New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5816290 | 48 (0.820) | 3 (0.050) | 3/244 | NT | 5.7% | coding (100/624 nt) | PP_5092 | NLP/P60 protein |
? | NC_002947 | = 5816308 | 54 (0.980) | coding (118/624 nt) | PP_5092 | NLP/P60 protein |
CACATAACTATTCATAAGAGCTTCATCTATGCCGCCTTTGATCAAGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCTGAGCCGTGCGGTAAATGTGCTCGGTACTC > NC_002947/5816163‑5816452 | aacatAACTATTAATAAGAGCTTAATCTATGCCGCCTTTGATCAAGACATGGCTGCCCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCGACGAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCTGGTATTCGACCA‑ACGCCTcgg > 6:81002‑M2/2‑146 (MQ=255) aTAAGAGCTTCATCTATGCCGCCTTTGATCAAGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCAc > 7:189106/1‑148 (MQ=255) aaGAGCTTCATCTATGCCGCCTTTGATCAAGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGCGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAg > 2:223610/1‑149 (MQ=255) aaGAGCTTCATCTATGCCGCCTTTGATCAAGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTcg > 6:188726‑M2/1‑131 (MQ=255) aaGAGCTTCATCTATGCCGCCTTTGATCAAGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTcg < 5:188726‑M2/133‑3 (MQ=255) tCATCTATGCCGCCTTTGATCAAGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCaaa > 4:227113/1‑147 (MQ=255) aTGCCGCCTTTGATCAAGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTc < 3:38850/138‑1 (MQ=255) aTGCCGCCTTTGATCAAGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTc > 4:38850/1‑138 (MQ=255) tGCCTCCTTTGATCAAGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCATACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGAc < 1:240365/146‑1 (MQ=255) cgccTTTGATCAAGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGACTCGGTGAAACGCGAACCAGTCAAACAGACCGCGCTa > 6:162129/1‑149 (MQ=255) cTTTGATCAAGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACTCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTAc < 8:118443/147‑1 (MQ=255) aaGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCa > 3:232640/1‑117 (MQ=255) aaGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCa < 4:232640/117‑1 (MQ=255) gACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAg < 1:78825/149‑1 (MQ=255) aCATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAgg < 3:227113/149‑1 (MQ=255) ggCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAAt > 8:264620/1‑149 (MQ=255) gCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAAt < 6:131660/148‑1 (MQ=255) gCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATg > 4:29680/1‑149 (MQ=255) cTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATg < 2:1426/148‑1 (MQ=255) cTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATg > 1:1426/1‑148 (MQ=255) aCCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATgccgc > 2:5953/1‑149 (MQ=255) ccTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCa < 1:144491/130‑1 (MQ=255) attGCCCCTGGCCGCCCACGACACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGTTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCCGTGAAACGCGCACCAGACAAACACACCGCGCTACGCGCCCCCCCAGGCAATGACGCCAGCAGCCGCGGTg > 4:231899/1‑149 (MQ=255) ccccTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGc < 8:182949/146‑1 (MQ=255) ccccTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGc > 7:182949/1‑146 (MQ=255) cccTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAAt < 7:264620/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAAt > 1:39939/1‑148 (MQ=255) gCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTc > 1:49217/1‑149 (MQ=255) gCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTc < 2:49217/149‑1 (MQ=255) gCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCAAATGGTTTCACCGTCTATACGACCA‑ACGAATCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACAGCGCTACGAGACAGCCCAGTCAATGCCGCCAGAAGCCGCGGTGAGAATGAAGCCTCCATg > 4:119907/1‑147 (MQ=255) accaATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGcc < 3:126997/121‑1 (MQ=255) accaATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGcc > 4:126997/1‑121 (MQ=255) caATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCt > 7:247890/1‑148 (MQ=255) tCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTaag > 1:348099/1‑148 (MQ=255) gTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTaagca > 8:75460/1‑148 (MQ=255) tGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTaagca > 1:202783/1‑147 (MQ=255) tGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTaagc < 3:9541/146‑1 (MQ=255) tGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTaagc > 4:9541/1‑146 (MQ=255) gTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGAt < 1:223610/149‑1 (MQ=255) ttCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGAtgtg > 6:138689/1‑149 (MQ=255) cccAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGAtgtg < 2:202783/147‑1 (MQ=255) cccAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCt > 2:43925/1‑149 (MQ=255) cccAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCt > 2:49347/1‑149 (MQ=255) ccAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCt > 3:242456/1‑148 (MQ=255) cAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTcggtgaaaccattgggaagacgttgctcacgatttgtggcgtgggcggccaggggcaataataggcagagggtcagccatgtctt > 7:326599‑M2/1‑32 (MQ=255) cAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTcggtgaaaccattgggaagacgttgctcacgatttgtggcgtgggcggccaggggcaataataggcagagggtcagccatgtctt < 8:326599‑M2/117‑86 (MQ=255) aaTGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTcggtgaacccattgggaagacgttgctcacgattggtggcgtgggcggccaggggcaataataggcagagggtcagccatgtcttgatcaaaggcggcatagatgaagctcttatga < 7:66896‑M2/148‑118 (MQ=255) aaTGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGa > 3:241753/1‑140 (MQ=255) aaTGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCTGAg > 7:299254/1‑149 (MQ=255) tttCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCTGAGCCGTg < 1:5953/149‑1 (MQ=255) taCCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGGCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGGCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCTGAGCCGTGc < 3:263079/146‑1 (MQ=255) ccGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCAAGTCGCCTAACCAAAGCAGCGATGTGCTGAGCCGTGCgag > 4:263079/1‑146 (MQ=255) cGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCTGAGCCGTGCGGTa > 8:95134/1‑148 (MQ=255) gCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCgccgcc < 6:304336/104‑1 (MQ=255) gCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCgccgcc < 6:224803/104‑1 (MQ=255) gCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCgccgcc > 5:304336/1‑104 (MQ=255) gCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCgccgcc > 5:224803/1‑104 (MQ=255) gCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCTGAGCCGTGCGGTAAAt < 7:75460/149‑1 (MQ=255) cGACCA‑ACGCCTCCGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCTGAGCCGTGCGGTAAATGTGCTc < 6:292875/149‑1 (MQ=255) gACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCTGAGCCGTGCGGTAAATGTGCTCg < 3:29680/149‑1 (MQ=255) aCCA‑ACGACTCGTTTAAACGCGCACCAGTAAAACAGACCTCGCTACGCGCCCGCACAGGCAATTCCGCCAGCAGCCGCTGTGCTAATGTCGCCTACATGTCGCCTAATCAAAGAAGCGATGTGCTGAGCCGTGCTGTAAATGTGCTCgg < 3:119907/149‑1 (MQ=255) cA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCTGAGCCGTGCGGTAAATGTGCTCGGTa > 8:329505/1‑149 (MQ=255) cGCCTCGGGGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCTGAGCCGTGCGGTAAATGTGCTCGGTACTc < 8:189106/149‑1 (MQ=255) | CACATAACTATTCATAAGAGCTTCATCTATGCCGCCTTTGATCAAGACATGGCTGACCCTCTGCCTATTATTGCCCCTGGCCGCCCACGCCACCAATCGTGAGCAACGTCTTCCCAATGGTTTCACCGGCTATACGACCA‑ACGCCTCGGTGAAACGCGCACCAGTCAAACAGACCGCGCTACGCGCCCGCCCAGGCAATGCCGCCAGCAGCCGCGGTGCGAATGTCGCCGCCATGTCGCCTAAGCAAAGCAGCGATGTGCTGAGCCGTGCGGTAAATGTGCTCGGTACTC > NC_002947/5816163‑5816452 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |