New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5902127 = | 55 (0.930) | 3 (0.050) | 3/240 | NT | 5.8% | coding (910/1089 nt) | PP_5175 | HlyD family secretion protein |
? | NC_002947 | 5902217 = | 46 (0.830) | coding (820/1089 nt) | PP_5175 | HlyD family secretion protein |
GTAACGGCGGATTTCGACCTTGCGCAGTTCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCATGGGCCTGGACCTTGGGATCGTCCAGCAGGCTCAC > NC_002947/5902080‑5902364 | gTAACGGCGGATTTCGACCTTGCGCAGTTCCACCTTTTCGCCCTCGGCGACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTTGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTTGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTg < 8:211867/149‑1 (MQ=255) gTAACGGCGGATTTCGACCTTGCGCAGTTCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTg > 1:372407/1‑149 (MQ=255) tAACGGCGGATTTCGACCTTGCGCAGTTCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGc > 3:320341/1‑149 (MQ=255) cggATTTCGACCTTGCGCAGTTCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCaa < 6:311915/149‑1 (MQ=255) ggATTTCGACCTTGCGCAGTTCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTACCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAAc < 3:136309/149‑1 (MQ=255) cGACCTTGCGCAGTTCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCAt < 4:68660/148‑1 (MQ=255) aCCTTGCGCAGTTCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGGAGTAACCGTTGCCCCCAGCTGcttgcc > 8:142576/1‑144 (MQ=255) cTTGCGCAGTTCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCgg > 7:13756/1‑149 (MQ=255) gcgcAGTTCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGggcg > 1:24692/1‑149 (MQ=255) aGTTCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCAc > 7:308408/1‑149 (MQ=255) ttCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGccccc < 3:56629/127‑1 (MQ=255) ttCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGccccc > 4:56629/1‑127 (MQ=255) ccTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCtt > 6:151096/1‑148 (MQ=255) gTCGCCCTCGCCCACCACCCACCCGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATTCCGGGCGGCACGTCCTTGAGc < 6:301599/148‑1 (MQ=255) gTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGcc > 2:57656/1‑149 (MQ=255) gTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGc < 5:286819/148‑1 (MQ=255) tcgccctcgcccACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGccc < 1:57656/149‑1 (MQ=255) gccctcgcccACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCtt < 3:212271/141‑1 (MQ=255) gccctcgcccACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCtt > 4:212271/1‑141 (MQ=255) gccctcgcccACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCt < 2:24692/148‑1 (MQ=255) tcgcccACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGCTCAGTGCCCACCATGGCAGCACCAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCtt > 5:76994/1‑149 (MQ=255) gcccACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGa > 6:24918/1‑149 (MQ=255) cccACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGAc < 1:223128/149‑1 (MQ=255) ccaccaccaacgcccagggccggcccagcatcgagctgccatggtcggcactgaccaaggccttgcatgagcctgccgtgtgggtggtggCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGAcc > 8:358568‑M2/91‑149 (MQ=255) caccaccaacgcccagggccggcccagcatcgagctgccatggtcggcactgaccaaggccttgcatgagcctgccgtgtgggtggtggCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCt > 4:110019‑M2/90‑149 (MQ=255) CCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTACATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTg < 6:350901‑M1/148‑1 (MQ=255) CCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACg > 2:372407‑M1/1‑149 (MQ=255) cccagggccggcccagcatcgagctgccatggtcggcactgaccaaggccttgcatgagcctgccgtgtgggtggtggCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCg < 7:358568‑M2/71‑1 (MQ=255) aGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCttt < 4:320341/149‑1 (MQ=255) gCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTg > 1:105173/1‑148 (MQ=255) gCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTg < 2:105173/148‑1 (MQ=255) cTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTgcg > 2:294137/1‑149 (MQ=255) cTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTgcg < 2:19002/149‑1 (MQ=255) aTGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGcc > 5:122650/1‑148 (MQ=255) tGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTgcgc < 3:45219/146‑1 (MQ=255) tGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCATACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTgcgc > 4:45219/1‑146 (MQ=255) gCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGATCGCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCt > 1:68048/1‑140 (MQ=255) gCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCt < 2:68048/139‑1 (MQ=255) cAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGaca < 8:79025/149‑1 (MQ=255) tGGTCAGTGCAGACCATGGCAGATCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCGTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTggg < 6:76994/148‑1 (MQ=255) gTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGt > 7:360461/1‑149 (MQ=255) gACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACg > 6:282081/1‑149 (MQ=255) ccATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTa > 2:329235/1‑149 (MQ=255) tGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGa < 6:122650/149‑1 (MQ=255) cTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCAt > 7:329058/1‑149 (MQ=255) cTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCATGGGCCTg < 2:349547/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCACTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCATGGGCCt < 5:151096/148‑1 (MQ=255) cTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCACCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCATGGGCCt < 5:368873/148‑1 (MQ=255) gccggccCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCATGGGCCTGGAcc > 3:308913/1‑149 (MQ=255) ggccCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTACATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCATGGGCCTGGACCTTg < 5:350901/149‑1 (MQ=255) cccTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCATGGGCCTGGACCTTggg < 8:308408/149‑1 (MQ=255) gTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCATGGGCCTGGACCTTGGGATCGTCca < 4:95037/149‑1 (MQ=255) ggtggtggCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCATGGGCCTGGACCTTGGGATCGTCcagc < 7:142576‑M2/140‑1 (MQ=255) tggtggCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCATGGGCCTGGACCTTGGGATCGTCCAGCAgg < 4:308913‑M2/143‑1 (MQ=255) gCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCATGGGCCTGGACCTTGGGATCGTCCAGCAGGCTCAc > 1:177669‑M2/2‑149 (MQ=255) | GTAACGGCGGATTTCGACCTTGCGCAGTTCCACCTTGTCGCCCTCGCCCACCACCCACACGGCAGGCTCATGCAAGGCCTTGGTCAGTGCCGACCATGGCAGCTCGAT‑GCTGGGCCGGCCCTGGGCGTTGGTGGTGGCAGTAACCGGTGCCCCCAACTGCATCCCGGGCGGCACGTCCTTGAGCCCTACCTTGACCTGTACGGTGCCGCTTTGCGCCGACACCGTGGGGGTGATTTCACGTACGAAGCCATGGGCCTGGACCTTGGGATCGTCCAGCAGGCTCAC > NC_002947/5902080‑5902364 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |