New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2839904 | 36 (0.600) | 3 (0.050) | 3/250 | NT | 7.8% | coding (678/678 nt) | PP_2491 | ThiJ/PfpI family protein |
? | NC_002947 | = 2839944 | 37 (0.650) | coding (638/678 nt) | PP_2491 | ThiJ/PfpI family protein |
CCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCG > NC_002947/2839756‑2840051 | ccAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCT > 7:130350‑M1/1‑149 (MQ=255) ccAACACCTCCAGCTGCCCGCAGACAGCCAGCCGGGGGCCCGCGTGCCCTTCTCGTGCGGGAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGGTGCCGGTCAGCAGCGTCGCTGGTGTGCGCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGcctcct < 4:290855/149‑1 (MQ=255) aaCACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCT > 3:94913‑M1/1‑147 (MQ=255) acacCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAg > 4:142253/1‑149 (MQ=255) acacCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAg < 8:130350/149‑1 (MQ=255) ccTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCt > 3:162618/1‑148 (MQ=255) ccTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGGCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTc < 2:126599/149‑1 (MQ=255) cTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCa < 1:350187/149‑1 (MQ=255) tCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAg > 1:59099/1‑149 (MQ=255) gACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGtt < 6:65328/148‑1 (MQ=255) gTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGagca < 8:201319/149‑1 (MQ=255) gTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGagca < 3:362402/149‑1 (MQ=255) gTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGag > 1:206012/1‑147 (MQ=255) aaaGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTa > 2:196040/1‑128 (MQ=255) aaaGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTa < 1:196040/128‑1 (MQ=255) aGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACg > 4:294590/1‑136 (MQ=255) aGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACg < 3:294590/136‑1 (MQ=255) aCGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTc > 5:24003/1‑149 (MQ=255) tCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGa > 4:94913‑M2/1‑148 (MQ=255) cTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTccgaagccaccgcccacgcgctgctcaacgtgctgagctaaggaggcc < 5:351839‑M1/149‑49 (MQ=255) tctcGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCgg > 8:189321/1‑149 (MQ=255) ctcGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCgg < 1:371779/148‑1 (MQ=255) gCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTg < 5:51844/149‑1 (MQ=255) tcctGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATcag > 8:78795/1‑149 (MQ=255) gTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTccgaagccaccgcccacgcgctgctcaacgtgctgagctaaggaggccc < 8:262926‑M1/117‑50 (MQ=255) gTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTccgaagccaccgcccacgcgctgctcaacgtgctgagctaaggaggccc > 7:262926‑M1/1‑68 (MQ=255) gTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGt > 2:110889/1‑148 (MQ=255) cccttCAGCAGCGTCGGGTGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGGGGGCGGTGGCTTCGGACGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCACCAGCCCGTCGGtgaag < 6:19742/145‑3 (MQ=255) cagcGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTAcc > 5:53188/1‑149 (MQ=255) cagcGTAGGGGCTGTGCTCGCTGGTGAAAACCACGTAGGCGAACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTCAGCAGCCCGTGGGCGGACGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCACCAGCCCGTCGGTGATGACATGTAca > 4:2283/1‑148 (MQ=255) gcGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACTTCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTg < 7:78795/149‑1 (MQ=255) gtgtGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTcggc < 3:142253/149‑1 (MQ=255) tgtgCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTcggcg < 2:206012/149‑1 (MQ=255) gtgCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTcggcgg > 1:34152/1‑149 (MQ=255) cTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGGGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGt < 8:62101/120‑1 (MQ=255) cTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGGGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGt > 7:62101/1‑120 (MQ=255) tCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCtt > 2:28467/1‑149 (MQ=255) gcgGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTg < 6:24003/148‑1 (MQ=255) gcgGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGc > 5:108745/1‑149 (MQ=255) cgGGTGTAAACCACGTAGGCGGAGATCGGGCGTCCTTAGCTCAGGACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTAGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCGCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCt < 5:123904/149‑1 (MQ=255) tGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑Ag < 7:189321/149‑1 (MQ=255) aaCCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCg > 3:360003/1‑106 (MQ=255) aaCCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCg < 4:360003/106‑1 (MQ=255) tAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCt > 8:194579/1‑148 (MQ=255) ggCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGa < 1:110889/148‑1 (MQ=255) tggggCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGTGTTCTTGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGc < 3:2283/147‑1 (MQ=255) cGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTGCCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCa > 1:344343/1‑149 (MQ=255) gggCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGaggaggcccgatgtccgcctacgtggttttcacccgcgagcacaccaccgacgctgctgaactgcaac > 7:262926‑M2/1‑49 (MQ=255) gggCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGaggaggcccgatgtccgcctacgtggttttcacccgcgagcacaccaccgacgctgctgaactgcaac < 8:262926‑M2/117‑69 (MQ=255) gggCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCa < 4:162618/148‑1 (MQ=255) ggCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGaggaggcccgatgtccgcctacgtggttttcacccgcgagcacaccaccgacgctgctgaactgcaacgttacgcgcaggaggcgcctgccgcacgagaag < 5:351839‑M2/149‑102 (MQ=255) ctTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGTAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGAACAGCAGACCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTc > 7:332552/1‑148 (MQ=255) ctTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGTCAGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTcc < 1:28467/147‑1 (MQ=255) ttAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGGCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTa < 1:353010/92‑1 (MQ=255) ttAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTCATGAGATGTa > 2:353010/1‑92 (MQ=255) tccgaagccaccgcccacgcgctgctcaacgtgctgagctaaggaggcccgatgtccgcctacgtggttttcacccgcgagcacaccaccgacgctgctgaactgcaacgttacgcgcaggaggcgcctgccgcacgagaagggcacga > 4:94913‑M1/1‑1 (MQ=255) | CCAACACCTCCAGTTGACCGTAGAAAGCCAGACGTGTGACGTCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCG > NC_002947/2839756‑2840051 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |