New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2397411 | 51 (0.860) | 3 (0.050) | 3/242 | NT | 5.7% | coding (2246/3636 nt) | PP_2100 | two‑component system sensor protein |
? | NC_002947 | = 2397434 | 51 (0.910) | coding (2223/3636 nt) | PP_2100 | two‑component system sensor protein |
TGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTGGCATCGTCGGCCTGCTGCTTGGCCT > NC_002947/2397265‑2397558 | tGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTg < 1:238472/149‑1 (MQ=255) tGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTg < 4:114930/149‑1 (MQ=255) aGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGccc < 7:167241/144‑1 (MQ=255) aGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGccc > 8:167241/1‑144 (MQ=255) gccgccAGGTCGACCACCTCCGCGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGgc > 2:301835‑M2/1‑147 (MQ=255) aGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCcgaccagggccgggtggaccgcagcgcgctg < 3:303926‑M1/149‑32 (MQ=255) aGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCtt < 5:212300/149‑1 (MQ=255) gACCACCTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCg > 5:206010/1‑149 (MQ=255) ccaccTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGc > 2:269768/1‑148 (MQ=255) caccTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGc < 8:103377/125‑1 (MQ=255) caccTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGc > 7:103377/1‑125 (MQ=255) ccTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGt > 2:156232/1‑149 (MQ=255) ccTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGt > 8:347467/1‑149 (MQ=255) ccAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATg > 8:160858/1‑149 (MQ=255) aGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGcc > 8:195190/1‑149 (MQ=255) gggACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGcc > 6:55618/1‑148 (MQ=255) aGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACg < 6:206010/149‑1 (MQ=255) ccGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCAtt > 3:65509/1‑149 (MQ=255) tCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCgg > 6:18743/1‑149 (MQ=255) cgcACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGc < 1:175480/148‑1 (MQ=255) cACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGa > 6:125493/1‑149 (MQ=255) aTGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTc < 4:65509/149‑1 (MQ=255) cGAGAATGTCACCGATCAGGCCCAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTgg > 7:238893/1‑149 (MQ=255) gagaATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCcgaccagggccgggtggaccgcagcgcgctgggac > 1:278924‑M1/1‑62 (MQ=255) gagaATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCcgaccagggccgggtggaccgcagcgcgctggaac < 2:278924‑M1/97‑36 (MQ=255) agaATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATTGTGTGCCAGTTCCATCGCGCGGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGc < 7:188874/108‑1 (MQ=255) agaATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCt > 2:48207/1‑149 (MQ=255) aaTGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGa > 1:177299/1‑149 (MQ=255) tCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGt > 5:370218/1‑149 (MQ=255) aCCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGc < 2:1419/100‑1 (MQ=255) aCCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGc > 1:1419/1‑100 (MQ=255) ccGATCAGGCCTATCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTc < 1:340739/147‑1 (MQ=255) ccGATCAGGCCTAACAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTc > 2:340739/1‑147 (MQ=255) tCAGGCCTAGCAGGACTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCAGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAg > 6:353382/1‑148 (MQ=255) aGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGAt > 6:254353/1‑137 (MQ=255) aGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGAt < 5:254353/137‑1 (MQ=255) gCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACg > 3:122853/1‑149 (MQ=255) gCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACg > 5:293088/1‑149 (MQ=255) cTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTg < 6:370218/149‑1 (MQ=255) gCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGctc > 1:95637/1‑149 (MQ=255) tCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTg < 2:131206/119‑1 (MQ=255) tCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGgc < 5:353382/149‑1 (MQ=255) tCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGgc < 1:48207/149‑1 (MQ=255) tttGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGgcgc > 8:152345/1‑149 (MQ=255) tGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGgcgc < 5:55618/147‑1 (MQ=255) ccGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTg < 7:160858/149‑1 (MQ=255) cGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGACGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTgg > 4:288241/1‑149 (MQ=255) tgtgCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTGGCAtcgtc < 7:152345/149‑1 (MQ=255) tgCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCtt > 6:191995/1‑129 (MQ=255) tgCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTGGCAtcgtcg < 7:195190/148‑1 (MQ=255) ccAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTGGCATCGTCGGcc > 7:357582/1‑149 (MQ=255) ccAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTGGCATCGTCGGc < 5:125493/148‑1 (MQ=255) aGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTc > 8:134837/1‑95 (MQ=255) aGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTc < 7:134837/95‑1 (MQ=255) gTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGgcgcgctggaactggcacaccattcggccaaagacctgctaggcctgatcggtgacattctc < 2:278924‑M2/97‑63 (MQ=255) gTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGACGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTGGCATCGTCGGCctgc < 3:288241/149‑1 (MQ=255) gTCCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGgcgcgctggaactggcacaccattcggccaaagacctgctaggcctgatcggtgacattctc > 1:278924‑M2/1‑35 (MQ=255) cAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGgcgcgctggaactggcacaccattcggccaaagacctgctaggcctgatcggtgacattctcgacatcgtgcgcatcgagtccgggcacttgtccctggccccggaggtggtcgacct < 3:303926‑M2/149‑119 (MQ=255) aGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTGGCATCGTCGGCCTGCTGCtt < 8:357582/149‑1 (MQ=255) gcgcgcTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTGGCATCGTCGGCCTGCTGCTTg < 8:238893/149‑1 (MQ=255) cgcgcTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTGGCATCGTCGGCCTGCTGCTTgg < 4:122853/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTGGCATCGTCGGCCTGCTGCTTGGc < 6:293088/149‑1 (MQ=255) gccgaccagggccgggtggaccgcagcgcgctggaactggcacaccattcggccaaagacctgctaggcctgatcggtgacattctcgacatcgtgcgcatcgagtccgggcacttgtccctggccgcggaggtggtcgacctggcggc > 2:301835‑M1/1‑2 (MQ=255) | TGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGACAAGTGCCCGGACTCGATGCGCACGATGTCGAGAATGTCACCGATCAGGCCTAGCAGGTCTTTGGCCGAATGGTGTGCCAGTTCCAGCGCGCTGCGGTCCACCCGGCCCTGGTCGGCGCGCTTGACCGCCAGTTCCAGCATGCCGATCACGGCATTCATCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTGATGGTCGCCAGGAACGTGCTCTTGGCGCGGTTGGCATCGTCGGCCTGCTGCTTGGCCT > NC_002947/2397265‑2397558 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |