New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2295775 = | 36 (0.610) | 4 (0.080) | 4/214 | NT | 13.0% | intergenic (+21/+112) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
? | NC_002947 | 2295860 = | 24 (0.500) | intergenic (+106/+27) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
CAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCA > NC_002947/2295715‑2296005 | cAATTTCAATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCCGGCAATCCCGCTACCCCACCGa > 1:235400/1‑149 (MQ=37) aGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGAt < 3:301444/147‑1 (MQ=255) gCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTaa > 6:319358/1‑149 (MQ=255) aaGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCCCTTAGCGGGCCTTCCCCCTACCACACCGACCCCTGTGCCGCCCGATGTTTTAt > 1:333828/1‑148 (MQ=37) accacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGAc > 1:29107/1‑149 (MQ=255) acTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCAt > 6:116285/1‑149 (MQ=255) tGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTAGCGGGCCTGCCCGCTACCACACGGACCCCTGTGCAGCGCGATGTTTTATCAGCGGAACATGa > 1:292001/1‑149 (MQ=37) gCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGAtt < 2:47152/144‑1 (MQ=255) gCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCtt < 2:29107/149‑1 (MQ=255) gCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCATCGCGGGCATGCCCCCTCCCACACGGACCCAAGTGAAGCCCGAAGTTTAATCAGCGGACCATGAATGccgt > 6:228008/1‑147 (MQ=37) tgtgAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCCCACGGACCCCTGTGCAGCCCGATGGTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGaa > 8:213891/1‑147 (MQ=255) aGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTAGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTACAGCCCGATGTTTAAt > 6:89664/1‑120 (MQ=255) ggTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTcc < 5:116285/149‑1 (MQ=255) gTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTcc > 7:230435/1‑148 (MQ=255) cTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGCACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCGTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCCCACGGCCCCATGTGCCGCCCGATGTTTTATCAGCGGGCCATGATTGGCGTGAACAGCGCCg > 1:191758/1‑147 (MQ=25) GGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CATCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCACCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTACTCAGCGGACCAAGATTGCCGTGAACCGCTCCGAagcccgcc < 7:56745‑M1/149‑1 (MQ=255) gggggCAGGCCCGCTAA‑CACGGGCAGCGCGGGTGCCAGCCCCCCGGGGCCCCGCTGCGCGGGAATGCCCCCGCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCAcc < 5:249435/147‑1 (MQ=255) gggcatgcccgcgaagcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgggcatgcccgctcccacaCGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCAcccc > 6:174005‑M2/77‑149 (MQ=255) GCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTc > 1:326625‑M1/1‑149 (MQ=255) catgcccgcgaagcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgggcatgcccgctcccacaAGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCCCCCCTc > 6:74984‑M2/74‑148 (MQ=255) atgcccgcgaagcgggcaccgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgggcatgcccgctcccacaCGGCCCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTc > 5:31467‑M2/73‑147 (MQ=255) CCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCAtgtg > 5:3172‑M1/1‑80 (MQ=255) CCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCCCCGGCATGCCCCCTACCCCACGGACCCAagtg < 6:3172‑M1/80‑1 (MQ=255) CCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCAATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTccag‑cca > 5:228008‑M1/1‑149 (MQ=255) CGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGaa < 2:47438‑M1/116‑1 (MQ=255) CGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGaa > 1:47438‑M1/1‑116 (MQ=255) acCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCCATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCCAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGca > 2:72911/1‑149 (MQ=255) accgcggtggatggcaccggctctgccggtgttcgcgggcatgcccgctcccacaCGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACAcgc < 5:174005‑M2/94‑1 (MQ=255) agagCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCCCACGGCCCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACAcgcg > 7:267280/1‑149 (MQ=255) agagCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTAGCCGGCATGCCCCCTACCACACGGACCCAAGTGCAGGCCGATAGTTAAAAAGCGGAACAAGAATGCCATGAACACCAACGAAAACACACACCCCTCCAC‑CCAGCTCCACaaacccc > 8:93539/1‑146 (MQ=255) cccGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGAt < 3:78037/148‑1 (MQ=255) gTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAgc < 5:319358/149‑1 (MQ=255) cACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCgg < 4:26180/149‑1 (MQ=255) aCCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCCGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCCCCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCCCCCGCGGATAAGCCGCCGCGGc > 4:342768/1‑149 (MQ=255) aCCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCCGCTACGCCCACGCGGATAAGCCGCCTCgg > 2:104505/1‑148 (MQ=255) aCCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCgg < 1:104505/148‑1 (MQ=255) ccGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGc < 8:267280/149‑1 (MQ=255) cGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCg > 8:51969/1‑149 (MQ=255) cTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCacac < 4:93508/117‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCacac > 3:93508/1‑117 (MQ=255) ttcgcgggcatgcccgctcccacaCGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGtt > 5:177973‑M2/25‑149 (MQ=255) catgcccgctcccacaAGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCTGTTCGACCCCg < 5:74984‑M2/133‑1 (MQ=255) gcccgctcccacaCGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACAcgc < 2:161664‑M2/94‑1 (MQ=255) cgctcccacaCGGACCCATGTGCAGCCCGATGGTTAATCAGCGGACCATGATGGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAAc < 2:292001‑M2/139‑1 (MQ=255) cgctcccacaCGGAACCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAAc < 8:230435‑M2/139‑1 (MQ=255) cgatcccacaCGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAAc > 2:274218‑M2/11‑149 (MQ=255) cccacaCGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGgc < 2:333828‑M2/143‑1 (MQ=255) ccacaCGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCCAGCTCCGCACACGCTGATAAGCCGCCTCGGCGa < 1:241375‑M2/114‑1 (MQ=255) ccacaCGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGa > 2:241375‑M2/6‑118 (MQ=255) ccacaCGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTgg < 2:191758‑M2/142‑1 (MQ=255) acaCGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCa > 3:180866‑M2/4‑149 (MQ=255) | CAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑CACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAG‑CCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCA > NC_002947/2295715‑2296005 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |