New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4957290 = | 75 (1.250) | 4 (0.070) | 4/258 | NT | 5.2% | coding (228/792 nt) | fliH | flagellar assembly protein FliH |
? | NC_002947 | 4957335 = | 72 (1.230) | coding (183/792 nt) | fliH | flagellar assembly protein FliH |
TCGATCTGCGTGTCCTGCTCGGCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGGGCTCAGGCTCAGGCTCCGGTTCGGGCTCCGGTTCCGGGTCG > NC_002947/4957144‑4957434 | tcGATCTGCGTGTCCTGCTCGGCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCg > 4:285418/1‑147 (MQ=255) cgtgcccgcgacctcgagggcgtggatgtgtggacgctgccaagcttcgacccggaaccggagcccgaaccggagcctgagcctgagcccgaggtcatcgaggaagtcgaggaagtgccgctggaagaagtccagccgttgaccctgg > 7:251669‑M1/148‑148 (MQ=255) gtgcccgcgacctcgagggcgtggatgcgtggacgctgccaagcttcgacccggaaccggagcccgaaccggagcctgagcctgagcccgaggtcatcgaggaagtcgaggaagtgccgctggaagaagtccagccgttgaccctgGaa > 6:25253‑M1/147‑149 (MQ=255) tgcccgcgacctcgagggcgtggatgtgtggacgctgccaagcttcgacccggaaccggagcccgaaccggagcctgagcctgagcccgaggtcatcgaggaagtcgaggaagtgccgctggaagaagtccagccgttgaccctgg < 5:369373‑M1/1‑1 (MQ=255) tGCGTGTCCTGCTCGGCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTc > 2:135884/1‑149 (MQ=255) cGTGTCCTGCTCGGCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCg < 2:102881/148‑1 (MQ=255) gtgtCCTGCTCGGCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGtt < 8:194337/149‑1 (MQ=255) gtgtCCTGCTCGGCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGtt < 8:199620/149‑1 (MQ=255) tcgagggcgtggatgtgtggacgctgccaagcttcgacccggaaccggagcccgaaccggagcctgagcctgagcccgaggtcatcgaggaagtcgaggaagtgccgctggaagaagtccagccgttgaccctgGAAGCCCTCGTTGt < 2:317753‑M1/14‑1 (MQ=255) ccTGCTCGGCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTaa > 3:285591/1‑149 (MQ=255) cTGCTAGGCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTaa < 5:28759/148‑1 (MQ=255) tGCTCGGCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGc > 5:130933/1‑149 (MQ=255) cTCGGCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGc < 4:188200/147‑1 (MQ=255) ggCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCATGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGcctcct < 1:287710/149‑1 (MQ=255) ggCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGcctcct > 5:38240/1‑149 (MQ=255) ggCTCCATCTGGTTGGCCATCAGGCGCTCGAGGCTGTCGATTTTGGTTTTCAGGGCGTCTTCGGCCTGCTGGCGAACCTT‑GAGATGGGTGCTGTGGAAGCCATCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGAt < 7:265499/149‑1 (MQ=255) ggCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGAt < 2:108773/149‑1 (MQ=255) ggCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGAt > 1:108773/1‑149 (MQ=255) 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ccGCGCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCa < 4:285591/149‑1 (MQ=255) gCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAAc < 2:130113/149‑1 (MQ=255) cggaaccggagcccgaaccggagcctgagcctgagcccgaggtcatcgaggaagtcgaggaagtgccgctggaagaagtccagccgttgaccctgGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAgg > 4:230391‑M1/96‑144 (MQ=255) cggaaccggagcccgaaccggagcctgagcctgagcccgaggtcatcgaggaagtcgaggaagtgccgctggaagaagtccagccgttgaccctgGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAgg < 3:230391‑M1/49‑1 (MQ=255) gAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACgg > 8:9101/1‑147 (MQ=255) 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tGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACgg < 3:24884/142‑1 (MQ=255) tGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACgg > 4:24884/1‑142 (MQ=255) aGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACttcttc < 6:130933/149‑1 (MQ=255) gTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACttcttc > 8:135201/1‑148 (MQ=255) tttGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGGTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACttcttc > 1:259139/1‑147 (MQ=255) 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ctGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGAt < 2:369803/147‑1 (MQ=255) ctGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGa > 3:152918/1‑149 (MQ=255) ctGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGa > 3:261266/1‑149 (MQ=255) tGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTc > 8:102896/1‑95 (MQ=255) tGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTc < 7:102896/95‑1 (MQ=255) gAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCg > 1:299547/1‑149 (MQ=255) aaCCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCgg < 3:214955/149‑1 (MQ=255) cTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑AAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGggct > 6:145580/1‑149 (MQ=255) gAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGggctcag > 1:26720/1‑149 (MQ=255) gAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGggctca < 7:83190/148‑1 (MQ=255) gAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGggctca < 4:152918/148‑1 (MQ=255) 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ggAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTCCACAGTAAAACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGGGCTCaggctcaggctcag > 1:307920/1‑147 (MQ=255) gAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGGGCTCAGGCTCAGGCTCCGGtt > 7:185166/1‑149 (MQ=255) aGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGGGCTCAGGCTCAGGCTCCGGTTCg > 6:326403/1‑149 (MQ=255) aGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGGGCTCAGGCTCAGGCTCCGGTTCg < 1:152607/149‑1 (MQ=255) aGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGGGCTCAGACTCAGGCTCCGGTTCg < 2:145162/149‑1 (MQ=255) aGCCCGCGCGCTCACCGGTGTCGAATCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGGGCTCAGGCTCAGGCTCCGGTTCg < 2:98698/149‑1 (MQ=255) ccTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGGGCTCAGGCTCAGGCTACGGTTCGGGc > 5:96797/1‑149 (MQ=255) ccTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGACCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCGCGGGCTCAGGCTCAGGCTCCGGTTCggg > 8:175996/1‑148 (MQ=255) cTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGGGCTCAGGCTCAGGCTCCGGTTCGGGCt > 4:159577/1‑149 (MQ=255) cTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGGGCTCAGGCTCAGGCTCCGGTTCGGGCt > 3:323079/1‑149 (MQ=255) 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TCGATCTGCGTGTCCTGCTCGGCAATCGGCTCCATCAGGTTGGCCATCAGCCGCTCGAGGCTGTCGAGTTTGGTTTTCAGGGCCTCTTCGGCCTCCTGGCGAACCTT‑GAGCTGGGTGCTGTGGAAGCCCTCGCGCTCACCGGTTGCGAAGCCCTCGTTGTAAGCCTCCTGACGGATGGCTTCGAGCTCTTCCAGGGTCAACGGCTGGACTTCTTC‑‑CAGCGGCACTTCCTCGACTTCCTCGATGACCTCGGGCTCAGGCTCAGGCTCCGGTTCGGGCTCCGGTTCCGGGTCG > NC_002947/4957144‑4957434 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |