New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 613309 | 43 (0.710) | 3 (0.050) | 3/256 | NT | 6.5% | coding (873/1896 nt) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
? | NC_002947 | = 613380 | 45 (0.780) | coding (802/1896 nt) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase |
GGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCT > NC_002947/613232‑613527 | ggCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCAtggt < 5:46816/149‑1 (MQ=255) ggCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCAtggt < 3:294969/149‑1 (MQ=255) ttGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTggg < 6:49815‑M2/149‑4 (MQ=255) tCGGGCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGGGGTAGCCGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAg < 8:185294/149‑1 (MQ=255) cggcTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGt < 5:42594/149‑1 (MQ=255) ggcTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCGATCGGGGCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTg < 6:45700/149‑1 (MQ=255) tCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGCCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGcc > 2:206731/1‑149 (MQ=255) aTGGCGTGGTAGCCGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTCGCCGTCGATCGGGc < 7:318392/148‑1 (MQ=255) gCGTGGTAGCCGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGAt < 2:57311/149‑1 (MQ=255) tAGCCGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGtt > 6:172641/1‑149 (MQ=255) aGCCGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTc > 3:328506/1‑149 (MQ=255) ccGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTcca < 5:172641/149‑1 (MQ=255) cGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTccag > 4:90753/1‑149 (MQ=255) gATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTccagc > 5:242579/1‑149 (MQ=255) gATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTccagc > 4:103680/1‑149 (MQ=255) ggTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTCCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTccagctcagc > 5:47520/1‑149 (MQ=255) aTCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTc < 4:328506/149‑1 (MQ=255) gCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAg > 7:272371/1‑149 (MQ=255) ggggCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGt < 2:30684/149‑1 (MQ=255) gggCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTgggcaaaggcttcgcccctgccgagattgacccgatcggctaccacgccatcaccaagctg < 6:209064‑M2/149‑62 (MQ=255) ggCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGc < 3:288616/149‑1 (MQ=255) gCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGcc > 7:47294/1‑149 (MQ=255) gAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTg < 5:49815/149‑1 (MQ=255) aaGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTgg < 6:242579/149‑1 (MQ=255) gCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTgggcaaaggcttcgcccctgccgagattgacccgatcggctaccacgccatcaccaagctggagccgg < 8:244353‑M2/149‑69 (MQ=255) tttGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGctct < 6:200680/127‑1 (MQ=255) tttGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGctct > 5:200680/1‑127 (MQ=255) cttcttGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGc > 5:211646/1‑149 (MQ=255) cttcttGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGCCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGc < 1:206731/149‑1 (MQ=255) gTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTg < 6:136420/147‑1 (MQ=255) gTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTg > 5:136420/1‑147 (MQ=255) gTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCCGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGc > 4:211352/1‑149 (MQ=255) gTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCCGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGc < 3:211352/149‑1 (MQ=255) acaTGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTc < 7:338437/149‑1 (MQ=255) aTGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGGATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGAGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCt > 7:351084/1‑149 (MQ=255) tGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTc < 5:226913/149‑1 (MQ=255) gCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACgg > 3:285831/1‑149 (MQ=255) gggCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACggg > 4:148515/1‑148 (MQ=255) gggCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACggg > 2:239443/1‑148 (MQ=255) gggCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGc < 8:47294/149‑1 (MQ=255) ggCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCa > 6:376187/1‑114 (MQ=255) cTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTgggcaaaggcttcgcccctgccgagattgacccgatcggctaccacgccatcaccaagctggagccggccgacaagcccgccgcgccgaagaaagccagcggcccgaaa > 7:244353‑M2/1‑40 (MQ=255) tCAGGGCTCGCATGTTGCGCAGGGTGGCGTTCATGGAGGGCAGGGCGTTGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGAGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTc < 8:351084/148‑1 (MQ=255) aGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGc < 7:21287/93‑1 (MQ=255) aGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGc > 8:21287/1‑93 (MQ=255) gTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAgg > 6:251509/1‑149 (MQ=255) tCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGgc < 3:148515/149‑1 (MQ=255) aCGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGgcgc > 3:8978/1‑149 (MQ=255) gCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCt > 7:289201/1‑149 (MQ=255) tGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTgg > 1:68107/1‑148 (MQ=255) atggTGGCTATCATGGTGGGCAGGTCGTGTCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCTCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCGCTTGGCTTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGa < 6:47520/147‑1 (MQ=255) aGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGa < 6:211646/149‑1 (MQ=255) gtggGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTtgct < 3:103680/149‑1 (MQ=255) gtggGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTtgct < 1:239443/149‑1 (MQ=255) | GGCTTGTCGGCCGGCTCCAGCTTGGTGATGGCGTGGTAGCCGATCGGGTCAATCTCGGCAGGGGCGAAGCCTTTGCCCTTCTTGGTCACCACATGCAGGAACTGCGGGCCTTTCAGGTCACGCATGTTGCGCAGGGTGGCGATCATGGTGGGCAGGTCGTGGCCGTCGATCGGGCCGATGTAGTTCCAGCCCAGCTCTTCGAACAGCGTGCCTGGCACCAGCATGCCCTTGGCGTATTCCTCGGTGCGACGGGCAATTTCCCAGGCGCCTGGCAACCGCGACAGCACTTTCTTGCT > NC_002947/613232‑613527 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |