| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5520635 | 64 (1.080) | 6 (0.110) | 5/246 | NT | 8.4% | coding (681/882 nt) | PP_4853 | DMT superfamily permease |
| ? | NC_002947 | = 5520670 | 70 (1.230) | coding (716/882 nt) | PP_4853 | DMT superfamily permease | |||||
AATGCAGCTGCTGTACCTGCAGGTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGG > NC_002947/5520488‑5520780 | aaTGCAGCTGCTGTACCTGCAGGTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGgtgt < 1:128897/149‑1 (MQ=255) gCAGGTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCAcc > 4:236019/1‑149 (MQ=255) gtggCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGcc < 3:318521/149‑1 (MQ=255) tggCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCACACAAGACCGGCCTTAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCCC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGccc > 2:163656/1‑149 (MQ=255) cATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGcc > 5:387503/1‑149 (MQ=255) cATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGcc > 1:50525/1‑149 (MQ=255) cATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGAAAAGAACGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCCCCTGGGGCCCAccc > 5:61668/1‑149 (MQ=255) aTCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCg > 5:132358/1‑149 (MQ=255) gtgtTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGcacca > 6:46721‑M2/1‑143 (MQ=255) gtTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCacac > 4:27148/1‑149 (MQ=255) ttGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGTGcggctgggccccaggcggtgcacggcctgcatccacac < 3:290403‑M1/148‑39 (MQ=255) gctgcCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGt > 5:64961/1‑149 (MQ=255) ctgcCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGtt < 3:236019/149‑1 (MQ=255) gCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGcggctgggccccaggcggtgcacggcctgcatccacaccagcggc > 6:202381‑M1/1‑97 (MQ=255) gCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGcggctgggccccaggcggtgcacggcctgcatccacaccagcggc < 5:202381‑M1/142‑46 (MQ=255) ccTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTtg < 4:279515/148‑1 (MQ=255) ctgctgTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGcggctgggccccaggcggtgcacggcctgcatccacac < 5:371714‑M1/128‑39 (MQ=255) ctgctgTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGcggctgggccccaggcggtgcacggcctgcatccacac > 6:371714‑M1/1‑90 (MQ=255) ctgctgTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTtgct < 1:61050/149‑1 (MQ=255) tCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCt > 8:170333/1‑149 (MQ=255) aGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCCCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTg < 1:232127/148‑1 (MQ=255) aaGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCAGGTCCTGTATGCCTGCGAACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATCCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCAc > 5:359938/1‑149 (MQ=255) gACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCt < 3:300265/99‑1 (MQ=255) gACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCt > 4:300265/1‑99 (MQ=255) gACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACcg > 6:114330/1‑149 (MQ=255) aCCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACcgc < 3:27148/149‑1 (MQ=255) ccGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACcgcg > 3:213634/1‑149 (MQ=255) cGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCgcgc < 7:170333/149‑1 (MQ=255) cGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCgcgc < 6:64961/149‑1 (MQ=255) tGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGttc > 8:312286/1‑116 (MQ=255) tGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGttc < 7:312286/116‑1 (MQ=255) gAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATcg > 2:120464/1‑149 (MQ=255) gAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTACTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATcg > 2:106895/1‑149 (MQ=255) aaCAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATcgc > 4:58245/1‑149 (MQ=255) aaCAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATc > 3:70520/1‑147 (MQ=255) aaCAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATc < 4:70520/147‑1 (MQ=255) aCAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATcgcc > 6:229661/1‑149 (MQ=255) ccACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCTC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCAACGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGccgccg > 5:184388/1‑149 (MQ=255) ccACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACcgcg > 5:27022/1‑136 (MQ=255) ccACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACcgcg < 6:27022/136‑1 (MQ=255) cacaACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTTCGTAATGGCTTCGATGATCGCGCCGCTGGTGTGGTGcggctgggccccaggcggtgcacggcctgcatccaca > 1:187928‑M1/1‑65 (MQ=255) cacaACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCgt < 6:132358/149‑1 (MQ=255) cacaACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCgt > 3:213099/1‑149 (MQ=255) cacaACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCgt > 3:208107/1‑149 (MQ=255) caacaTCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCgtgg < 5:3884/149‑1 (MQ=255) caTCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGc < 5:229661/149‑1 (MQ=255) 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gccgc‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGcaccagcggcgcgatcatcgaagccagtacgcaggcatacaggaccaggccgatgttgtggctgttcaggccggtcttgtctgacagcaggaacagc > 6:202381‑M2/1‑45 (MQ=255) tGGTGcggctgggccccaggcggtgcacggcctgcatccacaccagcggcgcgatcatcgaagccagtacgcaggcatacaggaccaggccgatgttgtggctgttcaggccggtcttgtctgacagcaggaacagcggcagcaacac > 6:46721‑M1/1‑5 (MQ=255) tGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTg > 2:180907/1‑149 (MQ=255) gtgtGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGcaccagcggcgcgatcatcgaagccagtacgcaggcatacaggaccaggccgatgttgtggctgttcaggccggtcttgtctgacagcag < 5:371714‑M2/128‑91 (MQ=255) gtgtGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGcaccagcggcgcgatcatcgaagccagtacgcaggcatacaggaccaggccgatgttgtggctgttcaggccggtcttgtctgacagcag > 6:371714‑M2/1‑38 (MQ=255) gtgtGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGcaccacaccagcggcgcgatcatcgaagccagtacgcaggcatacaggaccaggccgatgttgtggctgttcaggccggtcttgtctgacagcaggaacagcggcagcaa < 3:290403‑M2/148‑111 (MQ=255) tgtgGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGcaccacaccagcggcgcgatcatcgaagccattacgaaggcatacaggaccaggccgatgttgtg > 1:187928‑M2/1‑37 (MQ=255) gtgGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGaac > 1:334327/1‑104 (MQ=255) gtgGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGaac < 2:334327/104‑1 (MQ=255) | AATGCAGCTGCTGTACCTGCAGGTGCTGGTGGCCATCGTCGTGTTGCTGCCGCTGTTCCTGCTGTCAGACAAGACCGGCCTGAACAGCCACAACATCGGCCTGGTCCTGTATGCCTGCGTACTGGCTTCGATGATCGCGCCGC‑‑‑‑‑TGGTGTGGATGCAGGCCGTGCACCGCCTGGGGCCCAGCCGCACCACACTGTTCTTCAACTTGCTGCCGCTGGTCACCGCGCTGATCGCCGCCGTGGTGCTCGACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGG > NC_002947/5520488‑5520780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |