New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 620042 = | 51 (0.860) | 3 (0.050) | 3/238 | NT | 7.1% | coding (648/693 nt) | PP_0534 | transcriptional regulator PfeR |
? | NC_002947 | 620117 = | 31 (0.560) | coding (573/693 nt) | PP_0534 | transcriptional regulator PfeR |
TTTCCACAGCAACGGGTGGCGACGCATCAGGCCTGCTCCGTGTCGACCAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCAGCAAGCGGAATTCGGAAGCGGTAAGGCCAGCGGCGTTGCCGTTGTGGATAACGTCCT > NC_002947/619971‑620265 | cggacgatgcgttttggcagcccttcctctacccgaccgtgcggcacagggcctatacccgactggaccgaGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGGGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCg > 1:320797‑M1/72‑149 (MQ=255) aaCGGGTGGCGACGCATCAGGCCTGCTCCGTGTCGACCAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCgg < 3:327217/149‑1 (MQ=255) gTGGCGACGCATCAGGCCTGCTCCGTGTCGACCAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGta > 7:274451/1‑147 (MQ=255) tGGCGACGCATCAGGCCTGCTCCGTGTCGACCAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAg < 5:211378/149‑1 (MQ=255) gACGCATCAGGCCTGCTCCGTGTCGACCAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGccc > 2:118879/1‑149 (MQ=255) gACGCATCAGGCCTGCTCCGTGTCGACCAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGccc > 1:249083/1‑149 (MQ=255) cATCAGGCCTGCTCCGTGTCGACCAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACACGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAgg > 4:32339/1‑142 (MQ=255) cATCAGGCCTGCTCCGTGTCGACCAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACACGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAgg < 3:32339/142‑1 (MQ=255) tCAGGCCTGCTCCGTGTCGACCAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTgca < 5:122959/149‑1 (MQ=255) cTCCGTGTCGACCAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCt > 4:32345/1‑149 (MQ=255) cGTGTCGACCAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTgg < 3:258326/148‑1 (MQ=255) cggagcAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAg < 3:220328/144‑1 (MQ=255) ccAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAg < 2:249083/149‑1 (MQ=255) cAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAgg > 2:49682/1‑149 (MQ=255) ggATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGc < 6:327740/149‑1 (MQ=255) ggATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAAGCCCTGTGCAGCACGGTCTg < 7:231020/136‑1 (MQ=255) ggATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAAGCCCTGTGCAGCACGGTCTg > 8:231020/1‑136 (MQ=255) gATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGc > 4:278837/1‑148 (MQ=255) gATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGc < 3:278837/148‑1 (MQ=255) ggCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACg < 3:32345/147‑1 (MQ=255) ccACGCACGTCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCTGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCt < 1:8212/84‑1 (MQ=255) ccACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACAAATGCACATCCAGGCCt > 2:8212/1‑84 (MQ=255) cgaggcctggatgtgcatgtgtgcaacctgcgccccaaactggccgacatcaatgcccagcacctgcagatccaggccTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCCGCACGGTCGGGTAGAGGAAGGGCTGCCAAAACGcatcgtccg > 1:320797‑M2/79‑147 (MQ=255) acgGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGGACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCggg > 3:287824/1‑149 (MQ=255) ggcctggatgtgcatgtgtgcaacctgcgccgcaaactggccgacatcaatgcccagcacctgcagatccaggccTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGACTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTtcgtcg < 3:41110‑M2/70‑1 (MQ=255) ggcctggatgtgcatgtgtgcaacctgcgccgcaaactggccgacatcaatgcccagcacctgcagatccaggccTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGACTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTtcgtcg > 4:41110‑M2/76‑145 (MQ=255) GGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGt < 5:67572‑M1/149‑1 (MQ=255) CCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTgg > 5:355269‑M1/1‑149 (MQ=255) cAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCcagcag < 8:274451/147‑1 (MQ=255) tGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGAc < 3:172112/149‑1 (MQ=255) aTGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCAGCAAGCGGaa > 6:205601/1‑149 (MQ=255) cAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTTTAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGGGTGACCAGGAAGCGGAAGTCGGAAg > 8:237855/1‑149 (MQ=255) aGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGAAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCGAGCAGCGTGACCAGCAAGCGGAATTCGGAAGc > 3:50642/1‑149 (MQ=255) gcggcgCTGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCGGCACGGTGTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGACAGCAGCGTGAACAGCAAGCGGAATTCGGAAGcagggt > 6:299748/1‑144 (MQ=255) gcgcAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCAGCAAGCGGAATTCGGAAGCGGTAAGGc > 7:224066/1‑149 (MQ=255) cAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCAGCAAGCGGAATTCGGAAGCGGTAAGGCCAg > 7:300791/1‑149 (MQ=255) acacaTGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGAc > 3:14598/1‑109 (MQ=255) acacaTGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGAc < 4:14598/109‑1 (MQ=255) aTGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCAGCAAGCGGAATTCGGAAGCGGTAAGGCCAGCGGCGTTGCCGt > 5:320764/1‑149 (MQ=255) gCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCAGCAAGCGGAATTCGGAAGCGGTGAGGCCAGCGGCGTTGCCGTtg > 6:278209/1‑149 (MQ=255) tccaggccTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCa < 6:40718‑M2/92‑1 (MQ=255) tccaggccTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCa > 5:40718‑M2/9‑100 (MQ=255) ccaggccTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCAGCAAGCGGAATTCGGAAGCGGTAAGGCCAGCGGCGTTGCCGTTGTGgaa > 5:384824‑M2/8‑147 (MQ=255) caggccTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCAGCAAGCGGAATTCGGAAGCGGTAAGGCCAGCGGCGTTGCCGTTGTGGATaa > 4:166829‑M2/7‑149 (MQ=255) aggccTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCAGCAAGCGGAATTCGGAAGCGGTAAGGCCAGCGGCGTTGCCGTTGTGGATAAc < 5:205601‑M2/144‑1 (MQ=255) tCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCAGCAAGCGGAATTCGGAAGCGGTAAGGCCAGCGGCGTTGCCGTTGTGGATAACGTCCt > 7:354294/1‑149 (MQ=255) | TTTCCACAGCAACGGGTGGCGACGCATCAGGCCTGCTCCGTGTCGACCAGGATGTACCCTTGGCCACGCACGGCCTGGATCTGCAGGTGCTGGGCATTGATGTCGGCCAGTTTGCGGCGCAGGTTGCACACATGCACATCCAGGCCTCGGTCCAGTCGGGTATAGGCCCTGTGCAGCACGGTCTGGTACAGGAAGGGCTTGCTCAACGCTTCGTCGGGGTGGGCCAGCAGCGTGACCAGCAAGCGGAATTCGGAAGCGGTAAGGCCAGCGGCGTTGCCGTTGTGGATAACGTCCT > NC_002947/619971‑620265 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |