New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2740726 | 39 (0.660) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 7.5% | coding (3105/4494 nt) | PP_2395 | leucine‑rich repeat‑containing protein |
? | NC_002947 | = 2740749 | 37 (0.660) | coding (3128/4494 nt) | PP_2395 | leucine‑rich repeat‑containing protein |
TGCAAATCAATGCACAGGAAAACCTCCACGTCATGTTCTGCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCGGCATCTGAGCCTGACCAACAACCGGATCGTCCTGAACATCG > NC_002947/2740611‑2740892 | tGCAAATCAATGCACAGGAAAACCTCCACGTCATGTTCTGCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTa < 7:103803/149‑1 (MQ=255) tCAATGCACAGGAAAACCTCCACGTCATGTTCTGCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTg < 4:8594/149‑1 (MQ=255) cacaGGAAAACCTCCACGTCATGTTCTGCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCttt < 1:319384/148‑1 (MQ=255) cacaGGAAAACCTCCACGTCATGTTCTGCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTc > 8:120870/1‑149 (MQ=255) acaGGAAAACCTCCACGTCATGTTCTGCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTg < 8:217460/142‑1 (MQ=255) acaGGAAAACCTCCACGTCATGTTCTGCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTg > 7:217460/1‑142 (MQ=255) gAAAACCTCCACGTCATGTTCTGCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTg > 6:237994/1‑138 (MQ=255) gAAAACCTCCACGTCATGTTCTGCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTg < 5:237994/138‑1 (MQ=255) tCCACGTCATGTTCTGCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCa > 4:85636/1‑148 (MQ=255) gCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTgg < 8:212552/117‑1 (MQ=255) gCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTgg > 7:212552/1‑117 (MQ=255) cAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTggga < 7:120870/148‑1 (MQ=255) aTCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTggga < 5:311749/139‑1 (MQ=255) aTCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTggga > 6:311749/1‑139 (MQ=255) gCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGAcg > 5:244779/1‑149 (MQ=255) cGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCTGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGAcgc > 1:209957/1‑149 (MQ=255) gCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTc > 5:237343/1‑149 (MQ=255) gCCCAACATACCCCCACAGGTCAGATTAAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGAACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCAAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTc > 7:55026/1‑149 (MQ=255) ccAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCGAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGACCCTGTTGACGCGCCTTCCg > 8:278727/1‑149 (MQ=255) aCCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGt < 8:55026/149‑1 (MQ=255) aCCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGt > 2:16012/1‑149 (MQ=255) ccccACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGtt > 8:171272/1‑148 (MQ=255) ccccACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGtt < 7:171272/148‑1 (MQ=255) ccccACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTtg > 6:157939/1‑149 (MQ=255) cccACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTtgc < 2:209957/149‑1 (MQ=255) cacaGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTtgctg > 2:84200/1‑149 (MQ=255) acaGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCTGCCTGGCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGGGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCGTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTtgctgc < 5:358140/149‑1 (MQ=255) tCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGa > 7:138316/1‑147 (MQ=255) gCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAgcg < 8:138316/149‑1 (MQ=255) ggTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCg < 3:85636/149‑1 (MQ=255) tgACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCGGCAt < 6:244779/149‑1 (MQ=255) cAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCGGCATCTGa < 5:157939/149‑1 (MQ=255) tCGCTGCTGCACCTTGGCCTTCTGGAGGTGCCcagcagcgacaggctggtcacacctctgaagctgacctgtgggggtatgttgggcaagccgctcgatctgaaattgcagaacatgacgtggaggttttcc > 2:13439‑M2/1‑32 (MQ=255) tCGCTGCTGCACCTTGGCCTTCTGGAGGTGCCcagcagcgacaggctggtcacacctctgaagctgacctgtgggggtatgttgggcaagccgctcgatctgaaattgcagaacatgacgtggaggttttcc < 1:13439‑M2/132‑101 (MQ=255) tCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCGGCATCTGAGCCTGAc < 6:237343/149‑1 (MQ=255) gctgctGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCcagcagcgacaggctggtcacacctctgaagctgacctgtgggggtatgttgggcaagccgctcgatctgaaattgcagaacatgacgtggaggttttcctgtgcattgatttgcagtt < 3:193429‑M2/149‑120 (MQ=255) ctgctgCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCGGCATCTGAGCCTGACcaa > 5:137742/1‑149 (MQ=255) ctgctgCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGAGCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCGGCATCTGAGCCTGACcaa > 7:123937/1‑149 (MQ=255) cTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCGGCATCTGAGCCTGACCAACAACCGGAt > 4:11512/1‑149 (MQ=255) gAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCGGCATCTGAGCCTGACCAACAACCGGATc < 7:37570/138‑1 (MQ=255) gAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCGGCATCTGAGCCTGACCAACAACCGGATc > 8:37570/1‑138 (MQ=255) gTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCGGCATCTGAGCCTGACCAACAACCGGATCGTCCTGAACATCg > 2:91552/1‑148 (MQ=255) cccAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCAGGCAGGGCACCTGTTGCCGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCGGCATCTGAGCCTGACCAACAACCGGAACgac > 5:309258/1‑133 (MQ=255) | TGCAAATCAATGCACAGGAAAACCTCCACGTCATGTTCTGCAATTTCAGATCGAGCGGCTTGCCCAACATACCCCCACAGGTCAGCTTCAGAGGTGTGACCAGCCTGTCGCTGCTGCACCTTGACCTTCTGGAGGTGCCCAGCAGCCTATTGCTGGCTTTCCCTAACCTGCAAACCCTCGATCTGGGAGGGAACCTGTTGACGCGCCTTCCGCAGCCGTTGCTGCAGATAGCGCAGCTGCGGCATCTGAGCCTGACCAACAACCGGATCGTCCTGAACATCG > NC_002947/2740611‑2740892 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |