New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1572594 | 57 (0.960) | 3 (0.050) | 3/240 | NT | 5.7% | coding (716/1353 nt) | pcaB | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
? | NC_002947 | = 1572655 | 45 (0.810) | coding (777/1353 nt) | pcaB | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
CCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAG > NC_002947/1572507‑1572800 | ccGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCaa < 6:384018/149‑1 (MQ=255) gCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGCCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCggg < 1:269648/149‑1 (MQ=255) ccGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCgggg < 3:170762/149‑1 (MQ=255) ccGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATCGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCgggg < 2:130201/149‑1 (MQ=255) cGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCgggg > 2:203886/1‑148 (MQ=255) cAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGgt < 3:193287/149‑1 (MQ=255) gCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGgtgt < 4:367025/149‑1 (MQ=255) aaGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGttt > 5:270615/1‑147 (MQ=255) aaGCTGACACTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGAACGACTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCAGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACAGAGGCGGGGCAGGTGttt > 5:101051/1‑147 (MQ=255) cccTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAATCCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCt < 5:234556/149‑1 (MQ=255) ccTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGa > 1:372727/1‑141 (MQ=255) ccTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGa < 2:372727/141‑1 (MQ=255) ccTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTg > 5:115790/1‑149 (MQ=255) gAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATCCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGACTTCTGCGCCggg > 6:97480/1‑149 (MQ=255) cTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCggg < 1:363378/114‑1 (MQ=255) cTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCggg > 2:363378/1‑114 (MQ=255) gCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGtt > 3:258647/1‑149 (MQ=255) gCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGtt < 7:209175/149‑1 (MQ=255) acacCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTAGCTGATGCAAACCGCGGCGGTGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGttct > 3:211227/1‑149 (MQ=255) cacCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGttctt < 6:270615/149‑1 (MQ=255) acCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGttct > 8:290526/1‑147 (MQ=255) acCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGttct < 7:290526/147‑1 (MQ=255) ccAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGa < 3:271045/117‑1 (MQ=255) ccAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGa > 4:271045/1‑117 (MQ=255) gACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGc > 4:367222/1‑148 (MQ=255) ggtggATGTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTGGCCGGCAGCCTGGTCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAgc < 4:211227/149‑1 (MQ=255) gtggAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAgcg < 4:258647/149‑1 (MQ=255) tttGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAAccc > 3:133109/1‑149 (MQ=255) gCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAaccgaggcaaactccaccaggcggtcgcgctgg < 6:281550‑M2/102‑34 (MQ=255) gCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAaccgaggcaaactccaccaggcggtcgcgctgg > 5:281550‑M2/1‑69 (MQ=255) ccTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAaccgaggcaaactccaccaggcggtcgcgctgggtgtgccagggctgctcggccagggtcagcttcagctgttcggccagc < 7:67347‑M2/149‑82 (MQ=255) cTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGCACCATGCCACACAAGCGCAACCCggtg < 1:203886/149‑1 (MQ=255) cTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAACTTCGGCCGTGATATCACCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGACGTGTGTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGATCTTCG‑ACCATGCCACACACGCGCACCCCggagg > 4:63717/1‑149 (MQ=255) tCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCggtggg > 5:10575/1‑149 (MQ=255) tATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTgcc < 1:90979/149‑1 (MQ=255) ttGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGGTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTgccg < 6:115790/148‑1 (MQ=255) gTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGATTTCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGAt > 2:284011/1‑149 (MQ=255) ttGCCGGCAGCCTGGGCTAGTTCGTCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGTGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGGGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTTAt < 6:101051/148‑1 (MQ=255) ggCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCcacac > 5:261797/1‑111 (MQ=255) ggCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCcacac < 6:261797/111‑1 (MQ=255) ggCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCggt > 5:168432/1‑125 (MQ=255) ggCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCggt < 6:168432/125‑1 (MQ=255) aGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTg > 5:57252/1‑149 (MQ=255) gCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGc > 5:383511/1‑149 (MQ=255) ccGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGcc > 4:278169/1‑149 (MQ=255) gATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGttcttc < 5:321701/74‑1 (MQ=255) gATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGttcttc > 6:321701/1‑74 (MQ=255) tCAGCTTGCTGATGGAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCg > 7:325503/1‑137 (MQ=255) tCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCg < 8:325503/137‑1 (MQ=255) aGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGAc < 6:10575/149‑1 (MQ=255) gCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACg > 5:223439/1‑149 (MQ=255) cTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGGTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGt < 5:97480/148‑1 (MQ=255) tGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCctgctg > 1:40773/1‑137 (MQ=255) tGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCctgctg < 2:40773/137‑1 (MQ=255) tGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGCGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGCTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGAGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTc > 8:100254/1‑149 (MQ=255) gCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAg > 6:340016/1‑149 (MQ=255) cAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAg < 4:133109/148‑1 (MQ=255) | CCGAAGCGCTGGCCGAACAGCTCAAGCTGACCCTGCCCGAGCAGCCCTGGCACACCCAGCGCGACCGCCTGGTGGAGTTTGCCTCGGTATTGGGCCTGGTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCG‑ACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAG > NC_002947/1572507‑1572800 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |