New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1144524 | 48 (0.800) | 3 (0.050) | 3/252 | NT | 6.2% | coding (162/414 nt) | PP_1004 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 1144578 | 45 (0.790) | coding (108/414 nt) | PP_1004 | hypothetical protein |
TTCCAGAAAGGTCAGCATCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCACGTAGGCCAGGATTCCATACGACAGGCGGGCGAGTTTCGAGCG > NC_002947/1144383‑1144670 | ttCCAGAAAGGTCAGCATCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGcgcg > 6:100288/1‑149 (MQ=255) ccAGAAAGGTCAGCATCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGt > 7:193742/1‑149 (MQ=255) ccAGAAAGGTCAGCATCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGt > 3:60013/1‑149 (MQ=255) caaGAAAGGTCAGCATCAGGCCCGCGCAACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCgg > 1:23173/3‑149 (MQ=255) cAGAAAGGTCAGCATCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCCTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGt > 1:150360/1‑148 (MQ=255) aGAAAGGTCAGCATCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTg > 5:32229/1‑148 (MQ=255) ggTCAGCATCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGc < 7:178075/149‑1 (MQ=255) ggTCAGCATCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGc < 1:39211/149‑1 (MQ=255) tCAGCATCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCgt > 2:118688/1‑149 (MQ=255) aGCATCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCgtgt < 1:346071/149‑1 (MQ=255) cATCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCTGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTgg < 4:157953/149‑1 (MQ=255) aTCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCgtgt < 8:95748/146‑1 (MQ=255) aTCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCgtgt > 7:95748/1‑146 (MQ=255) aGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGCTGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGtgtg > 1:233461/1‑145 (MQ=255) aGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGtgtg < 2:233461/144‑1 (MQ=255) cgc‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAggcg > 7:194034/1‑149 (MQ=255) cgc‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAggcg < 5:100288/149‑1 (MQ=255) c‑acaGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAggcggc > 8:271946/1‑149 (MQ=255) cagcaTGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCcagca < 6:32229/149‑1 (MQ=255) caTGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCCGCCTGGGCCGCcacacgca < 1:188122/149‑7 (MQ=255) aTGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGAt > 5:213643/1‑149 (MQ=255) aTGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGAt < 5:130817/149‑1 (MQ=255) cTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGaa < 2:23173/149‑1 (MQ=255) ggTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACcaccgagttcatcctgctggccgcctgggccgccacacgcagttcaccgcgc > 4:20316‑M1/1‑97 (MQ=255) ggTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCg > 2:156944/1‑148 (MQ=255) ggTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCg < 1:156944/148‑1 (MQ=255) gTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCggt < 5:68406/149‑1 (MQ=255) gTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCgg < 6:213643/148‑1 (MQ=255) ttGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCggtg < 7:271946/149‑1 (MQ=255) c‑gcTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGgtc < 8:300346‑M2/149‑4 (MQ=255) cTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGgtcgg > 5:281588‑M2/1‑144 (MQ=255) aCCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACcaccgagttcatcctgctggccgcctgggccgccacacgcagttcaccgcgcctgtcggc < 4:328837‑M1/147‑61 (MQ=255) cTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACcaccgagttcatcctgctggccgcctgggccgccacacgcagttcaccgcgcctgtcggcatgg < 3:20316‑M1/149‑65 (MQ=255) gcTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATcac > 6:286731/1‑148 (MQ=255) aCCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGAc < 8:194034/149‑1 (MQ=255) aCCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGAc < 8:215724/149‑1 (MQ=255) ccAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTgg < 3:178823/74‑1 (MQ=255) ccAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTgg > 4:178823/1‑74 (MQ=255) cAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAg < 4:60013/149‑1 (MQ=255) aTGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTc < 8:193742/148‑1 (MQ=255) cAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAgg < 3:107334/85‑1 (MQ=255) cAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAgg > 4:107334/1‑85 (MQ=255) cAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCACg > 5:226278/1‑148 (MQ=255) cAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCACGt < 7:300346/149‑1 (MQ=255) gAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATg > 1:72831/1‑119 (MQ=255) gAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATg < 2:72831/119‑1 (MQ=255) tGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCACGTAGGCCa < 1:118688/149‑1 (MQ=255) aGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCACGTAGGCCAGGATTCCATa > 5:293248/1‑149 (MQ=255) ccGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCACGTAGGCCAGGATTCCATAc > 2:163811/1‑148 (MQ=255) ccGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCACGTAGGCCAGGATTCCATAc > 3:368438/1‑148 (MQ=255) tctcCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCACGTAGGCCAGGATTCCATACGACAggcgg > 2:207503/1‑149 (MQ=255) ctcCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCACGTAGGCCAGGATTCCATACGACAggcgg < 1:207503/148‑1 (MQ=255) gCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCGCGTAGGCCAGGATTCCATACGACAGGCGGGCGAGt > 5:271851/1‑149 (MQ=255) ccATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGgtcggcatggctggagaaccaccggctgttcgggccaattctgcataactggcgcaacggcaaggtgatccagcgccgggccaag < 3:20316‑M2/149‑86 (MQ=255) gCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGgtcggcatggctggagaaccaccggctgttcgggccaattctgcataactggcgcaacggcaaggtgatccagcgccgggccaaggt < 4:328837‑M2/147‑88 (MQ=255) ccGACcaccgagttcatcctgctggccgcctgggccgccacacgcagttcaccgcgcctgtcggcatggctggagaaccaccggctgttcgggccaattctgcataactggcgcaacggcaaggtgatccagcgccgggccaaggtcag > 5:281588‑M1/1‑5 (MQ=255) cGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCACGTAGGCCAGGATTCCATACGACAGGCGGGCGAGTTTCGAGc < 6:226278/149‑1 (MQ=255) gACcaccgagttcatcctgctggccgcctgggccgccacacgcagttcaccgcgcctgtcggcatggctggagaaccaccggctgttcgggccaattctgcataactggcgcaacggcaaggtgatccagcgccgggccaaggtcagcg < 8:300346‑M1/149‑147 (MQ=255) gACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCACGTAGGCCAGGATTCCATACGACAGGCGGGCGAGTTTCGAGCg < 4:368438/149‑1 (MQ=255) | TTCCAGAAAGGTCAGCATCAGGCCCGCGC‑ACAGCAGCATGCTGATGGTTGC‑GCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACTGCGTGTGGCGGCCCAGGCGGCCAGCAGGATGAACTCGGTGGTCGGCAAGCCGGGAATCACAATGGCGACCAGGCCCACCCCGAGGCTCACGTAGGCCAGGATTCCATACGACAGGCGGGCGAGTTTCGAGCG > NC_002947/1144383‑1144670 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |