New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2581891 | 56 (1.060) | 4 (0.080) | 4/242 | NT | 6.7% | coding (243/801 nt) | PP_2263 | sugar ABC transporter permease |
? | NC_002947 | = 2581936 | 58 (1.150) | coding (288/801 nt) | PP_2263 | sugar ABC transporter permease |
TCGACAACTACCGAGTGATCTTCACCGACGCCAGCTGGTACAGCGGCTACATCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCGTGGCGCTGGCCCATTGCCTGTTCAACGTACCGC > NC_002947/2581788‑2582081 | tCGACAACTACCGAGTGATCTTCACCGACGCCAGCTGGTACAGCGGCTACATCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGAc > 7:104608/1‑149 (MQ=255) cTACCGAGTGATCTTCACCGACGCCAGCTGGTACAGCGGCTACATCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCAcc > 6:23298/1‑149 (MQ=255) cACCGACGCCAGCTGGTACAGCGGCTACATCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTg < 5:23298/144‑1 (MQ=255) aCCGACGCCAGCTGGTACAGCGGCTACATCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGgctgct < 1:164718/149‑1 (MQ=255) ccGACGCCAGCTGGTACAGCGGCTACATCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGgctgct > 1:349047/1‑148 (MQ=255) cGACGCCAGCTGGTACAGCGGCTACATCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGa < 3:104659/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGGTACAGCGGCTAGATCATCTCGCTGTACTATGTGTGCGTGAAGACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCGTATGCGTTCTCGCGCTACGGCTTTCTCGGCGAGCGCCACCTGTTGTTCTGGCTGCTGACCAAc < 5:40838/149‑1 (MQ=255) gCGGCTACATCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCa > 6:293315/1‑149 (MQ=255) aCATCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑Ccggcg > 2:31999/1‑149 (MQ=255) aTCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATg < 8:30612/135‑1 (MQ=255) aTCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATg > 7:30612/1‑135 (MQ=255) tCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTg > 6:63385/1‑115 (MQ=255) tCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTg < 5:63385/115‑1 (MQ=255) tCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCct > 1:41618/1‑149 (MQ=255) gCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGgc < 4:180981/129‑1 (MQ=255) gCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGgc > 3:180981/1‑129 (MQ=255) aCTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTAGTCGGTCTCGCGGTACCGCTTTCTCGGCGCCCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCACCCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTGCCTGCTGCCg > 8:268715/1‑149 (MQ=255) cTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTc > 4:74494/1‑139 (MQ=255) cTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTc < 3:74494/139‑1 (MQ=255) aTGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGttc > 8:250508/1‑149 (MQ=255) tgtgtgCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCaa < 6:79167/111‑1 (MQ=255) tgtgtgCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCaa > 5:79167/1‑111 (MQ=255) tgtgtgCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGttct > 8:74299/1‑149 (MQ=255) gtgtgCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGATGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTc < 2:269118/135‑1 (MQ=255) gtgtgCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGATGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTc > 1:269118/1‑135 (MQ=255) tgtgCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGttcttc < 7:74299/149‑1 (MQ=255) ccTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCACCCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAg < 1:31999/149‑1 (MQ=255) cTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCTGTTCTTCCAGtt < 8:104608/149‑1 (MQ=255) acGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACtc < 5:293315/149‑1 (MQ=255) cGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGc > 3:21150/1‑101 (MQ=255) cGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGc < 4:21150/101‑1 (MQ=255) gCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAAGCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCctgc < 1:194609/125‑1 (MQ=255) gCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCctgc > 2:194609/1‑125 (MQ=255) gCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACtcgt > 5:59133/1‑149 (MQ=255) gATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCa < 1:85875/135‑1 (MQ=255) gATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCa > 2:85875/1‑135 (MQ=255) tCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCg < 4:153409/148‑1 (MQ=255) aCTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGc > 3:338661/1‑149 (MQ=255) tGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACcgccacgagcagtgaaatcagcgtgtggaggcacacatagtccagcgagttgatgtagccggtgtacctgctggcgtcggtgatgatcagtcg < 8:254269‑M2/149‑94 (MQ=255) cTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACcgccacgagcagtgaaatcagcgtgttcaggcacacatagtacagcgagttgatgtagccgctgtaccagctggcgtcggtgaagatcactcgg > 4:152582‑M2/1‑54 (MQ=255) cTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACcgccacgagcagtgaaatcagcgtgttcaggcacacatagtacagcgagttgatgtagccgctgtaccagctggcgtcggtgaagatcactcgg < 3:152582‑M2/148‑95 (MQ=255) cTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGtt < 7:250508/149‑1 (MQ=255) tCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGAcc > 8:67193/1‑80 (MQ=255) tCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGAcc < 7:67193/80‑1 (MQ=255) tGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACcgccacgagcagtgaaatcagcgtgttcaggcacacatagtacagcgagttgatgtagccgctgtaccagctggcgtcggtgaagatcactcggtagtt < 1:53983‑M2/149‑100 (MQ=255) ttGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCctg < 7:78812/102‑1 (MQ=255) ttGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCctg > 8:78812/1‑102 (MQ=255) ggCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCg < 2:349047/149‑1 (MQ=255) tATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCGTGgc > 7:307376/1‑149 (MQ=255) tATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCGTGgc > 1:240207/1‑149 (MQ=255) gCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTAc > 2:240636/1‑108 (MQ=255) gCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTAc < 1:240636/108‑1 (MQ=255) gTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCGTGGCGCTgg < 2:41618/149‑1 (MQ=255) gcTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCGTGGCGCTGGCCCATTGc < 8:307376/149‑1 (MQ=255) tACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGAt < 6:18797/104‑1 (MQ=255) tACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGAt > 5:18797/1‑104 (MQ=255) tACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCGTGGCGCTGGCCCATTGCCt > 2:20678/1‑149 (MQ=255) ccGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTTGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCGTGGCGCTGGCCCATTGCCt < 3:187794/147‑1 (MQ=255) ccGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTGGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCGTGGCGCTGGCCCATTGCCt > 4:187794/1‑147 (MQ=255) tcGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATc > 6:135659/1‑95 (MQ=255) tcGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATc < 5:135659/95‑1 (MQ=255) tcGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGTTCGATACCCCCATTGCCGTGGCGCTGGCCCATTGCCTGTTCAACGTa > 4:240383/1‑149 (MQ=255) tcGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCGTGGCGCTGGCCCATTGCCTGTTCAACGTa > 4:311966/1‑149 (MQ=255) ggCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCGTGGTGCTGGCCCATTGCCTGTTCAACGTAc < 1:185198/148‑1 (MQ=255) cGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCGTGGCGCTGGCCCATTGCCTGTTCAACGTACCGc < 3:311966/149‑1 (MQ=255) | TCGACAACTACCGAGTGATCTTCACCGACGCCAGCTGGTACAGCGGCTACATCAACTCGCTGTACTATGTGTGCCTGAACACGCTGATTTCACTGCTCGTGGCGTTGCCCGCGGCCTATGCGTTCTCGCGCTACCGCTTTCTCGGCGACCGCCACCTGTTCTTCTGGCTGCTGACCAACCGCATGGCGCCA‑CCGGCGGTGTTCCTGCTGCCGTTCTTCCAGTTGTACTCGTCGATCGGGCTGTTCGATACCCACATTGCCGTGGCGCTGGCCCATTGCCTGTTCAACGTACCGC > NC_002947/2581788‑2582081 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |