New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1406547 = | 38 (0.720) | 4 (0.080) | 4/246 | NT | 9.3% | coding (554/1353 nt) | puuP | putrescine permease |
? | NC_002947 | 1406582 = | 41 (0.800) | coding (519/1353 nt) | puuP | putrescine permease |
AGGCAGGTGACTGCGTCAAAGCCCAGGAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGCCACCCACATCCACTCAGGCACTTCCGG > NC_002947/1406436‑1406728 | gtcaccctgatcagcctgatcaacatgcgcagcgtgaacctggtggcgcacttcaacctgctgttcgtgggtgtgcaggtggcgatcatcgccgtgttcatctacctgtgcGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGca > 5:311218‑M1/112‑149 (MQ=255) aggTGACTGCGTCAAAGCCCAGGAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAgg > 6:236907/1‑149 (MQ=255) tgTGACTGCGTCAAAGCCCAGGAACTAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGt < 3:293418/148‑1 (MQ=255) ggTGACTGCGTCAAAGCCCAGGAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGt < 3:288467/149‑1 (MQ=255) tgatcagcctgatcaacatgcgcagcgtgaacctggtggcgcacttcaacctgctgttcgtgggtgtgcaggtggcgatcatcgccgtgttcatctacctgtgcGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGcaca > 5:273196‑M1/105‑144 (MQ=255) tgatcagcctgatcaacatgcgcagcgtgaacctggtggcgcacttcaacctgctgttcgtgggtgtgcaggtggcgatcatcgccgtgttcatctacctgtgcGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGcaca < 6:273196‑M1/40‑1 (MQ=255) aCTGCGTGAAAGGCGATGAACGAGTAGCAGAGGATGGTCGGATTGGCGGGCATGGCGCTGAAGTGGGTCTGGCTGTCGGCGATCGGTTTGAGGCTCCAGTTGGTAGCCAGGCCTTGTCCCTGGTCCAGGCGGGGTTCGCTCAGGTAGAt < 2:116128/149‑1 (MQ=255) aCTGCGTCAAAGCCCAGGAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGAt < 5:236907/149‑1 (MQ=255) aCTGCGTCAAAGCCCAGGAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGAt < 5:339432/149‑1 (MQ=255) tGCGTCAAAGCCCAGGAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATg > 3:300312/1‑148 (MQ=255) gTCAAAGCCCAGGAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAaca > 4:116641/1‑149 (MQ=255) gCCCAGGAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCACGCCGCGTACGCACACCTAGATCAACACcgcg > 2:336264/1‑148 (MQ=255) cAGGAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGTCCGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGGTCAAGGTGGTGCCCAGCCCTTCAACCAGGTCCAGGCCGCGGACGCACAGGTAGATGAAAACGGGcatga > 8:123268/1‑149 (MQ=255) ggAACGAGAAGCACTGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGTTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATc < 1:336264/149‑1 (MQ=255) cacaGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCgatg > 7:282274/1‑135 (MQ=255) cacaGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCgatg < 8:282274/135‑1 (MQ=255) aGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACAcc < 3:339326/149‑1 (MQ=255) gATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCgatgat < 2:251214/132‑1 (MQ=255) gATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCgatgat > 1:251214/1‑132 (MQ=255) gCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAAca < 8:227104/148‑1 (MQ=255) aCCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACgg > 8:270028/1‑116 (MQ=255) cggcggCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAgg > 6:198724/1‑149 (MQ=255) ggcggcCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGt < 5:198724/149‑1 (MQ=255) aCTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAgg > 1:62043/1‑149 (MQ=255) cTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGt > 1:334542/1‑149 (MQ=255) ggTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTc < 4:300312/148‑1 (MQ=255) ggTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCa > 4:220427/1‑149 (MQ=255) gCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTgc > 4:83808/1‑130 (MQ=255) gCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTgc < 3:83808/130‑1 (MQ=255) ggCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGt > 5:109311/1‑149 (MQ=255) ggCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGt < 2:62043/149‑1 (MQ=255) tATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATctgaa > 2:159207/1‑145 (MQ=255) cAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGt > 5:73118/1‑149 (MQ=255) cAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGt < 6:73118/149‑1 (MQ=255) tgtgcgtacgcggcctggaccagggtgaagggctgggtacGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCa > 5:273196‑M2/41‑144 (MQ=255) tgtgcgtacgcggcctggaccagggtgaagggctgggtacGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCa < 6:273196‑M2/104‑1 (MQ=255) tgcgtacgcggcctggaccagggtgaagggctgggtacGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGAc > 5:311218‑M2/39‑149 (MQ=255) ccAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCTCAGGTAGATGAACACGGCGATGAGCGCCACCTGCACACCCACGAACATCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCg < 7:123268/149‑1 (MQ=255) ccAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCg < 3:116641/149‑1 (MQ=255) cccTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGcca > 8:36160/1‑149 (MQ=255) cTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGccacc > 1:90904/1‑149 (MQ=255) ttCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATc < 3:89349/52‑1 (MQ=255) ttCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATc > 4:89349/1‑52 (MQ=255) ccTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGCCACCCACATc < 3:220427/149‑1 (MQ=255) ccTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGCCACCCACATc > 2:111873/1‑149 (MQ=255) cAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGc > 4:347460/1‑110 (MQ=255) cAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGCCACCCACATCCACTCAg < 2:90904/149‑1 (MQ=255) agggctgggtacGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGCCACCCACATCCACTCAg < 6:311218‑M2/137‑1 (MQ=255) cGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGCCACCCACATCCACTCAGGCACTTCCgg < 6:109311‑M2/147‑1 (MQ=255) | AGGCAGGTGACTGCGTCAAAGCCCAGGAACGAGAAGCACAGGATGGTCGCACCGGCGGCCAGGGCGCTGAACTGGGTCTGGCTGTCGGCGAACGGTATCAGGCTCCAGGTGGTACCCAGCCCTTCACCCTGGTCCAGGCCGCGTACGCACAGGTAGATGAACACGGCGATGATCGCCACCTGCACACCCACGAACAGCAGGTTGAAGTGCGCCACCAGGTTCACGCTGCGCATGTTGATCAGGCTGATCAGGGTGACGAAGCCGGCCACCCACATCCACTCAGGCACTTCCGG > NC_002947/1406436‑1406728 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |