New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5844930 = | 54 (1.020) | 3 (0.060) | 3/240 | NT | 5.9% | coding (1552/1599 nt) | PP_5122 | GMC family oxidoreductase |
? | NC_002947 | 5844965 = | 45 (0.900) | coding (1587/1599 nt) | PP_5122 | GMC family oxidoreductase |
CGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCGTCGCTGCGCTACCATCCGACTCCCCAACGCACTCCAG > NC_002947/5844782‑5845076 | cccgggtacaacactcggttcatcgcgtcatcctggctggagtgcgttggggagtcggatggtagcgcagcgacggcgccccggccaagtcatgcagccgactgatggcactatagacaggggccatgttcgttgtcatgcgctgtgtg < 5:162522‑M1/1‑1 (MQ=255) gggtacaacactcggttcatcgcgtcatcctggctggagtgcgttggggagtcggatggtagcgcagcgacggcgccccggccaagtcatgcggccgactgatggcactatagacaggggccatgttcgttgtcatgcgctgtgtGCCa > 5:297734‑M1/146‑149 (MQ=255) gcCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCt > 3:81419/1‑149 (MQ=255) ccTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCt > 3:339659/1‑147 (MQ=255) cTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAg < 4:339659/149‑1 (MQ=255) gCGAACACCCGCGCCACGCGCTGTGCGACAGCCTGGGCCCCCATCACCAGCTGGAAAACCTGACCAATCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGCTGTATCCCATCACCGCCAGGCTCAGCg > 4:57920/1‑147 (MQ=255) cGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAg < 4:57997/149‑1 (MQ=255) gACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACt > 3:339337/1‑149 (MQ=255) gtgtGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTTGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGc < 6:118223/149‑1 (MQ=255) tgtgCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGca < 4:81419/149‑1 (MQ=255) gccAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAg > 5:250524/3‑149 (MQ=255) aCAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAgc > 4:113376/1‑149 (MQ=255) tgcgttggggagtcggatggtagcgcagcgacggcgccccggccaagtcatgcggccgactgatggcactatagacaggggccatgttcgttgtcatgcgctgtgtGc > 4:291014‑M1/107‑108 (MQ=255) gCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGTAAAACCTGGCGATTCACGACGGATCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCa < 6:250524/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTg < 2:236018/136‑1 (MQ=255) ccTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTg > 1:236018/1‑136 (MQ=255) ggCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGAc < 3:57920/148‑1 (MQ=255) ccgccATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGt < 8:88723/120‑1 (MQ=255) ccgccATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGt > 7:88723/1‑120 (MQ=255) ccgccATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTg > 6:201352/1‑130 (MQ=255) ccgccATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTg < 5:201352/130‑1 (MQ=255) ccATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCa < 7:20312/98‑1 (MQ=255) ccATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCa > 8:20312/1‑98 (MQ=255) ccATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGaa < 4:339337/149‑1 (MQ=255) gatggtagcgcagcgacggcgccccggccaagtcatgcggccgactgatggcactatagacaggggccatgttcgttgtcatgcgctgtgtGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTgg > 6:348745‑M1/92‑125 (MQ=255) cACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAgcgc > 4:115719/1‑134 (MQ=255) cACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAgcgc < 3:115719/134‑1 (MQ=255) aCCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATgg < 1:25950/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGc > 3:218845/1‑149 (MQ=255) gcgcagcgacggcgccccggccaagtcatgcggccgactgatggcactatagacaggggccatgttcgttgtcatgcgctgtgtGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAgccgcc < 7:78014‑M1/31‑1 (MQ=255) gcgcagcgacggcgccccggccaagtcatgcggccgactgatggcactatagacaggggccatgttcgttgtcatgcgctgtgtGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAgccgcc > 8:78014‑M1/85‑115 (MQ=255) cTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCt < 3:113376/149‑1 (MQ=255) gAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCg < 6:111687/94‑1 (MQ=255) gAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCg > 5:111687/1‑94 (MQ=255) aaaCCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCta < 4:218845/149‑1 (MQ=255) gATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAAc > 3:15864/1‑122 (MQ=255) gATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAAc < 4:15864/122‑1 (MQ=255) gATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGcc < 8:247538/147‑1 (MQ=255) gATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCaa > 7:247538/1‑148 (MQ=255) gTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGcc > 5:151543/1‑121 (MQ=255) gTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGcc < 6:151543/121‑1 (MQ=255) ttCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCa > 4:311871/1‑149 (MQ=255) ttCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCa > 1:55290/1‑149 (MQ=255) cTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCa < 3:291922/135‑1 (MQ=255) cTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCa > 4:291922/1‑135 (MQ=255) caccaGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCgg > 3:77392/1‑149 (MQ=255) accaGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCggg < 3:311871/149‑1 (MQ=255) accaGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCggg < 8:186266/149‑1 (MQ=255) aTCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCg > 6:296452/1‑149 (MQ=255) ccgcgcAAACACGCAATTGTAGTTGTATCCCATCAGCGCCAGGCTCATAGAACCACTGGTCAGCCGCCTGGAACACAGCGCATGACAACGAACATGTACAATGTCTATAGTGCCATCAGTCGGATGAAAGACTTGGACGGGTCGCCGTc > 6:162522/3‑149 (MQ=255) gcgcCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGa < 8:245816/83‑1 (MQ=255) gcgcCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGa > 7:245816/1‑83 (MQ=255) cGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAAc > 8:265605/1‑82 (MQ=255) gTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCGTCGCTGCGCTACCATCCGa < 2:55290/148‑1 (MQ=255) tCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCGGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCGTCGCTGCGCTACCATCCGACt > 1:247475/1‑149 (MQ=255) tCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCGTCGCTGCGCTACCATCCGACt > 7:319599/1‑149 (MQ=255) tCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCGTCGCTGCGCTACCATCCGACt > 3:165672/1‑149 (MQ=255) ggTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCGTCGCTGCGCTACCATCCGACTcc > 7:318712/1‑149 (MQ=255) tATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCGTCGCTGCGCTAc < 7:250290/134‑1 (MQ=255) tATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCGTCGCTGCGCTAc > 8:250290/1‑134 (MQ=255) tATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCGTCGCTGCGCTACCATCCGACTCCCCaa > 6:94561/1‑149 (MQ=255) cATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCGTCGCTGCGCTACCATCCGACTCCCCAACGCAc > 6:333844/1‑149 (MQ=255) gcgcCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCGTCGCTGCGCTACCATCCGACTCCCCAACGCACTccag > 4:266629/1‑149 (MQ=255) | CGGCTGCGCCCTCGGCGAAGACCCGCGCCACGCGGTGTGCGACAGCCTGGGCCGCCATCACCAGCTGGAAAACCTGTCGATTCACGACGGTTCACTGTTCCCCACCAGCATCGGCGCCAACCCGCAATTGTCGGTGTATGCCATCAGCGCCAGGCTCAGCGAAGCACTGGTCAGCCGCCTGGCACACAGCGCATGACAACGAACATGGCCCCTGTCTATAGTGCCATCAGTCGGCCGCATGACTTGGCCGGGGCGCCGTCGCTGCGCTACCATCCGACTCCCCAACGCACTCCAG > NC_002947/5844782‑5845076 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |