New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4734978 = | 32 (0.610) | 5 (0.100) | 5/240 | NT | 12.5% | coding (657/2832 nt) | sucA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
? | NC_002947 | 4735020 = | 40 (0.800) | coding (615/2832 nt) | sucA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
AGAGCCGGAACGCTGGATCATTTCATCCAGCATCGGAATCAGGCTCTCGCCGCCTTCAAGGCCGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGTCTTCTGGAGTGCATCGAAGATGTCGCGTA > NC_002947/4734873‑4735165 | agagCCGGAACGCTGGATCATTTCATCCAGCATCGGAATCAGGCTCTCGCCGCCTTCAAGGCCGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGc < 3:185607/148‑1 (MQ=255) ggcgccgaattcacccacatcgtcgattccgagcagcgcagctggttccagcagcgcctggaaagcgtgcgcggccgtccggagtattccgctgacgtgCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGGGGGCCTGCACGTCa > 5:62036‑M1/100‑148 (MQ=255) cgccgaattcacccacatcgtcgattccgagcagcgcagctggttccagcagcgcctggaaagcgtgcgcggccgtccggagtattccgctgacgtgCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGc > 2:320899‑M1/98‑140 (MQ=255) cgccgaattcacccacatcgtcgattccgagcagcgcagctggttccagcagcgcctggaaagcgtgcgcggccgtccggagtattccgctgacgtgCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGc < 1:320899‑M1/43‑1 (MQ=255) tCCAGCATCGGAATCAGGCTCTCGCCGCCTTCAAGGCCGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGcc > 7:288068/1‑149 (MQ=255) tCCAGCATCGGAATCAGGCTCTCGCCGCCTTCAAGGCCGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGcc < 2:154880/149‑1 (MQ=255) ccAGCATCGGAATCAGGCTCTCGCCGCCTTCAAGGCCGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCcg > 1:326358/1‑149 (MQ=255) gAATCAGGCTCTCGCCGCCTTCAAGGCCGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATa < 2:209105/127‑1 (MQ=255) gAATCAGGCTCTCGCCGCCTTCAAGGCCGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATa > 1:209105/1‑127 (MQ=255) ggCTCTCGCCGCCTTCAAGGCCGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAgg < 2:326358/149‑1 (MQ=255) gccgccTTCAAGGCCGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCgct‑‑gc < 1:44895/148‑1 (MQ=255) gccTTCAAGGCCGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGa < 6:296788/149‑1 (MQ=255) cTTCAAGGCCGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAAc < 3:78073/149‑1 (MQ=255) cGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAgctgcgc < 8:288068/149‑1 (MQ=255) gAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGCTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAgctgcgct > 8:135604/1‑149 (MQ=255) aTCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAgctgcgctgc > 7:193334/1‑149 (MQ=255) cTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCg > 2:340545/1‑148 (MQ=255) ggTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGAtg < 8:193334/149‑1 (MQ=255) tGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCT‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTgg < 5:234404/146‑1 (MQ=255) tGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTgg > 6:234404/1‑146 (MQ=255) ccAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCg > 6:337532/1‑149 (MQ=255) cAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGCAGCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCg > 1:53357/1‑149 (MQ=255) cAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGAtgt > 3:93750/1‑137 (MQ=255) cAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGAtgt < 4:93750/137‑1 (MQ=255) tgacgtgcaggcccccctgctcgagcgcgtaaccgccggtgagggcctgCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGcc > 5:62036‑M2/50‑148 (MQ=255) ttttCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTgg > 7:265121/1‑132 (MQ=255) ttttCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTgg < 8:265121/132‑1 (MQ=255) gcaggcccacctgctcgagcgcgtaaccgccggtgagggcctgCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGgcg > 2:320899‑M2/44‑140 (MQ=255) gcaggcccacctgctcgagcgcgtaaccgccggtgagggcctgCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGgcg < 1:320899‑M2/97‑1 (MQ=255) caggcccacctgctcgagcgcgtaaccgccggtgagggcctgCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGc > 1:194831‑M2/43‑149 (MQ=255) GGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTgg > 7:323938‑M1/1‑125 (MQ=255) GGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTgg < 8:323938‑M1/125‑1 (MQ=255) GCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGa < 4:59904‑M1/148‑1 (MQ=255) GCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGa < 1:82915‑M1/148‑1 (MQ=255) GCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGAc > 3:336446‑M1/1‑149 (MQ=255) CCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACaa < 3:125754‑M1/149‑1 (MQ=255) CTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACaa < 1:56189‑M1/148‑1 (MQ=255) tCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAata > 3:185369/1‑149 (MQ=255) tCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAata > 7:283396/1‑149 (MQ=255) cacctgctcgagcgcgtaaccgccggtgagggcctgCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAat < 2:194831‑M2/113‑1 (MQ=255) gcggTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCa < 8:253721/129‑1 (MQ=255) gcggTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCa > 7:253721/1‑129 (MQ=255) cggTTACGC‑GGTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGTAATACTCCGGACGGCCGGGCCACGCTTTCATGGGCCTAAGCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGtc < 1:108314/149‑1 (MQ=255) ggTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGtcttct > 7:207656/1‑149 (MQ=255) gc‑gcTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATg < 1:346891/124‑1 (MQ=255) gc‑gcTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATg > 2:346891/1‑124 (MQ=255) gc‑gcTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGTCTTCTGGAGTg > 5:242260/1‑149 (MQ=255) c‑gcTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGTCTTCTGGAGTGc < 4:185369/149‑1 (MQ=255) gcTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTc > 4:343135/1‑112 (MQ=255) gcTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTc < 3:343135/112‑1 (MQ=255) cTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGTCTTCTGGAGTGCAt < 2:82915/149‑1 (MQ=255) tCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGCGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGTCTTCTGGAGTGCATc > 5:311347/1‑149 (MQ=255) cGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTgg < 5:195288/101‑1 (MQ=255) cGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTgg > 6:195288/1‑101 (MQ=255) aGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGTCTTCTGGAGTGCATCGaa < 8:283396/149‑1 (MQ=255) gCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGTCTTCTGGAGTGCATCGAAg < 7:135604/149‑1 (MQ=255) aGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGCGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGTCTTCTGGAGTGCATCGAAGAt < 6:311347/149‑1 (MQ=255) tGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGTCTTCTGGAGTGCATCGAAGATGTc < 5:337532/149‑1 (MQ=255) ctgCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGTGTTCTGGAGTGCATCGAAGATGTCGCGTa < 3:59904‑M2/146‑1 (MQ=255) | AGAGCCGGAACGCTGGATCATTTCATCCAGCATCGGAATCAGGCTCTCGCCGCCTTCAAGGCCGAATCGCTTGGTGCCCGGGTACTTGGTGCCCAGGTACTTTTCCAGGCCCTCACCGGCGGTTACGC‑GCTCGAGCAGGTGGGCCTGCACGTCAGCGGAATACTCCGGACGGCCGCG‑CACGCTTTCCAGGCGCT‑‑GCTGGAACCAGCTGCGCTGCTCGGAATCGACGATGTGGGTGAATTCGGCGCCAATGGTGCGACAATATGTCTTCTGGAGTGCATCGAAGATGTCGCGTA > NC_002947/4734873‑4735165 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |