New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 613309 | 43 (0.710) | 3 (0.050) | 3/256 | NT | 6.5% | coding (873/1896 nt) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
? | NC_002947 | = 613380 | 45 (0.780) | coding (802/1896 nt) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
CGGCCATGTCGCACAGCCACTGGCCGAACACCGCGGAGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGC > NC_002947/613161‑613457 | cggcCATGTCGCACAGCCACTGGCCGAACACCGCGGAGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCC > 4:294969‑M1/1‑149 (MQ=255) cATGTCGCACAGCCACTGGCCGAACACCGCGGAGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCcttct > 6:46816/1‑149 (MQ=255) aTGTCGCACAGCCACTGGCCGAACACCGCGGAGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCcttctt < 7:5599/149‑1 (MQ=255) tGTCGCACAGCCACTGGCCGAACACCGCGGAGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTg < 3:266114/149‑1 (MQ=255) tCGCACAGCCACTGGCCGAACACCGCGGAGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCcttct < 1:160722/145‑1 (MQ=255) tCGCACAGCCACTGGCCGAACACCGCGGAGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCcttct > 2:160722/1‑145 (MQ=255) cGCACAGCCACTGGCCGAACACCGCGGAGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTc < 8:54547/149‑1 (MQ=255) cACTGGCCGAACACCGCGGAGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCGCATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACAt < 1:97333/149‑1 (MQ=255) cgGAGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCg > 8:99527/1‑144 (MQ=255) cgGAGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCg < 7:99527/144‑1 (MQ=255) aGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTc < 2:14336/149‑1 (MQ=255) tttCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCaccatgatcgccaccctgcgcaacatgcgtgacctgaaag > 7:244353‑M1/1‑109 (MQ=255) tttCGGGCCGCTGGCTATCTTCGCCGCGGCGGCCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTAGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCCAAGCCTTTGCACATCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGCGCCTTTCAGGt > 8:338437/1‑149 (MQ=255) ccGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCAt > 8:151402/1‑149 (MQ=255) ggCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCGGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTgc > 1:30684/1‑149 (MQ=255) tttCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTcaccac > 6:74027/1‑108 (MQ=255) tttCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTcaccac < 5:74027/108‑1 (MQ=255) cttcGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAgg < 1:229447/148‑1 (MQ=255) ttcGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGt > 4:288616/1‑149 (MQ=255) ggcgcggcgGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTgg < 8:90364/148‑1 (MQ=255) gcgcggcgGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGc > 1:57311/1‑148 (MQ=255) gcggcgGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGAt > 6:226913/1‑149 (MQ=255) gcggcgGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGAt < 8:20944/149‑1 (MQ=255) ggcggGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCa < 7:151402/149‑1 (MQ=255) ggCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCAtggt < 3:294969/149‑1 (MQ=255) ggCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCAtggt < 5:46816/149‑1 (MQ=255) ttGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTggg < 6:49815‑M2/149‑4 (MQ=255) tCGGGCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGGGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAg < 8:185294/149‑1 (MQ=255) ccggcTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCaccatgatcgccaccctgcgcaacatgcgtgacctgaaaggcccgcagttcctgcatgtggtgaccaagaagggcaaaggc < 8:244353‑M1/149‑82 (MQ=255) cggcTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGt < 5:42594/149‑1 (MQ=255) ggcTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGGCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTg < 6:45700/149‑1 (MQ=255) tCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGCCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGcc > 2:206731/1‑149 (MQ=255) cAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCaccatgatcgccaccctgcgcaacatgcgtgacctgaaaggcccgcagttcctgcatgtggtgaccaagaagggcaaaggcttcgccc < 6:209064‑M1/149‑89 (MQ=255) aTGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTCGCCGTCGATCGGGc < 7:318392/148‑1 (MQ=255) gCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGAt < 2:57311/149‑1 (MQ=255) tAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGtt > 6:172641/1‑149 (MQ=255) aGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTc > 3:328506/1‑149 (MQ=255) ccG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTcca < 5:172641/149‑1 (MQ=255) cG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTccag > 4:90753/1‑149 (MQ=255) g‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTccagc > 4:103680/1‑149 (MQ=255) g‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTccagc > 5:242579/1‑149 (MQ=255) ggTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTCCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTccagctcagc > 5:47520/1‑149 (MQ=255) gTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTg > 6:35431/1‑82 (MQ=255) aTCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTc < 4:328506/149‑1 (MQ=255) gCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAg > 7:272371/1‑149 (MQ=255) ggggCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGt < 2:30684/149‑1 (MQ=255) gggCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTgggcaaaggcttcgcccctgccgagattgacccgatcggctaccacgccatcaccaagctg < 6:209064‑M2/149‑62 (MQ=255) ggCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGc < 3:288616/149‑1 (MQ=255) gCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGcc > 7:47294/1‑149 (MQ=255) gAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTg < 5:49815/149‑1 (MQ=255) aaGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTgg < 6:242579/149‑1 (MQ=255) gCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTgggcaaaggcttcgcccctgccgagattgacccgatcggctaccacgccatcaccaagctggagccgg < 8:244353‑M2/149‑69 (MQ=255) tttGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGctct < 6:200680/127‑1 (MQ=255) tttGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGctct > 5:200680/1‑127 (MQ=255) cccaccatgatcgccaccctgcgcaacatgcgtgacctgaaaggcccgcagttcctgcatgtggtgaccaagaagggcaaaggcttcgcccctgccgagattgacccgatcggctaccacgccatcaccaagctggagccggccgacaa < 6:49815‑M1/149‑147 (MQ=255) cttcttGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGc > 5:211646/1‑149 (MQ=255) cttcttGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGCCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGc < 1:206731/149‑1 (MQ=255) | CGGCCATGTCGCACAGCCACTGGCCGAACACCGCGGAGTATTTCGGGCCGCTGGCTTTCTTCGGCGCGGCGGGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCG‑ATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGC > NC_002947/613161‑613457 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |