New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5120033 | 31 (0.590) | 3 (0.060) | 3/240 | NT | 8.8% | coding (223/558 nt) | PP_4506 | nitroreductase family protein |
? | NC_002947 | = 5120053 | 33 (0.660) | coding (203/558 nt) | PP_4506 | nitroreductase family protein |
CGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCGCAGCTGGCCGTGATCCGGGGCGCGCAGGGCAGCCTGGAACAGCGCCT > NC_002947/5119904‑5120176 | cGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTtg > 4:174202/1‑149 (MQ=255) cgcACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTgctgca < 7:39035‑M2/149‑7 (MQ=255) caGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTgctg < 6:6314‑M2/143‑5 (MQ=255) caGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTgctg > 5:6314‑M2/1‑139 (MQ=255) cccGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACgg > 6:277238/1‑145 (MQ=255) cccGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACgg < 5:277238/145‑1 (MQ=255) ccgccgCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCacaagggcgatgccagccaggctgcactg > 6:166908‑M1/1‑115 (MQ=255) ccgccgCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCacaagggcgatgccagccaggctgcactg < 5:166908‑M1/144‑30 (MQ=255) gccgccAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGc < 7:120075/149‑1 (MQ=255) aGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAg < 8:39035/149‑1 (MQ=255) cGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGc > 8:46335/1‑149 (MQ=255) ggACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGc < 7:46335/148‑1 (MQ=255) ggACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGc < 7:32668/148‑1 (MQ=255) gggCACCTTGAAGGGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCacaagggcgatgccagccaggctgcact < 4:216727‑M1/118‑29 (MQ=255) ggCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTcgcg > 1:127750/1‑149 (MQ=255) cACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTgctgcac < 7:259889‑M2/114‑8 (MQ=255) cACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTgctgcac > 8:259889‑M2/1‑107 (MQ=255) cTTGAAGTGGTCCTGCACCCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGACCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGATCACCCAGATTCTCGCGGCCCt > 3:217196/1‑149 (MQ=255) gAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTg < 2:127750/147‑1 (MQ=255) cTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATgg > 3:197624/1‑149 (MQ=255) cTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATgg < 3:174202/149‑1 (MQ=255) cAACCTGGCCAGCACCACGATCATCAACGTCGCACGCAGCTGCATCGAACGGGCCTTGTCCAGTGCATCCTGGCTTGAATCGCACTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTAACCCAGCTTCTCTCGGCCCTGGCCTTCGATGGTaa < 4:217196/149‑1 (MQ=255) tGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGaaaa > 5:35686/1‑149 (MQ=255) caccaccacGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGcc > 6:41860/1‑149 (MQ=255) accacGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACgg < 7:259248/149‑1 (MQ=255) ccacGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGc > 5:103414/1‑149 (MQ=255) cacGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGc < 4:149911/106‑1 (MQ=255) cacGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGc > 3:149911/1‑106 (MQ=255) cAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCGCAGCt > 1:186271/1‑149 (MQ=255) aaCGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCGCAGCTGGcc < 4:105651/149‑1 (MQ=255) aaCGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCGCAGCTGGcc > 3:105651/1‑149 (MQ=255) gcCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCGCAGCTGGcc < 7:138525/143‑1 (MQ=255) gcCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCGCAGCTGGcc > 8:138525/1‑143 (MQ=255) ccGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCg > 1:91164/1‑132 (MQ=255) ccGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCg < 2:91164/132‑1 (MQ=255) tCGCACGGGCCTTGTCCAGGTCAGCCTGCCTTGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGGTTCGTGGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGCCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCGCAGCTGTCCGTGATCCGGGGCGCGCAgg < 8:183650/149‑1 (MQ=255) cTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCGCAGCTGGCCGTGATCCGGGGCGCGCAGGGCAGCCTGGa < 5:41860/149‑1 (MQ=255) tCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCGCAGCTGGCCGTGATCCGGGGCGCGCAGGGCAGCCTGGAACAg > 6:241388/1‑149 (MQ=255) cAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTgctgcactggacaaggcccgtgcgatgccgctgcgggcgccgttgctgatcgtggtggtggccaggttgcaggaccacttcaaggtgcccaagtccgagcagcgcctggcggcgg > 6:166908‑M2/1‑29 (MQ=255) cAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTgctgcactggacaaggcccgtgcgatgccgctgcgggcgccgttgctgatcgtggtggtggccaggttgcaggaccacttcaaggtgcccaagtccgagcagcgcctggcggcgg < 5:166908‑M2/144‑116 (MQ=255) cAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCGCAGCTGGCCGTGATCCGGGGCGCGCAGGGCAGCCTGGAACAgc < 2:186271/148‑1 (MQ=255) aGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTgctgcactggacaaggcccgtgcgatgccgctgcgggcgccgttgctgatcgtggtggtggccaggttgcaggaccccttcaaggtgccc < 4:216727‑M2/118‑91 (MQ=255) gTGCAGCacaagggcgatgccagccaggctgcactggacaaggcccgtgcgatgccgctgcgggcgccgttgctgatcgtggtggtggccaggttgcaggaccacttcaaggtg < 7:259889‑M1/114‑108 (MQ=255) gTGCAGCacaagggcgatgccagccaggctgcactggacaaggcccgtgcgatgccgctgcgggcgccgttgctgatcgtggtggtggccaggttgcaggaccacttcaaggtg > 8:259889‑M1/1‑7 (MQ=255) tGCAGCacaagggcgatgccagccaggctgcactggacaaggcccgtgcgatgccgctgcgggcgccgttgctgatcgtggtggtggccaggttgcaggaccacttcaaggtgcccaagtccgagcagcgcctggcggcgggctgtgcg < 7:39035‑M1/149‑144 (MQ=255) cagcacaagggcgatgccagccaggctgcactggacaaggcccgtgcgatgccgctgcgggcgccgttgctgatcgtggtggtggccaggttgcaggaccacttcaaggtgcccaagtccgagcagcgcctggcggcgggctg > 5:6314‑M1/1‑4 (MQ=255) cagcacaagggcgatgccagccaggctgcactggacaaggcccgtgcgatgccgctgcgggcgccgttgctgatcgtggtggtggccaggttgcaggaccacttcaaggtgcccaagtccgagcagcgcctggcggcgggctg < 6:6314‑M1/143‑140 (MQ=255) | CGTGCGCCGCACAGCCCGCCGCCAGGCGCTGCTCGGACTTGGGCACCTTGAAGTGGTCCTGCAACCTGGCCACCACCACGATCAGCAACGGCGCCCGCAGCGGCATCGCACGGGCCTTGTCCAGTGCAGCCTGGCTGGCATCGCCCTTGTGCTGCACGGCTTCGGCGAACAGCTCACCCAGCTTCTCGCGGCCCTGGCCTTCGATGGTAAGAAAACGCCACGGCCGCAGCTGGCCGTGATCCGGGGCGCGCAGGGCAGCCTGGAACAGCGCCT > NC_002947/5119904‑5120176 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |