New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2417488 = | 48 (0.820) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 6.2% | coding (523/1764 nt) | PP_2119 | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
? | NC_002947 | 2417551 = | 45 (0.810) | coding (586/1764 nt) | PP_2119 | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
GTCTCGGCTGACTGCGGACACCACCTTGCTGCAATCAGTGATCGGTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTGGGGCAGATCAAGACCGTGCAGGCCTACAACCACCAG > NC_002947/2417340‑2417634 | tccgcttgcgggcaacagtaaacgctgcttcgaccgtatcggcgaacagttcgcggtcgtgcgcctggtggttgtaggcctgcacggtcttgatctgccccagcgtctcagccacgtagctgcccacatcggcgactctgtcctggctc < 4:88179‑M1/1‑1 (MQ=255) tctcGGCTGACTGCGGACACCACCTTGCTGCAATCAGTGATCGGTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCt < 5:144021/149‑1 (MQ=255) gcttgcgggcaacagtaaacgctgcttcgaccgtatcggcgaacagttcgcggtcgtgcgcctggtggttgtaggcctgcacggtcttgatctgccccagcgtctcagccacgtagctgcccacatcggcgactctgtcctggctCTGc > 6:347501‑M1/146‑149 (MQ=255) gcttgcgggcaacagtaaacgctgcttcgaccgtatcggcgaacagttcgcggtcgtgcgcctggtggttgtaggcctgcacggtcttgatctgccccagcgtctcagccacgtagctgcccacatcggcgactctgtcctggctCTGc < 5:347501‑M1/4‑1 (MQ=255) cttgcgggctacagtaaacgctgcttcgaccgtatcggcgaacagttcgcggtcgtgcgcctggtggttgtaggcctgcacggtcttgatgttccccagcgtctcagccacgtagctgcccacatcggcgactctgtcctggctCTGcc > 5:353001‑M1/145‑149 (MQ=255) gCTGACTGCGGACACCACCTTGCTGCAATCAGTGATCGGTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGc < 3:122554/149‑1 (MQ=255) gcgggcaacagtaaacgctgcttcgaccgtatcggcgaacagttcgcggtcgtgcgcctggtggttgtaggcctgcacggtcttgatctgccccagcgtctcagccacgtagctgcccacatcggcgactctgtcctggctCTGCCGc > 1:166936‑M1/142‑148 (MQ=255) gcgggcaacagtaaacgctgcttcgaccgtatcggcgaacagttcgcggtcgtgcgcctggtggttgtaggcctgcacggtcttgatctgccccagcgtctcagccacgtagctgcccacatcggcgactctgtcctggctCTGCCGc > 1:172378‑M1/142‑148 (MQ=255) ggACACCACCTTGCTGCAATCAGTGATCGGTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTgg < 1:289913/149‑1 (MQ=255) caccTTGCTGCAATCAGTGATCGGTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGAAccta > 1:242335/1‑147 (MQ=255) cAATCAGTGATCGGTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCtgttgt < 4:296132/148‑1 (MQ=255) cAATCAGTGATCGGTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTgttgtt < 4:50792/149‑1 (MQ=255) aaTCAGTGATCGGTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTc < 5:73273/149‑1 (MQ=255) aTCGGTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCg > 6:290940/1‑149 (MQ=255) tCGGTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCgg > 6:170659/1‑149 (MQ=255) ggTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGt < 6:132965/149‑1 (MQ=255) gTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTg > 1:103911/1‑149 (MQ=255) ttCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTgc < 3:290401/149‑1 (MQ=255) aTCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTgcg > 4:136460/1‑147 (MQ=255) gCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGc < 1:233220/148‑1 (MQ=255) tGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCgg > 4:67104/1‑130 (MQ=255) tGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCgg < 3:67104/130‑1 (MQ=255) ttCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTGGGGTGCGCAGCCTGTCGCgg > 4:53929/1‑147 (MQ=255) ttCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCa < 2:169383/149‑1 (MQ=255) cctggtggttgtaggcctgcacggtcttgatctgccccagcgtctcagccacgtagctgcccacatcggcgactctggcctggctCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCa‑‑ga > 5:97821‑M1/86‑149 (MQ=255) cTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCa‑‑gag > 8:82852/1‑149 (MQ=255) cTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCa‑‑gag > 3:277105/1‑149 (MQ=255) gttgtaggcctgcacggtcttgatctgccccagcgtctcagccacgtagctgcccacatcggcgactctgtcctggctCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGc > 8:169500‑M1/79‑139 (MQ=255) gttgtaggcctgcacggtcttgatctgccccagcgtctcagccacgtagctgcccacatcggcgactctgtcctggctCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGc < 7:169500‑M1/61‑1 (MQ=255) aaCGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGa > 5:144263/1‑149 (MQ=255) cgcTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTGGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACaga < 3:53929/149‑1 (MQ=255) gcTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGa < 1:284464/144‑1 (MQ=255) gcTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGa > 2:284464/1‑144 (MQ=255) aTGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGtt < 2:158124/83‑1 (MQ=255) aTGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGtt > 1:158124/1‑83 (MQ=255) gctgtgtGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTggg < 3:78992/145‑1 (MQ=255) ttGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGc > 2:110356/1‑149 (MQ=255) gCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCTATGTGGGCCGATACGTgtgt > 6:259867/1‑145 (MQ=255) atcaCCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGAtgt > 4:196257/1‑125 (MQ=255) atcaCCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGAtgt < 3:196257/125‑1 (MQ=255) tcaCCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTg < 6:60471/149‑1 (MQ=255) aCCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTgg < 2:103911/148‑1 (MQ=255) aaCCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCa‑‑g < 7:153180/96‑1 (MQ=255) aaCCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCa‑‑g > 8:153180/1‑96 (MQ=255) ccccAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTGGGGCAGa < 5:259867/149‑1 (MQ=255) cccAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACa > 4:108869/1‑103 (MQ=255) cccAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACa < 3:108869/103‑1 (MQ=255) cccAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTgggg > 7:162749/1‑144 (MQ=255) cccAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTgg < 6:173037/142‑1 (MQ=255) cccAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTgg > 5:173037/1‑142 (MQ=255) cccAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGAAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTgggg > 6:70031/1‑144 (MQ=255) cAAGCTCACCAGCAACGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTGGGGCAGATc > 7:315914/1‑148 (MQ=255) aacAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCACCGAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTGGGGCAGATCAAGa < 1:110356/145‑1 (MQ=255) aCCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTGGGGCAGATCAAGACCGt > 6:352893/1‑149 (MQ=255) gCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTGGGGCAGATCAAGACCGTGCAg < 5:170659/149‑1 (MQ=255) aTCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTGGGGCAGATCAAGACCGTGCAGGc > 5:238777/1‑149 (MQ=255) tggtggTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTGGGGCAGATCAAGACCGTGCAGGCCTa > 7:223593/1‑148 (MQ=255) tggtggTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTGGGGCAGATCAAGACCGTGCAGGCCTa > 3:769/1‑148 (MQ=255) taactCTGCCGCGGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGATGAGACGCTGGGGCAGATCAAGACCGTGCAGGCCTACAaccac > 2:242335‑M1/6‑149 (MQ=255) cGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTGGGGCAGATCAAGACCGTGCAGGCCTACAACCACCAg < 8:162749/149‑1 (MQ=255) | GTCTCGGCTGACTGCGGACACCACCTTGCTGCAATCAGTGATCGGTTCATCGCTGTCGATGTTCCTGCGCAACGCGCTGATGGTCATTGGCGGTGTGGTATTGCTGTTCATCACCAACCCCAAGCTCACCAGCATCGTGGTGGTAACGCTGCCGCTGGTGTTGGCACCGATCCTGTTGTTCGGCCGTCGGGTGCGCAGCCTGTCGCGGCA‑‑GAGCCAGGACAGAGTCGCCGATGTGGGCAGCTACGTGGCTGAGACGCTGGGGCAGATCAAGACCGTGCAGGCCTACAACCACCAG > NC_002947/2417340‑2417634 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |