| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2295775 = | 36 (0.610) | 4 (0.080) | 4/214 | NT | 13.0% | intergenic (+21/+112) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| ? | NC_002947 | 2295860 = | 24 (0.500) | intergenic (+106/+27) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein | |||||
GTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCG > NC_002947/2295629‑2295918 | tgcgccagtttgccggggtcgaaccgcagtggttcgccgaggcggcttatccgcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgtgt > 3:180866‑M1/147‑149 (MQ=255) tCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTtgtg > 3:49497/1‑149 (MQ=255) gccagtttgccggggtcgaaccgcagtggttcgccgaggcggcttatccgcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgTGTggg < 2:333828‑M1/6‑1 (MQ=255) ccagtttgccggggtcgaaccgcagtggttcgccgaggcggcttatccgcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgTGTgg < 2:191758‑M1/5‑1 (MQ=255) cTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAg < 4:49497/148‑1 (MQ=255) gtttgccggggtcgaaccgcagtggttcgccgaggcggcttatccgcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggccatcatggtccgctgattaaccatcgggctgcacatgggtccgTGTGGGAGCg < 2:292001‑M1/10‑1 (MQ=255) gtttgccggggtcgaaccgcagtggttcgccgaggcggcttatccgcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatggttccgTGTGGGAGCg < 8:230435‑M1/10‑1 (MQ=255) gtttgccggggtcgaaccgcagtggttcgccgaggcggcttatccgcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgTGTgggatcg > 2:274218‑M1/140‑146 (MQ=255) gCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCgg > 2:177882/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTTGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTtgt < 7:16667/140‑1 (MQ=255) ccAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTtgt > 8:16667/1‑140 (MQ=255) cggggtcgaacagcagtggttcgccgaggcggcttatccgcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtcctTGTGGGAGCGGGCATg < 5:74984‑M1/16‑1 (MQ=255) ccatgcaGACAGCAGCAAGGCTTATGCCACCCACAGCTACAACGATCAGTAACTGCGCCAGAGCGACAATTTACATGAGGACCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATATGGCATGTTTGAGGTCCTTGTGGTAGATGGCAttcaagag > 1:289093/1‑141 (MQ=255) catgccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTTCCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGaa < 3:52893/149‑1 (MQ=255) catgccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGa > 3:286991/1‑148 (MQ=255) catgccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGa < 4:286991/148‑1 (MQ=255) aaccgcagtggttcgccgaggcggcttatccgcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGaa > 5:177973‑M1/126‑149 (MQ=255) ctgccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCcgctccc < 8:150747/148‑5 (MQ=255) gACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCgg > 6:32336/1‑149 (MQ=255) tcgccgaggcggcttatcagcgtgtgcggagctgggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgTGTgg < 1:241375‑M1/5‑1 (MQ=255) cagcaAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCagag > 4:301444/1‑149 (MQ=255) tcgccgaggcggcttatccgcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgTGTgg > 2:241375‑M1/114‑118 (MQ=255) cTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCTCTGCCGGTgttc < 6:153130/147‑4 (MQ=255) cTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCACGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCa < 5:196150/147‑1 (MQ=255) tGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGc < 4:240097/115‑1 (MQ=255) tGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGc > 3:240097/1‑115 (MQ=255) cacccacAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCgg > 6:320225/1‑129 (MQ=255) cacccacAGCTACACCGAGCACTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCgg < 5:320225/129‑1 (MQ=255) ccacAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTCATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACcgcg < 2:167193/149‑1 (MQ=255) gcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgTGTGGGAGCGGGc < 2:161664‑M1/13‑1 (MQ=255) gcgtgtgcggagctggctggaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGt < 5:174005‑M1/55‑1 (MQ=255) aGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGCAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGc > 3:26180/1‑149 (MQ=255) gaggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatggggccgTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCAt > 5:31467‑M1/76‑147 (MQ=255) gagggggggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtcctTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATg > 6:74984‑M1/76‑148 (MQ=255) ccTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGTGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGc < 2:289093/149‑1 (MQ=255) cTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGcc < 5:32336/149‑1 (MQ=255) ggggtggctggcttcggagctgttcaaggcaatcatggtccgctgattaaacatcgggctgcacatgggtccgTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGccc > 6:174005‑M1/74‑149 (MQ=255) gcgcCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCg > 1:47152/1‑149 (MQ=255) gcgcCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCg > 2:326625/1‑149 (MQ=255) cAATTTCAATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCCGGCAATCCCGCTACCCCACCGa > 1:235400/1‑149 (MQ=37) aGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGAt < 3:301444/147‑1 (MQ=255) gCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTaa > 6:319358/1‑149 (MQ=255) aaGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCCCTTAGCGGGCCTTCCCCCTACCACACCGACCCCTGTGCCGCCCGATGTTTTAt > 1:333828/1‑148 (MQ=37) accacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGAc > 1:29107/1‑149 (MQ=255) acTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCAt > 6:116285/1‑149 (MQ=255) tGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTAGCGGGCCTGCCCGCTACCACACGGACCCCTGTGCAGCGCGATGTTTTATCAGCGGAACATGa > 1:292001/1‑149 (MQ=37) gCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCt > 4:289610/1‑95 (MQ=255) gCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCt < 3:289610/95‑1 (MQ=255) gCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGAtt < 2:47152/144‑1 (MQ=255) gCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCtt < 2:29107/149‑1 (MQ=255) gCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCATCGCGGGCATGCCCCCTCCCACACGGACCCAAGTGAAGCCCGAAGTTTAATCAGCGGACCATGAATGccgt > 6:228008/1‑147 (MQ=37) tgtgAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCCCACGGACCCCTGTGCAGCCCGATGGTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGaa > 8:213891/1‑147 (MQ=255) aGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTAGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTACAGCCCGATGTTTAAt > 6:89664/1‑120 (MQ=255) ggTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTcc < 5:116285/149‑1 (MQ=255) gTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTcc > 7:230435/1‑148 (MQ=255) cTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGCACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCCCACGGCCCCATGTGCCGCCCGATGTTTTATCAGCGGGCCATGATTGGCGTGAACAGCGCCg > 1:191758/1‑147 (MQ=25) | GTCGTACTGCCAGCGCATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCG > NC_002947/2295629‑2295918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |