New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3694599 = | 53 (0.900) | 4 (0.070) | 4/248 | NT | 7.1% | coding (1569/2502 nt) | ligD | DNA ligase D |
? | NC_002947 | 3694639 = | 53 (0.930) | coding (1529/2502 nt) | ligD | DNA ligase D |
AGCGTAATACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGTCGCAGCCAGTGCACACCACGCGCTTC > NC_002947/3694455‑3694742 | aaatcgccaggccagccctgccctcgccgcctgccggagccgacgcgcgtggtgtgcactggctgccaccgcagttgtgggcggacgtcgccttggcccagatgacccgtcacggcatcgtgcgccattcggtgttccacggcctgcgc > 1:66998‑M1/146‑149 (MQ=255) cGTAATACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑Tcc < 5:45214/149‑1 (MQ=255) cGTAATACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑Tc > 5:265954/1‑148 (MQ=255) tAATACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAg < 1:112387/149‑1 (MQ=255) tAATACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAg < 7:311590/149‑1 (MQ=255) tCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAAt > 8:261403/1‑149 (MQ=255) cTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCt > 2:103164/1‑149 (MQ=255) ttGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCtt > 1:46697/1‑149 (MQ=255) tCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCa > 7:161653/1‑149 (MQ=255) ccggagccgaagcgcgtggtgtgcactggctgcgaccgcagttgttggcggaagtcgcctttgcccagatgacccgtgacggcatcgtgcgccattcggtgttccacggcctGCGCGCTCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCa > 6:165101‑M1/113‑148 (MQ=255) acCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATcgc > 8:244223/1‑149 (MQ=255) agccgaagcgcgtggtgtgcactggctgcgaccgcagttgttggcggaagtcgcctttgcccagatgacccgtgacggcatcgtgcgccattcggtgttccacggcctGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCa > 5:197543‑M1/109‑149 (MQ=255) gggTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCg > 4:53094/1‑120 (MQ=255) tCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGaa > 2:185888/1‑149 (MQ=255) gATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGt > 6:9082/1‑143 (MQ=255) gATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGt < 5:9082/143‑1 (MQ=255) aTGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATcgc > 6:31768/1‑133 (MQ=255) aTGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATcgc < 5:31768/133‑1 (MQ=255) cccGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGaa < 8:161653/149‑1 (MQ=255) ccGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCATGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAAt < 1:161595/149‑1 (MQ=255) gTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGgc > 2:5542/1‑149 (MQ=255) ggtCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGc > 3:231205/1‑149 (MQ=255) tCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCg > 5:320438/1‑149 (MQ=255) cAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACggg < 6:265954/149‑1 (MQ=255) aCCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCt > 7:177713/1‑149 (MQ=255) ccAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTTATTTGCGGGCATGCCGCGG‑‑TCCAGGTCAATGCCGGTTGCCCCATTGTCATCGCGCAGCCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGAAACGGGTCaaatg > 1:83520/1‑145 (MQ=255) ccAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTgg > 6:237391/1‑149 (MQ=255) aGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGc < 2:46697/149‑1 (MQ=255) ctcAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAg < 6:297451/148‑1 (MQ=255) aGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAacac < 2:214787/105‑1 (MQ=255) aGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGc < 1:5542/147‑1 (MQ=255) aGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGa > 8:103760/1‑149 (MQ=255) cccagatgacccgtgacggcatcgtgcgccattcggtgttccacggcctGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAgg > 6:145440‑M1/50‑92 (MQ=255) cccagatgacccgtgacggcatcgtgcgccattcggtgttccacggcctGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAgg < 5:145440‑M1/43‑1 (MQ=255) cTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATg > 3:68924/1‑105 (MQ=255) cTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATg < 4:68924/105‑1 (MQ=255) cTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCg < 7:261403/149‑1 (MQ=255) ggCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGc < 8:177713/147‑1 (MQ=255) gCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACgg > 8:349834/1‑120 (MQ=255) gCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACgg < 7:349834/120‑1 (MQ=255) cTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCcaac > 1:334482/1‑148 (MQ=255) cTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCcaac > 1:175955/1‑148 (MQ=255) tgttgCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGc > 2:101287/1‑149 (MQ=255) gttgCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGc < 5:237391/148‑1 (MQ=255) tgCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGt > 8:360194/1‑149 (MQ=255) gCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGt < 7:244223/148‑1 (MQ=255) ggTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGTCGc < 7:103760/149‑1 (MQ=255) ggATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGTCGCAGc < 7:360194/148‑1 (MQ=255) aTACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGTCGCAGCCAg > 2:130476/1‑149 (MQ=255) aGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGTCGCAGCCAGTGca > 1:12392/1‑149 (MQ=255) gTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCcaacaa > 7:358418/1‑128 (MQ=255) gTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCcaacaa < 8:358418/128‑1 (MQ=255) tt‑tttGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATTCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGTCGCAGCCAGTGcaca < 6:320438/149‑1 (MQ=255) gggCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAAt < 1:233887/68‑1 (MQ=255) gggCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAAt > 2:233887/1‑68 (MQ=255) gCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGTCGCa < 6:212406/129‑1 (MQ=255) gCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGTCGCa > 5:212406/1‑129 (MQ=255) cATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGTCGCAGCCAGTGCACACCACGCGCtt < 2:83520/149‑1 (MQ=255) aTGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGTCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGTCGCAGCCAGTGCACACCACGCGCTTc < 1:103164/149‑1 (MQ=255) | AGCGTAATACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGCTTGTTGCGGTTGGATACAGTT‑TTTGCGGGCATGGCGCGC‑‑TCCAGGTCAATGGCGGTTGCCGCCTTGTCATCGCGCAGGCCGTGGAACACCGAATGGCGCACGATGCCGTCACGGGTCATCTGGGCAAAGGCGACTTCCGCCAACAACTGCGGTCGCAGCCAGTGCACACCACGCGCTTC > NC_002947/3694455‑3694742 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |