New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3100009 = | 44 (0.740) | 3 (0.050) | 3/242 | NT | 7.3% | coding (788/1470 nt) | PP_2709 | long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
? | NC_002947 | 3100076 = | 35 (0.630) | coding (855/1470 nt) | PP_2709 | long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
CAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCATGTGCAGGTGCGCATCGCCGAGGATGGCGAAGT > NC_002947/3099929‑3100222 | cagcccctgtgcggttgagcgccactaccgaggcgcactcggacaacccgtaaccttcgaacaccggcaaaccgactgccTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAgg > 3:5414‑M1/81‑149 (MQ=255) aGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAg < 1:212760/147‑1 (MQ=255) aGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTACTCGCGCGGGCCGAgg < 6:124417/148‑1 (MQ=255) gtgCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGGTGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGt < 8:186103/148‑1 (MQ=255) cTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGt < 3:5696/149‑1 (MQ=255) gagCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGc < 1:16721/149‑1 (MQ=255) cTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGgt > 5:355862/1‑149 (MQ=255) gATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGgtgt > 5:335358/1‑149 (MQ=255) aTCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGgtgt < 4:373550/148‑1 (MQ=255) gCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGt > 8:281140/1‑148 (MQ=255) cGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTAc > 7:1053/1‑149 (MQ=255) gggTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTg > 8:64618/1‑149 (MQ=255) gTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTc < 5:366919/149‑1 (MQ=255) aCAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCgg < 8:1053/148‑1 (MQ=255) cGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTg < 7:64618/149‑1 (MQ=255) gcgcGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACgg < 7:68893/117‑1 (MQ=255) gcgcGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACgg > 8:68893/1‑117 (MQ=255) cgGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAAcc < 6:355862/149‑1 (MQ=255) gCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGca < 7:99719/149‑1 (MQ=255) gCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGca > 4:22134/1‑149 (MQ=255) gggTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCt < 1:208661/149‑1 (MQ=255) cctcggcccgcgcgagcaggcttggcgatacccgagccccgcctaccgccaccaaacgcagtgggccgaGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGGTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCtg > 3:5414‑M2/70‑149 (MQ=255) gTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCtgt > 8:216944/1‑149 (MQ=255) tcggcccgcgcgagcaggcttggcgatacccgagccccgcctaccgccaccaaacgcagtgggccgaGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCtgtg > 5:257118‑M2/68‑149 (MQ=255) CCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGCCCCtgtgcggtt > 3:22134‑M1/1‑146 (MQ=255) CACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCt > 7:216944‑M1/1‑149 (MQ=255) gcgcgagcaggcttggcgatacccgagccccgcctaccgccaccaaacgcagtgggccgaGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTg < 6:257118‑M2/89‑1 (MQ=255) cGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGa < 6:290110/148‑1 (MQ=255) tggCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCACGCGCGGGCCCAGGCAGTCGGTTTGCCCGTGTTCGAAGGTTACGGCTAGTCCGACTGCGCATCGGTAGTGGCGCTCAACCCCACAGGGGCTGTGCGCCCTCGGAGCGTCgg > 2:116164/1‑148 (MQ=255) ggCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGc > 5:367249/1‑148 (MQ=255) gCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGGCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCaa < 5:264570/149‑1 (MQ=255) cGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAg < 7:281140/149‑1 (MQ=255) ggCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGc < 6:335358/149‑1 (MQ=255) gCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCa > 8:190165/1‑149 (MQ=255) cTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCTGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCAt > 6:149442/1‑149 (MQ=255) cGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCAtgt > 3:255705/1‑149 (MQ=255) ggTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCAtgtg > 1:77932/1‑148 (MQ=255) gTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCAtgtg > 8:222761/1‑147 (MQ=255) gCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCAtt > 3:99260/1‑132 (MQ=255) gCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCAtt < 4:99260/132‑1 (MQ=255) ccAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTg > 8:150022/1‑112 (MQ=255) cAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTgc < 4:12742/105‑1 (MQ=255) aaGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCATGTGCAGGTGCGCa > 7:329367/1‑149 (MQ=255) gaGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCATGTGCAGGTGCGCATCGCCGAGGATGGCGAAGt > 7:316020‑M2/3‑149 (MQ=255) gaGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCATGTGCAGGTGCGCATCGCCGAGGATGGCGAAGt < 4:255705‑M2/147‑1 (MQ=255) | CAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCATGTGCAGGTGCGCATCGCCGAGGATGGCGAAGT > NC_002947/3099929‑3100222 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |