New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2839904 | 36 (0.600) | 3 (0.050) | 3/250 | NT | 7.8% | coding (678/678 nt) | PP_2491 | ThiJ/PfpI family protein |
? | NC_002947 | = 2839944 | 37 (0.650) | coding (638/678 nt) | PP_2491 | ThiJ/PfpI family protein |
TCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCGACCAGGAACGGCACCACCTGGGTCAGGCCTACAGCCT > NC_002947/2839797‑2840088 | tCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGa > 4:94913‑M2/1‑148 (MQ=255) tctcGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCgg > 8:189321/1‑149 (MQ=255) ctcGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCgg < 1:371779/148‑1 (MQ=255) gCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTg < 5:51844/149‑1 (MQ=255) tcctGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATcag > 8:78795/1‑149 (MQ=255) gTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGt > 2:110889/1‑148 (MQ=255) cccttCAGCAGCGTCGGGTGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGGGGGCGGTGGCTTCGGACGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCACCAGCCCGTCGGtgaag < 6:19742/145‑3 (MQ=255) cagcGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTAcc > 5:53188/1‑149 (MQ=255) cagcGTAGGGGCTGTGCTCGCTGGTGAAAACCACGTAGGCGAACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTCAGCAGCCCGTGGGCGGACGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCACCAGCCCGTCGGTGATGACATGTAca > 4:2283/1‑148 (MQ=255) gcGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACTTCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTg < 7:78795/149‑1 (MQ=255) gtgtGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTcggc < 3:142253/149‑1 (MQ=255) tgtgCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTcggcg < 2:206012/149‑1 (MQ=255) gtgCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTcggcgg > 1:34152/1‑149 (MQ=255) cTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGGGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGt > 7:62101/1‑120 (MQ=255) cTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGGGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGt < 8:62101/120‑1 (MQ=255) tCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCtt > 2:28467/1‑149 (MQ=255) gcgGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTg < 6:24003/148‑1 (MQ=255) gcgGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGc > 5:108745/1‑149 (MQ=255) cgGGTGTAAACCACGTAGGCGGAGATCGGGCGTCCTTAGCTCAGGACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTAGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCGCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCt < 5:123904/149‑1 (MQ=255) tGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑Ag < 7:189321/149‑1 (MQ=255) aaCCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCg < 4:360003/106‑1 (MQ=255) aaCCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCg > 3:360003/1‑106 (MQ=255) tAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCt > 8:194579/1‑148 (MQ=255) ggCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGa < 1:110889/148‑1 (MQ=255) tggggCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGTGTTCTTGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGc < 3:2283/147‑1 (MQ=255) cGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTGCCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCa > 1:344343/1‑149 (MQ=255) gggCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGaggaggcccgatgtccgcctacgtggttttcacccgcgagcacaccaccgacgctgctgaactgcaac < 8:262926‑M2/117‑69 (MQ=255) gggCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGaggaggcccgatgtccgcctacgtggttttcacccgcgagcacaccaccgacgctgctgaactgcaac > 7:262926‑M2/1‑49 (MQ=255) gggCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCa < 4:162618/148‑1 (MQ=255) ggCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGaggaggcccgatgtccgcctacgtggttttcacccgcgagcacaccaccgacgctgctgaactgcaacgttacgcgcaggaggcgcctgccgcacgagaag < 5:351839‑M2/149‑102 (MQ=255) ctTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGTAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGAACAGCAGACCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTc > 7:332552/1‑148 (MQ=255) ctTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGTCAGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTcc < 1:28467/147‑1 (MQ=255) ttAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGGCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTa < 1:353010/92‑1 (MQ=255) ttAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTCATGAGATGTa > 2:353010/1‑92 (MQ=255) gCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTACTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCGAc > 7:311154/1‑147 (MQ=255) tCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGa > 6:205708/1‑125 (MQ=255) tCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGa < 5:205708/125‑1 (MQ=255) cAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCGACCAgg > 5:308613/1‑148 (MQ=255) gCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCGACCAGGAAc > 4:113070/1‑149 (MQ=255) gTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCGACCAGGAACGGca > 2:319554/1‑149 (MQ=255) agcGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCGACCAGGAACGGCACCACCTg > 1:325156/1‑149 (MQ=255) gTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCGACCAGGAACGGCACCACCTGGGt > 6:372449/1‑147 (MQ=255) tcTTCGGATGAGGCCGGGTTCTTGCCCGTGATCAGAAGGCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTGTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCGACCAGGAACGGCACCACCTGGGTCAGGCCTACAGc < 8:332552/148‑1 (MQ=255) ttCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCAt < 3:40323/105‑1 (MQ=255) ttCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCGACCAGGAACGGCACCACCTg > 7:236016/1‑132 (MQ=255) ttCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCGACCAGGAACGGCACCACCTGGGTCAGGCCTACAGcct > 7:177187/1‑149 (MQ=255) ttCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCGACCAGGAACGGCACCACCTGGGTCAGGCCTACAGcct > 3:141951/1‑149 (MQ=255) ttCGCATGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGACGGTGATGACATGTACCTCCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGAACTGAGCCTTGAGCAt > 4:40323/1‑105 (MQ=255) | TCGTGCCCTTCTCGTGCGGCAGGCGCCTCCTGCGCGTAACGTTGCAGTTCAGCAGCGTCGGTGGTGTGCTCGCGGGTGAAAACCACGTAGGCGGACATCGGGCCTCCTTAGCTCAGCACGTTGAGCAGCGCGTGGGCGGTGGCTTCGGAGGAGGCCGGGTTCTGGCCCGTGATCAGCAGCCCGTCGGTGATGACATGTACCTGCCAGTCGGCGGTCTTGCTGT‑AGTGGCCGCCCTGAGCCTTGAGCATGTCCTCGACCAGGAACGGCACCACCTGGGTCAGGCCTACAGCCT > NC_002947/2839797‑2840088 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |