New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3371988 = | 51 (0.970) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 5.9% | coding (85/288 nt) | csoR | copper utilization transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3372008 = | 47 (0.920) | coding (65/288 nt) | csoR | copper utilization transcriptional regulator |
AGGCAGTGATCGATATGGTCTTGGATAAGCACACGCTTGGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTT > NC_002947/3371864‑3372151 | aGGCAGTGATCGATATGGTCTTGGATAAGCACACGCTTGGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCtt > 2:33801/1‑149 (MQ=255) aTCGATATGGTCTTGGATAAGCACACGCTTGGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCttt < 4:122672/149‑1 (MQ=255) gATATGGTCTTGGATAAGCACACGCTTGGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCtt > 4:20954/1‑145 (MQ=255) gATATGGTCTTGGATAAGCACACGCTTGGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCtt < 3:20954/145‑1 (MQ=255) ggggataggatgcgagcgtaattcatcgatgcatgagactcaaggcatgagcgatcacgaacacggccatcagcaccaaagtcatagcgatatcatcaaaaggttgaagcgtgcgcaggtggccctccgcaCGCTTCAA‑CCTTTtgatg < 2:12433‑M2/18‑1 (MQ=255) gATAAGCACACGCTTGGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCaa < 8:245551/129‑1 (MQ=255) gATAAGCACACGCTTGGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCaa > 7:245551/1‑129 (MQ=255) aaGCACACGCTTGGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGa < 2:128612/148‑1 (MQ=255) acacGCTTGGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCCTTTTGATGATATCGCTATGACttt < 1:4167/149‑1 (MQ=255) acacGCTTGGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTtg < 1:263664/129‑1 (MQ=255) acacGCTTGGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTtg > 2:263664/1‑129 (MQ=255) cGCTTGGCCTGGCAGACGTCTTTTTCCACGGCATGCAGTTCCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTg < 7:108447/149‑1 (MQ=255) gCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATg > 7:170354/1‑149 (MQ=255) ggCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCg > 1:83085/1‑149 (MQ=255) aGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCttt < 8:290479/111‑1 (MQ=255) aGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCgtgt > 3:128091/1‑149 (MQ=255) aGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCgtgt > 4:256524/1‑149 (MQ=255) aCGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGc < 1:183883/135‑1 (MQ=255) aCGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGc < 1:189462/135‑1 (MQ=255) aCGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGc > 2:189462/1‑135 (MQ=255) aCGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGc > 2:183883/1‑135 (MQ=255) tcaaggcatgagcgatcacgaacacggccatcagcaccaaagtcatagcgatatcatcaaaaggttgaagcgtgcgcaggtggccctccgcaCGCTTCAA‑CCttt > 6:115741‑M2/93‑105 (MQ=255) tcaaggcatgagcgatcacgaacacggccatcagcaccaaagtcatagcgatatcatcaaaaggttgaagcgtgcgcaggtggccctccgcaCGCTTCAA‑CCttt < 5:115741‑M2/13‑1 (MQ=255) tttttCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGAt > 8:206707/1‑149 (MQ=255) aTGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCtt < 8:170354/149‑1 (MQ=255) aGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGt > 6:236938/1‑149 (MQ=255) cTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCAt < 4:128091/149‑1 (MQ=255) cTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCAt < 2:83085/149‑1 (MQ=255) gAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATg > 1:246763/1‑148 (MQ=255) gATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCg < 3:256524/149‑1 (MQ=255) gACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAAt > 5:3627/1‑149 (MQ=255) ccGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCg > 8:313349/1‑148 (MQ=255) tCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTAt > 2:176538/1‑149 (MQ=255) ttCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCATATca > 3:90667/1‑148 (MQ=255) catcaaaaggttgaagcgTGCGGAGGGCCACCTGCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATcccc < 2:12433‑M1/131‑1 (MQ=255) cGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATc < 1:33801/146‑1 (MQ=255) gATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATccccc > 8:164943/1‑149 (MQ=255) aaaggttgaagcgTGCGGAGGGCCACCTGCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGa < 5:115741‑M1/92‑1 (MQ=255) aaaggttgaagcgTGCGGAGGGCCACCTGCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGa > 6:115741‑M1/14‑105 (MQ=255) tGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg < 7:164943/149‑1 (MQ=255) tGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg < 6:3627/149‑1 (MQ=255) cTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCa > 6:51008/1‑108 (MQ=255) cTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCa < 5:51008/108‑1 (MQ=255) tGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggggg > 4:191844/1‑148 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTggggggg < 5:24455/148‑1 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTggggggg > 6:24455/1‑148 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGa < 7:313349/149‑1 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGa > 2:97991/1‑149 (MQ=255) cGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGata < 5:236938/149‑1 (MQ=255) ctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTc < 1:97991/149‑1 (MQ=255) TGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTc < 4:302373‑M1/148‑1 (MQ=255) CGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCaaa < 4:288763‑M1/149‑1 (MQ=255) GCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAAc > 1:176538‑M1/1‑149 (MQ=255) ggTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCa > 2:250890/1‑148 (MQ=255) gTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAAc < 3:302373/149‑1 (MQ=255) gTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAAc < 3:288763/149‑1 (MQ=255) gCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAc < 4:90667/149‑1 (MQ=255) ccTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAccc > 5:143486/1‑149 (MQ=255) cgcaCGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCtt < 6:143486‑M2/144‑1 (MQ=255) | AGGCAGTGATCGATATGGTCTTGGATAAGCACACGCTTGGCCTGGCAGACGGCTTTTTCCACGGCATGCAGTTGCTGAGCGATGTCGACGCAGGCCCGGCTGTCTTCGATCATGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAA‑CCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTT > NC_002947/3371864‑3372151 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |