New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4592540 | 27 (0.510) | 3 (0.060) | 3/240 | NT | 8.4% | coding (799/1953 nt) | mccA | methylcrotonyl‑CoA carboxylase biotin‑containing subunit alpha |
? | NC_002947 | = 4592565 | 40 (0.800) | coding (824/1953 nt) | mccA | methylcrotonyl‑CoA carboxylase biotin‑containing subunit alpha |
CTCAACGAACGCGACTGTTCCATTCAGCGCCGCCATCAGAAGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTGGCAAATTCGCGTGGCCTGCGGCGAAG > NC_002947/4592423‑4592711 | cTCAACGAACGCGACTGTTCCATTCAGCGCCGCCATCAGAAGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCcggcac < 6:256707‑M2/149‑7 (MQ=255) cTCAACGAACGCGACTGTTCCATTCAGCGCCGCCATCAGAAGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCACCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCcggcac < 7:322943‑M2/149‑7 (MQ=255) aacgaacgCGACTGTTCCATTCAGCGCCGCCATCAGAAGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGt > 8:104582/1‑149 (MQ=255) aCTGTTCCATTCAGCGCCGCCATCAGAAGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTg < 2:162424/149‑1 (MQ=255) tGTTCCATTCAGCGCCGCCATCAGAAGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCt > 7:263942/1‑146 (MQ=255) tGTTCCATTCAGCGCCGCCATCAGAAGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCt < 8:263942/146‑1 (MQ=255) tGTTCCATTCAGCGCCGCCATCAGAAGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCt > 2:113394/1‑149 (MQ=255) cATTCAGCGCCGCCATCAGAAGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGAt < 1:113394/148‑1 (MQ=255) gccgccATCAGAAGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACTGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCgcggc < 5:243908/149‑1 (MQ=255) aGAAGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCACCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAAttcttc < 8:322943/149‑1 (MQ=255) aaGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGTGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAAttcttctt > 2:270643/1‑149 (MQ=255) ggtggtGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGGTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGGTTCTGGTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCa > 1:259187/1‑149 (MQ=255) tggtggAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATg < 5:256707/149‑1 (MQ=255) tggtggAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATg < 6:345861/149‑1 (MQ=255) gCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGAt > 7:135158/1‑114 (MQ=255) gCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGAt < 8:135158/114‑1 (MQ=255) ccTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGTGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGGCGGCAAAGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTc < 1:270643/149‑1 (MQ=255) cccGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGc > 3:318565/1‑148 (MQ=255) ccTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTgg < 4:318565/149‑1 (MQ=255) ccGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCg > 7:147140/1‑149 (MQ=255) cgcCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCAcc < 6:127860/147‑1 (MQ=255) gcCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAg > 5:86516/1‑149 (MQ=255) cGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGc < 6:86516/149‑1 (MQ=255) gtgcgtgcCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCcggcacgcaccgccgcttcgcccatggcccggcgcagttcgggcgacaggccgggggcaggggcctcttccaccaccttctgatggcggcgctgaatggaaca > 6:91665‑M2/1‑35 (MQ=255) gtgcgtgcCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCcggcacgcaccgccgcttcgcccatggcccggcgcagttcgggcgacaggccgggggcaggggcctcttccaccaccttctgatggcggcgctgaatggaaca < 5:91665‑M2/138‑104 (MQ=255) gtgcgtgcCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCttgt > 1:244678/1‑149 (MQ=255) cgtgcCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCcggcacgcaccgccgcttcgcccatggcccggcgcagttcgggcgacaggccgggggcaggggcctcttccaccaccttctgatggcggcgctgaatggaacagtcgcgttcgtt < 4:34842‑M2/147‑116 (MQ=255) gtgcCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGa > 8:58374/1‑139 (MQ=255) gtgcCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGa < 7:58374/139‑1 (MQ=255) tgcCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCt < 7:104582/149‑1 (MQ=255) gccgccCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTg > 6:245678/1‑149 (MQ=255) ccgccCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACTGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTg < 2:259187/148‑1 (MQ=255) cccAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTGGCa > 4:12029/1‑148 (MQ=255) aTCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCttg < 1:145326/130‑1 (MQ=255) aTCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCttg > 2:145326/1‑130 (MQ=255) ggTTACGTTGGTGCCGGC‑TCGGTTGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGAGAATTGTTATTCATGGAGATGAACACTCGCCTTGAAGTGAAACACCCTGTCACAGATGCCAt < 6:182878/110‑1 (MQ=255) ggTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTGGCAAATTCGCGTGGc > 5:311506/1‑149 (MQ=255) ggTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTGGCAAATTCGCGTGGc < 8:147140/149‑1 (MQ=255) ttACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTGGCAAATTCGCGTGGc < 2:149126/147‑1 (MQ=255) ttACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTGGCAAATTCGCGTGGc > 1:149126/1‑147 (MQ=255) aCGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTg < 7:5747/130‑1 (MQ=255) aCGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTg > 8:5747/1‑130 (MQ=255) aCGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTGGCAAATTCGCGTGGCCTgc > 3:340753/1‑149 (MQ=255) gTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTGGCAAATTCGCGTGGCCTgcgg > 7:114081/1‑149 (MQ=255) gTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTGGCAAATTCGCGTGGCCTgcgg > 4:150058/1‑149 (MQ=255) gTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTGGCAAATTCGCGTGGCCTgcgg > 5:38144/1‑149 (MQ=255) tGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTGGCAAATTCGCGTGGCCTGCGGCGAAg < 6:38144/149‑1 (MQ=255) gCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGcc > 5:361967/1‑67 (MQ=255) gCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGcc < 6:361967/67‑1 (MQ=255) | CTCAACGAACGCGACTGTTCCATTCAGCGCCGCCATCAGAAGGTGGTGGAAGAGGCCCCTGCCCCCGGCCTGTCGCCCGAACTGCGCCGGGCCATGGGCGAAGCGGCGGTGCGTGCCGCCCAGGCTATCGGTTACGTGGGTGCCGGC‑ACGGTGGAGTTTCTGCTTGATGCCCGCGGCGAATTCTTCTTCATGGAGATGAACACTCGCCTGCAAGTGGAACACCCGGTCACCGAGGCCATAACCGGCCTGGACCTTGTTGCCTGGCAAATTCGCGTGGCCTGCGGCGAAG > NC_002947/4592423‑4592711 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |