New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 973460 = | 41 (0.690) | 4 (0.070) | 4/236 | NT | 9.8% | coding (1752/1863 nt) | secD | protein translocase subunit SecD |
? | NC_002947 | 973515 = | 36 (0.660) | coding (1807/1863 nt) | secD | protein translocase subunit SecD |
CTACTCGGCAATCGTCGACGCCAACCTGACCACCCTGTTGGTCGGCGGCATCCTGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTGCTCCTCACCGTGTTGGCGCTGTTCAGC > NC_002947/973370‑973662 | cTACTCGGCAATCGTCGACGCCAACCTGACCACCCTGTTGGTCGGCGGCATCCTGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTg > 5:77332/1‑149 (MQ=255) ggCAATCGTCGACGCCAACCTGACCACCCTGTTGGTCGGCGGCATCCTGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTg < 3:143209/148‑1 (MQ=255) gCAATCGTCGACGCCAACCTGACCACCCTGTTGGTCGGCGGCATCCTGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGt < 2:18179/149‑1 (MQ=255) aTCGTCGACGCCAACCTGACCTCCCTGTTGGTCGGCGGCATCCTGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCACTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCaa < 7:357694/149‑1 (MQ=255) aTCGTCGACGCCAACCTGACCACCCTGTTGGTCGGCGGCATCCTGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCaa < 4:301074/149‑1 (MQ=255) cTGACCACCCTGTTGGTCGGCGGCATCCTGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTggcgg > 4:369376/1‑149 (MQ=255) cccTGTTGGTCGGCGGCATCCTGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGAc < 2:38967/149‑1 (MQ=255) ccTGTTGGTCGGCGGCATCCTGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACa > 5:127808/1‑149 (MQ=255) tGTTGGTCGGCGGCATCCTGTTTGCCATGGGTACAGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACGTGTGGCGGGCGTGACAt > 6:319047/1‑148 (MQ=255) ttGGTCGGCGGCATCCTGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCa < 6:127808/148‑1 (MQ=255) tCCTGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGtt > 5:201766/1‑149 (MQ=255) tGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTggc > 1:235473/1‑119 (MQ=255) tGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTggc < 2:235473/119‑1 (MQ=255) gTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCATCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCaa < 6:87815/132‑1 (MQ=255) gTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCATCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCaa > 5:87815/1‑132 (MQ=255) tGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAac > 4:374174/1‑103 (MQ=255) tGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAac < 3:374174/103‑1 (MQ=255) ccATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGc > 7:333609/1‑149 (MQ=255) aTGGGTACCGGCCCGTTCTAAGGCTTTGGGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCTCCGCCGTCATGGTGTCCCGTTCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCTGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGTGTTTGAGGGAGCTg < 5:197723/149‑1 (MQ=255) ggTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGt < 7:245826/114‑1 (MQ=255) ggTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGt > 8:245826/1‑114 (MQ=255) cGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGaa > 3:252486/1‑148 (MQ=255) gCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTGAacctgac > 6:130121/1‑94 (MQ=255) gCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAacctgac < 5:130121/94‑1 (MQ=255) gCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAAc > 6:363230/1‑149 (MQ=255) cGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGGGATGAAAACCAt > 8:60216/1‑149 (MQ=255) ggTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATc < 3:369376/149‑1 (MQ=255) ggCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCa < 6:201766/149‑1 (MQ=255) cTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATg < 6:77332/149‑1 (MQ=255) tttGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGt < 3:243204/63‑1 (MQ=255) tttGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGt > 4:243204/1‑63 (MQ=255) ggtcaccatgacggcggtgaacatcgaggtgaaaatcccgagggacatggtgaccCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGAGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGCGtgtg > 7:224064‑M2/56‑149 (MQ=255) GGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGGAAACCATCAATTTCATGGGtgtg < 1:214096‑M1/149‑1 (MQ=255) TCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTgcg > 4:252486‑M1/1‑149 (MQ=255) ACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGAACTGTGGCGGGCGTGACATGAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTgcgc < 5:272640‑M1/148‑1 (MQ=255) CATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCTCCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAAt < 6:149530‑M1/149‑1 (MQ=255) atgacggcggtgaacatcgaggtgaaaatcccgagggacatggtgaccCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAAt < 3:6650‑M2/82‑1 (MQ=255) atgacggcggtgaacatcgaggtgaaaatcccgagggacatggtgaccCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAAt > 4:6650‑M2/49‑130 (MQ=255) GTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGgt < 2:256146‑M1/137‑1 (MQ=255) GTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGgt > 1:256146‑M1/1‑137 (MQ=255) cTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCTCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGt > 1:209826/1‑149 (MQ=255) gATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGcc < 6:298506/149‑1 (MQ=255) tCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCa < 5:363230/148‑1 (MQ=255) cTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTg > 3:293719/1‑149 (MQ=255) gATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACATTCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGACGCGTTCGCCGTCCCCGTGcgc > 5:182298/1‑147 (MQ=255) aaatcccgagtgacattgtgtccCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATGAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGTAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTGctcc < 8:224064‑M2/125‑1 (MQ=255) ttCCCCGCCGGCATGGGTACCCGGGCCTTTGTCAACCGGCCCTGTGGGGGGCGTGAACTCAAGAAGCTGTGGGTTTGTGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTGCTCCTCa < 6:182298/149‑1 (MQ=255) aCCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTGCTCCTCAcc < 8:333609/148‑1 (MQ=255) ccgccgTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTGCTCCTCACCgt < 3:364620/149‑1 (MQ=255) ccgTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGGAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTGCTCCTCACCGTGtt < 2:214096/149‑1 (MQ=255) cgTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTGCTCCTCACCGTGTTg < 4:293719/149‑1 (MQ=255) tCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTGCTCCTCACCGTGTTGgc > 4:259079/1‑149 (MQ=255) catggtgaccCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTGCTCCTCACCGTGTTGgcg > 2:47138‑M2/11‑149 (MQ=255) accCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGATCTGGGATGAAAAGCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTGCTCCTCACCGTGTTGGCGCTGTTc < 5:319047‑M2/145‑1 (MQ=255) cCGTGCATTTGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTGCTCCTCACCGTGTTGGCGCTGTTCAGc > 4:281847‑M2/2‑149 (MQ=255) | CTACTCGGCAATCGTCGACGCCAACCTGACCACCCTGTTGGTCGGCGGCATCCTGTTTGCCATGGGTACCGGCCCGGTCAAAGGCTTTGCGGTCACCATGTCCCTCGGGATTTTCACCTCGATGTTCACCGCCGTCATGGTGACCCGTGCATTGGTCAACCTGACCTGTGGCGGGCGTGACATCAAGAAGCTGTGGGTTTGAGGGAGCTGCGATGAAAACCATCAATTTCATGGGTGTGCGCAATGTCGCGTTCGCCGTCACCGTGCTCCTCACCGTGTTGGCGCTGTTCAGC > NC_002947/973370‑973662 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |