New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4239611 | 37 (0.630) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 7.8% | coding (679/900 nt) | PP_3717 | LuxR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 4239634 | 36 (0.650) | coding (656/900 nt) | PP_3717 | LuxR family transcriptional regulator |
CAAGCTTCATGTACAGGTTCTTGCGGTGCATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAACAGGTCGACCTGCCCGGCGTTCAGGCGCGTG > NC_002947/4239470‑4239759 | cAAGCTTCATGTACAGGTTCTTGCGGTGCATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTg > 5:348348/1‑149 (MQ=255) aaGCTTCATGTACAGGTTCTTGCGGTGCATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGCTGCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTg < 1:261296/149‑1 (MQ=255) aaGCTTCATGTACAGGTTCTTGCGGTGCATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAg < 4:365058/145‑1 (MQ=255) aaGCTTCATGTACAGGTTCTTGCGGTGCATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCt < 5:42663/147‑1 (MQ=255) gCTTCATGTACAGGTTCTTGCGGTGCATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCg < 8:320187/149‑1 (MQ=255) tCATGTACAGGTTCTTGCGGTGCATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAAc > 5:116786/1‑149 (MQ=255) cAGGTTCTTGCGGTGCATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGctgcc < 3:13410/148‑1 (MQ=255) ttCTTGCGGTGCATGCGCACGGGCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAg > 5:117918‑M2/1‑148 (MQ=255) gCGGTGCATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCGGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAggctgc < 8:226475‑M2/149‑7 (MQ=255) gCGGTGCATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAggc > 5:142714‑M2/1‑143 (MQ=255) gTGCATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCtgcaggcagcgttcgacagcttcggctgccag < 5:50991‑M1/149‑33 (MQ=255) cATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCt > 6:307230/1‑149 (MQ=255) aTGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCtgcaggcagcgttcgacagcttcggctgcc > 1:301009‑M1/1‑113 (MQ=255) aTGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCtgcaggcagcgttcgacagcttcggctgcc < 2:301009‑M1/143‑31 (MQ=255) tGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCg < 7:350613/149‑1 (MQ=255) gcACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGtt > 4:75063/1‑149 (MQ=255) gcACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGtt > 3:92851/1‑149 (MQ=255) aCGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGa < 6:10228/149‑1 (MQ=255) cGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGAt < 5:313785/149‑1 (MQ=255) tcCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAgc > 2:326413/1‑149 (MQ=255) ggCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAg < 1:48906/102‑1 (MQ=255) ggCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAg > 2:48906/1‑102 (MQ=255) gCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGccc < 1:208116/149‑1 (MQ=255) cAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGt < 1:326413/149‑1 (MQ=255) gcgcGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCgg < 5:307230/149‑1 (MQ=255) gTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCAt > 4:338956/1‑148 (MQ=255) ccGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTcgcg < 3:75063/149‑1 (MQ=255) cgcgCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTcgcg > 1:190112/1‑148 (MQ=255) aGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCAt > 5:270976/1‑149 (MQ=255) gATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTCTAGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATc > 1:50425/1‑149 (MQ=255) c‑gcCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCCCCAgc < 6:116786/148‑1 (MQ=255) ccACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGcgca > 4:174829/1‑149 (MQ=255) ccACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGcgca > 7:193244/1‑149 (MQ=255) cACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGcgcac < 4:92851/149‑1 (MQ=255) cACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGcgcac < 3:152354/149‑1 (MQ=255) ggtcggtc‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAACAGGTCGAcc > 3:273076/1‑149 (MQ=255) ggtc‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAACAGGTCGACCTGcc < 8:193244/149‑1 (MQ=255) tc‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAAc > 2:269759/1‑134 (MQ=255) tc‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAAc < 1:269759/134‑1 (MQ=255) tc‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAACAGGTCGACCTGCCCg < 7:226475/149‑1 (MQ=255) tc‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAACAGGTCGACCTGCCCg > 3:242971/1‑149 (MQ=255) cTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAggctgccaggtgctgaccgaccgcgaacgggaagtggcgcacatgatcctgcgcgggcactcggtgaaatctaccgcgctggagttgggtatttcgccggagaccgtgcgcatgcac < 5:50991‑M2/149‑118 (MQ=255) cTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAACAGGTCGACCTGCCCGGCGtt > 1:140287/1‑147 (MQ=255) cTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAACAGGTCGACCTGCCCGGCGtt > 4:58154/1‑147 (MQ=255) ggCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAggctgccaggtgctgaccgaccgcgaacgggaagtggcgcacatgatcctgcgcgggcactcggtgaaatctaccgcgctggagttgggtatttcgccggagaccgtgcgcat < 2:301009‑M2/143‑114 (MQ=255) ggCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAggctgccaggtgctgaccgaccgcgaacgggaagtggcgcacatgatcctgcgcgggcactcggtgaaatctaccgcgctggagttgggtatttcgccggagaccgtgcgcat > 1:301009‑M2/1‑30 (MQ=255) gCAGCCtgcaggcagcgttcgacagcttcggctgccaggtgctgaccgaccgcgaacgggaagtggcgcacatgatcccgcgcgggcactcggtgaaatctaccgcgctggagttgggtatttcgccggagaccgtgcgcatgcaccgc < 8:226475‑M1/149‑144 (MQ=255) gCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAACAGGTCGACCTGCCCGGCGTTCAg < 2:190112/147‑1 (MQ=255) gCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAACAGGTCGACCTGCCCGGCGTTCAGgc < 2:140287/149‑1 (MQ=255) gCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAACAGGTCGACCTGCCCGGCGTTCAGgc > 1:309518/1‑149 (MQ=255) aGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAACAGGTCGACCTGCCCGGCGTTCAGgcgc > 6:279489/1‑149 (MQ=255) gCCtgcaggcagcgttcgacagcttcggctgccaggtgctgaccgaccgcgaacgggaagtggcgcacatgatcctgcgcgggcactcggtgaaatctaccgcgctggagttgggtatttcgccggagaccgtgcgcatgcaccgc > 5:142714‑M1/1‑3 (MQ=255) ctgcaggcagcgttcgacagcttcggctgccaggtgctgaccgaccgcgaacgggaagtggcgcacatgatcctgcgcgggcactcggtgaaatctaccgcgctggagttgggtatttcgccggagcccgtgcgcatgcaccgcaagaa > 5:117918‑M1/1‑1 (MQ=255) | CAAGCTTCATGTACAGGTTCTTGCGGTGCATGCGCACGGTCTCCGGCGAAATACCCAACTCCAGCGCGGTAGATTTCACCGAGTGCCCGCGCAGGATCATGTGC‑GCCACTTCCCGTTCGCGGTCGGTC‑AGCACCTGGCAGCCGAAGCTGTCGAACGCTGCCTGCAGGCTGCCGCGCTCGGTTGATGCAGCGCCCGGTTCCAGGTTGTGTCGGGCATAACGCCCCAGCAGTTCGCGCACCATCGGCTCCAGCGCACGCAACAGGTCGACCTGCCCGGCGTTCAGGCGCGTG > NC_002947/4239470‑4239759 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |