| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5416755 = | 46 (0.780) | 7 (0.130) | 6/240 | NT | 15.5% | coding (929/1347 nt) | gudD | bifunctional D‑glucarate dehydratase/L‑idarate epimerase |
| ? | NC_002947 | 5416799 = | 33 (0.600) | coding (885/1347 nt) | gudD | bifunctional D‑glucarate dehydratase/L‑idarate epimerase | |||||
AGCCGCCACCTGGGTGAACATCGCCAGCGAAATGTCGAAGTGGTTATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGCCATCACCTCGCGGCCCGAGTAACCGTTCTCGGCGCCGCAGGGGTCTTCGGCGTA > NC_002947/5416607‑5416903 | ggaggccatcgccctgtgccgtgacaagcacaatgtgctggcctacgccgaagacccctgcggcgccgagaacggttactcgggccgcgaggtgatggccgagttccgccgcgccaccgggctgcccaccgcgaccaacatgatcgcta < 5:311335‑M1/1‑1 (MQ=255) gccgccACCTGGGTGAACATCGCCAGCGAAATGTCGAAGTGGTTATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCAc < 2:138840/149‑1 (MQ=255) gccgccACCTGGGTGAACATCGCCAGCGAAATGTCGAAGTGGTTATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCAc < 3:111654/149‑1 (MQ=255) catcgccctgtgccgtgacaagcacaatgtgctggcctacgccgaagacccctgcggcgccgagaacggttactcgggccgcgaggtgatggccgagttccgccgcgccaccgggctgcccaccgcgaccaacatgatcgctACCGACt < 8:139412‑M1/7‑1 (MQ=255) atcgccctgtgccgtgacaagcacaatgtgctggcctacgccgaagacccctgcggcgccgagaacggttactcgggccgcgaggtgatggccgagttccgccgcgccaccgggctgcccaccgcgaccaacatgatcgctACCGACTg < 8:52458‑M1/8‑1 (MQ=255) aCCTGGGTGAACATCGCCAGCGAAATGTCGAAGTGGTTATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTg > 4:210943/1‑149 (MQ=255) ggTGAACATCGCCAGCGAAATGTCGAAGTGGTTATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCGGCGGAATGTCCACCGACTGTAACt < 6:113507/149‑1 (MQ=255) ggTGAACATCGCCAGCGAAATGTCGAAGTGGTTATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTaa < 7:42735/147‑1 (MQ=255) gCCAGCGAAATGTCGAAGTGGTTATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATATCCACCGACTGTAACTGAatggcatg < 4:70835/149‑1 (MQ=255) ccAGCGAAATGTCGAAGTGGTTATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTCCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAatggcatgg > 3:122460/1‑149 (MQ=255) aagcacaatgtgctggcctacgccgaagacccctgcggcgccgagaacggttactcgggccgcgaggtgatggccgagttccgccgcgccaccgggctgcccaccgcgaccaacatgatcgctACCGACTGTAACTGAATGGCATGGcc < 1:352228‑M1/26‑1 (MQ=255) cacaatgtgctggcctacgccgaagacccctgcggcgccgagaacggttactcgggccgcgaggtgatggccgagttccgccgcgccaccgggctgcccaccgcgaccaacatgatcgctACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCAt < 5:239845‑M1/29‑1 (MQ=255) aaTGTCGAAGTGGTTATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCGAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCt < 1:11900/149‑1 (MQ=255) atgtgctggcctacgccgaagacccctgcggcgccgagaacggttactcgggccgcgaggtgatggccgagttccgccgcgccaccgggctgcccaccgcgaccaacatgatcgctACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGt < 1:326663‑M1/33‑1 (MQ=255) aaGTGGTTATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGc > 3:286773/1‑147 (MQ=255) gTTATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCg < 7:65468/148‑1 (MQ=255) ctacgccgaagacccctgcggcgccgagaacggttactcgggccgcgaggtgatggccgagttccgccgcgccaccgggctgcccaccgcgaccaacatgatcgctACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCgg > 2:352228‑M1/107‑149 (MQ=255) ttATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGt < 2:261043/149‑1 (MQ=255) tATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCgg > 5:310175/1‑147 (MQ=255) cgccgaagacccctgcggcgccgagaacggttactcgggccgcgaggtgatggccgagttccgccgcgccaccgggctgcccaccgcgaccaacatgatcgctACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTa > 6:311335‑M1/104‑148 (MQ=255) cgccgaagacccctgcggcgccgagaacggttactcgggccgcgaggtgatggccgagttccgccgcgccaccgggctgcccaccgcgaccaacatgatcgctACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTa > 2:326663‑M1/104‑148 (MQ=255) tGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAatggcatggc < 6:298265/126‑1 (MQ=255) tGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAatggcatggc > 5:298265/1‑126 (MQ=255) ggAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCg < 7:86338/148‑1 (MQ=255) gAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGa > 8:197945/1‑148 (MQ=255) gAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGa < 3:210943/148‑1 (MQ=255) gAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGAt > 6:24973/1‑149 (MQ=255) agacccctgcggcgccgagaacggttactcgggccgcgaggtgatggccgagttccgccgcgccaccgggctgcccaccgcgaccaacatgatcgctACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATc > 6:239845‑M1/98‑148 (MQ=255) tGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGGCGTTGCACAGCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCAt < 4:212709/149‑1 (MQ=255) agaACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGt > 3:53871/1‑149 (MQ=255) gaACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAat < 4:246009/110‑1 (MQ=255) gaACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAat > 3:246009/1‑110 (MQ=255) cccAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTc > 5:8665/1‑149 (MQ=255) cAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCTAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTcgc < 8:25668/149‑1 (MQ=255) gTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCgg < 4:122460/148‑1 (MQ=255) gTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGt < 7:197945/149‑1 (MQ=255) aGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGt > 6:55008/1‑146 (MQ=255) aGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGt < 5:55008/146‑1 (MQ=255) aGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTg > 4:260803/1‑147 (MQ=255) aGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTg < 3:260803/147‑1 (MQ=255) aGCCCCCAGGCGTTCCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGGCCAGAAGTCAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGGCGGTAGCGATCATGTTGTTCGCGGTgg < 2:255415/148‑1 (MQ=255) cccccAGTCGTTGCACATCTGCACCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGcc > 7:85831/1‑116 (MQ=255) cccccAGTCGTTGCACATCTGCACCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGcc < 8:85831/116‑1 (MQ=255) aGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCg > 7:36850/1‑149 (MQ=255) gTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTgg < 4:53871/149‑1 (MQ=255) gCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCAc < 1:16223/69‑1 (MQ=255) gCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCAc > 2:16223/1‑69 (MQ=255) caTCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCgcggc < 6:310175/149‑1 (MQ=255) caTCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCgcggc < 4:344852/149‑1 (MQ=255) aTCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCgcggcg > 1:317759/1‑149 (MQ=255) gcCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTc > 5:41154/1‑149 (MQ=255) cACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCgg > 5:314161/1‑149 (MQ=255) ccgaaccgaaCCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGcc > 3:112235/1‑148 (MQ=255) accCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGCCATCACCTcgc < 5:24973/149‑1 (MQ=255) cAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGCCATCACCTCGCGGccc < 6:314161/148‑1 (MQ=255) ccAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGCCATCACCTCGCGGccc > 5:196160/1‑142 (MQ=255) ccAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGCCATCACCTCGCGGccc < 6:196160/142‑1 (MQ=255) aGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGCCATCACCTCGCGGCCCGAGTAACCGTTCTCgg > 7:52458/1‑149 (MQ=255) gAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGCCATCACCTCGCGGCCCGGGTAACCGTTCTCGGCGCCGCAGGGGTCt > 3:210175/1‑149 (MQ=255) aaTGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGCCATCACCTCGCGGCCCGAGTAACCGTTCTCGGCGCCGCAGGGGTCtt < 4:112235/149‑1 (MQ=255) tGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGCCATCACCTCGCGGCCCGAGTAACCGTTCTCGGCGCCGCAGGGGTCTTCg < 6:41154/149‑1 (MQ=255) cACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGCCATCACCTCGCGGCCCGAGTAACCGTTCTCGGCGCCGCAGGGGTCTTCGGCg > 5:142705/1‑148 (MQ=255) ACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGCCATCACCTCGCGGCCCGAGTAACCGTTCTCGGCGCCGCAGGGGTCTTCGGCGTa > 8:36850‑M1/1‑149 (MQ=255) | AGCCGCCACCTGGGTGAACATCGCCAGCGAAATGTCGAAGTGGTTATTGGAATGAGAACCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTTGCACATCTGCGCCACCCGAACCGAACCCTGCAAGGTCCAGAAGTGAGGGTCGGCCAGCGGAATGTCCACCGACTGTAACTGAATGGCATGGCCCATCTGTCGCCAGTCGGTAGCGATCATGTTGGTCGCGGTGGGCAGCCCGGTGGCGCGGCGGAACTCGGCCATCACCTCGCGGCCCGAGTAACCGTTCTCGGCGCCGCAGGGGTCTTCGGCGTA > NC_002947/5416607‑5416903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |