New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5413023 = | 44 (0.830) | 5 (0.100) | 5/238 | NT | 12.3% | coding (1147/2394 nt) | PP_4755 | ferrichrome‑iron receptor |
? | NC_002947 | 5413089 = | 30 (0.610) | coding (1081/2394 nt) | PP_4755 | ferrichrome‑iron receptor |
GCGTTGTCGCTCAGGTAGACATAGCCGAAGTCATCGGTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTGGCCGAGGTGAAGTCGGTCGGCGCCCAGGTCAGGCCGCCCATCA > NC_002947/5412878‑5413163 | ggccgcttcacggccaagatgcagaacagcgaccgcgagtacgaccattcgcaggacgataaccgcttcgtgatgggcggcctgacctgggcgccgaccgacttcacctcggccacggtggtgctggattacctgaagaccaacaGCTc < 8:143870‑M1/4‑1 (MQ=255) cgcttcacggccaagatgcagaacagcgaccgcgagtacgaccattcgcaggacgataaccgcttcgtgatgggcggcctgacctgggcgccgaccgacttcacctcggccacggtggtgctggattacctgaagaccaacaGCTCGcc > 7:240112‑M1/143‑149 (MQ=255) cTCAGGTAGACATAGCCGAAGTCATCGGTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGaa < 8:314630/149‑1 (MQ=255) cggccaagatgcagaacagcgaccgcgagtacgaccattcgcaggacgataaccgcttcgtgatgggcggcctgacctgggcgccgaccgacttcacctcggccacggtggtgctggattacctgaagaccaacaGCTCGCCGTAGAAg < 5:331290‑M1/14‑1 (MQ=255) gccaagatgcagaacagcgaccgcgagtacgaccattcgcaggacgataaccgcttcgtgatgggcggcctgacctgggcgccgaccgacttcacctcggccacggtggtgctggattacctgaagaccaacaGCTCGCCGTAGAAGTc < 8:308456‑M1/16‑1 (MQ=255) ggTAGACATAGCCGAAGTCATCGGTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCg < 2:134056/149‑1 (MQ=255) aGCCGAAGTCATCGGTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCg > 5:70601/1‑149 (MQ=255) ccGAAGTCATCGGTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTa > 5:52896/1‑149 (MQ=255) ccGAAGTCATCGGTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGCAACGCCGTAGATGACGCTCCCGTCGTa > 5:94638/1‑149 (MQ=255) cGAAGTCATCGGTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTAc < 6:70601/149‑1 (MQ=255) gTCATCGGTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCt > 1:80508/1‑149 (MQ=255) aTCGGTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTAcccc < 4:326980/145‑1 (MQ=255) aTCGGTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTAcccc > 3:326980/1‑145 (MQ=255) aTCGGTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGt < 8:305756/149‑1 (MQ=255) ggTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTAcccc < 2:74421/142‑1 (MQ=255) ggTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTAcccc > 1:74421/1‑142 (MQ=255) tCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGc < 3:108067/149‑1 (MQ=255) tCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGc < 4:95883/149‑1 (MQ=255) gCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCggg < 8:258145/149‑1 (MQ=255) tGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTc < 2:20332/124‑1 (MQ=255) tGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTc > 1:20332/1‑124 (MQ=255) gTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCAc > 8:314751/1‑149 (MQ=255) tctggggaGGGTGAATCTGTTGTCGAAGTTGTGGGTTATTTTTGCGCTCATGCTGGTTCGCTTGTAATCGTTGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGc < 6:94638/141‑1 (MQ=255) gctgcGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGc > 5:103867/1‑148 (MQ=255) tgcGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAg > 4:81379/1‑149 (MQ=255) ccgcttcgtgatgggcggcctgacctgggcgccgaccgacttcacctcggccacggtggtgctggattacctgaagaccaacaGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGc > 7:308456‑M1/84‑149 (MQ=255) cgcttcgtgatgggcggcctgacctgggcgccgaccgacttcacctcggccacggtggtgctggattacctgaagaccaacaGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCt < 6:8135‑M1/67‑1 (MQ=255) aGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGtt > 7:143870/1‑149 (MQ=255) gggTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTg > 1:45092/1‑149 (MQ=255) cgtgatgggcggcctgacctgggcgccgaccgacttcacctcggccacggtggtgctggattacctgaagaccaacaGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTg > 5:8135‑M1/78‑148 (MQ=255) aGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCtt < 3:134873/148‑1 (MQ=255) aGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCtt > 4:134873/1‑148 (MQ=255) cGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAgg < 6:103867/149‑1 (MQ=255) gAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCa < 7:314751/149‑1 (MQ=255) tAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTg > 8:30733/1‑149 (MQ=255) ttGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTa < 6:327897/128‑1 (MQ=255) ttGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTa > 5:327897/1‑128 (MQ=255) ttGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTGGCCGa < 1:138700/149‑1 (MQ=255) gCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTGGCCGAg < 3:81379/148‑1 (MQ=255) ccGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTGGCCGAgg < 2:45092/148‑1 (MQ=255) ggTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTGGCCGAGGTg < 3:66112/139‑1 (MQ=255) ggTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTGGCCGAGGTg > 4:66112/1‑139 (MQ=255) cGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTGGCCGAGGTGAAGTCGGTCGGCGCCCAg > 6:250457/1‑149 (MQ=255) aCATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTGGCCGAGGTGAAGTCGGTCGGCGCCCAGGt < 6:332237/149‑1 (MQ=255) gTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTGGCCGAGGTGAAGTCGGTCGGCGCCCAGGTCAGgc > 1:211109/1‑149 (MQ=255) tGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGcac > 2:314841/1‑107 (MQ=255) tGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGcac < 1:314841/107‑1 (MQ=255) gAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTc > 4:314412/1‑91 (MQ=255) gAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTc < 3:314412/91‑1 (MQ=255) aGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTGGCCGAGGTGAAGTCGGTCGGCGCCCAGGTCAGGCCGccc < 2:211109/149‑1 (MQ=255) tAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTGGCCGAGGTGAAGTCGGTCGGCGCCCAGGTCAGGCCGCCCATCa < 7:30733/148‑1 (MQ=255) | GCGTTGTCGCTCAGGTAGACATAGCCGAAGTCATCGGTCAGCTCGCTGTAGCGCAGGTTGCTGCGCAGGGTGAAGCCGTTGTCGAAGTCGTGGGTAATGTTGCCGCTCAGGCTGGTGCGCTCGACATCGTGGAAGTTGTAGCCGGGCTCGCCGTAGAAGTCGCTGCGGTCGTACCCCTTGTCCAGCGGGTAGCCACCGCTGTTCGGCGAGCTGTTGGTCTTCAGGTAATCCAGCACCACCGTGGCCGAGGTGAAGTCGGTCGGCGCCCAGGTCAGGCCGCCCATCA > NC_002947/5412878‑5413163 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |