaccacctcgaacaggcgtcgggtgtcgcctgcggtaccgCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTc < 5:87118‑M2/90‑1 (MQ=255) cACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTc > 5:40861/1‑148 (MQ=255) aCCGTTACCGCAGGCGACTCCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTTGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTc < 6:214330/129‑1 (MQ=255) gcggtacctgggccgacaccacctcgaacaggcgtcgggtgtcgcctgcggtaccgCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGc < 2:316976‑M2/78‑1 (MQ=255) gCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGAc < 6:232695/141‑1 (MQ=255) gCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGAc > 5:232695/1‑141 (MQ=255) cAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGcc < 5:338991/114‑1 (MQ=255) cAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGcc > 6:338991/1‑114 (MQ=255) gCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTAtt < 8:125907/121‑1 (MQ=255) gCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTAtt > 7:125907/1‑121 (MQ=255) cTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTg > 6:3053/1‑149 (MQ=255) tGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGc > 8:185210/1‑138 (MQ=255) tGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTCCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGc < 7:185210/138‑1 (MQ=255) tGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGAGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGACGGTCTGGGCGGCTGc > 2:93635/1‑149 (MQ=255) ttCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAgg < 3:138663/103‑1 (MQ=255) ttCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAgg > 4:138663/1‑103 (MQ=255) ctaGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCACTTTGCCGGACACTTCAATCACACTTACGGCCAG‑GCCATGGCTAACGTCTATGACAGCCTGCTCCAGGGCATCAGCCTATTCGACAGCTCGCTAGCCGGGCTggg > 8:157127/3‑138 (MQ=255) cGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTggg < 7:157127/138‑1 (MQ=255) cGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCt > 5:267751/1‑148 (MQ=255) gAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTa > 1:62680/1‑149 (MQ=255) aGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTAc < 6:267751/149‑1 (MQ=255) gtggtgTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGAGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTAGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACg > 1:104427/1‑149 (MQ=255) gtggtgTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGc > 5:353266/1‑149 (MQ=255) tCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAgg < 7:285481/91‑1 (MQ=255) tCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAgg > 8:285481/1‑91 (MQ=255) cGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGt > 7:160733/1‑149 (MQ=255) cGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGt > 4:157473/1‑149 (MQ=255) cGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGt > 2:197754/1‑149 (MQ=255) taccgCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGTGCTACCGGc < 2:62680‑M2/144‑1 (MQ=255) accgCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGTGCTACCGGc > 6:53565‑M2/5‑148 (MQ=255) gCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGTGCTACCGGCAata < 3:342126‑M2/148‑1 (MQ=255) gCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGTGCTACCGGCAata > 4:342126‑M2/2‑149 (MQ=255) cgcgAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGTGCTACCGGCAatat < 6:40861/149‑1 (MQ=255) | CAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAG‑GCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGTGCTACCGGCAATAT > NC_002947/4012620‑4012913 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |