New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5792613 = | 50 (0.950) | 4 (0.080) | 3/236 | NT | 7.5% | coding (718/1419 nt) | gltD | glutamate synthase subunit beta |
? | NC_002947 | 5792679 = | 52 (1.060) | coding (652/1419 nt) | gltD | glutamate synthase subunit beta |
CCCTGCATGTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATA > NC_002947/5792465‑5792758 | cccTGCATGTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTAcccatgcccat < 3:245534/149‑1 (MQ=255) cgcgccggggtaaccccggtggtgttcgacaaaaaccctgagatcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTGaa > 1:241270‑M1/146‑149 (MQ=255) gCATGTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGaa > 1:204506/1‑148 (MQ=255) gccggggtaaccccggtggtgttcgacaaaaaccctgagatcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTGAacac < 3:166422‑M1/7‑1 (MQ=255) gacgaAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGcgt > 5:86129/1‑149 (MQ=255) gacgaAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGcgt > 1:257810/1‑149 (MQ=255) acgaAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGcgtc < 2:32956/149‑1 (MQ=255) acgaAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGACGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGcgtc > 1:81964/1‑149 (MQ=255) cgaAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTGCACCCGGGAAGCCGCCCGTCATGTAGGGTTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGcgtcg > 8:54067/1‑149 (MQ=255) aGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTAc < 5:213922/149‑1 (MQ=255) aGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTAc < 5:219094/149‑1 (MQ=255) ggCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGag < 5:37849/149‑1 (MQ=255) ttCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTg > 6:64722/1‑149 (MQ=255) gAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTcc < 3:265673/148‑1 (MQ=255) aGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATg < 5:64722/149‑1 (MQ=255) cctgagatcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGt < 7:7517‑M1/40‑1 (MQ=255) ccAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTc < 2:257810/149‑1 (MQ=255) atcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATc < 6:326450‑M1/46‑1 (MQ=255) ggTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTg < 2:204506/149‑1 (MQ=255) ggTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTg < 5:213011/149‑1 (MQ=255) cGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCAcc < 6:86129/149‑1 (MQ=255) gacGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCg < 2:81964/146‑1 (MQ=255) gCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCgg < 8:282045/148‑1 (MQ=255) cAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCtt > 3:173268/1‑132 (MQ=255) cAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCtt < 4:173268/132‑1 (MQ=255) ggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCa > 8:7517‑M1/83‑148 (MQ=255) ggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCa > 5:326450‑M1/83‑148 (MQ=255) ggAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAgg > 4:146196/1‑149 (MQ=255) cAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACt > 7:153049/1‑149 (MQ=255) cGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑t < 2:88911/148‑1 (MQ=255) aTGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCAGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCTCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTAC‑ATGGTCACATCCTTGCACACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCa > 5:1253/1‑149 (MQ=255) cACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGgtg < 3:217527/124‑1 (MQ=255) aCGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGcc > 2:232982/1‑149 (MQ=255) aCGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGcc > 3:132077/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑c < 1:305931/128‑1 (MQ=255) gCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑c > 2:305931/1‑128 (MQ=255) gCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCgg > 1:11113/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCgg < 8:153049/149‑1 (MQ=255) ccGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGt > 8:294020/1‑148 (MQ=255) ggCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGaa > 2:78303/1‑149 (MQ=255) tCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGgt > 3:147135/1‑110 (MQ=255) tCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGgt < 4:147135/110‑1 (MQ=255) ttCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCA‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGTTGAACACTTCAc > 8:318198/1‑149 (MQ=255) aaGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCt < 4:132077/149‑1 (MQ=255) ccgccCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCCGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGa < 1:78303/149‑1 (MQ=255) ccgccCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGACTGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGa < 1:232982/149‑1 (MQ=255) ttCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGt > 2:61935/1‑149 (MQ=255) ttCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGt > 8:304532/1‑149 (MQ=255) cATGTATGAGTAGGTACCCATGCACATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTGAGG‑CGTAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGt < 6:1253/147‑1 (MQ=255) aggtgtaggtACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTc < 7:318198/148‑1 (MQ=255) aggtctagctACCCATGACCATGAACACCGCGACGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTCTTCAGC‑CGGAACTAGA‑TGCCCAAGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTAGCTGAGCACGGACATTTc > 4:66364/1‑148 (MQ=255) ggtgtaggtACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTcc < 3:146196/148‑1 (MQ=255) ggtgtaggtACCCATGCCCATGAACACAGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTc > 8:320041/1‑147 (MQ=255) tgtaggtACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGc < 2:11113/149‑1 (MQ=255) tgtaggtACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGc > 3:48955/1‑149 (MQ=255) gtaggtACCCATGACCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCTGAGGTCACATCATTCCCCACCTCGGTGTTAAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCATGGTATTTTCCAg > 1:92159/1‑148 (MQ=255) catgcccatgAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCgg < 7:294020/149‑1 (MQ=255) atgcccatgAACACCGCGTCGTACTCGGCGCGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTCTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCggg > 5:7713/1‑149 (MQ=255) cccatgAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACtt > 4:339129/1‑103 (MQ=255) ccatgAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATa > 3:344221/1‑149 (MQ=255) | CCCTGCATGTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCC‑ATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGG‑CGGAACTCGA‑TGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATA > NC_002947/5792465‑5792758 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |