New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1936355 | 48 (0.800) | 3 (0.050) | 3/258 | NT | 5.7% | coding (657/1149 nt) | PP_1736 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 1936390 | 53 (0.910) | coding (692/1149 nt) | PP_1736 | hypothetical protein |
CTGGCCAGTGCGGCGATCCCGCTGCTGTTCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGCCTGGAAGGCGATATCGAACTGCTG > NC_002947/1936257‑1936538 | ctgGCCAGTGCGGCGATCCCGCTGCTGTTCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGaaa < 1:255590/149‑1 (MQ=255) ccAGTGCGGCGATCCCGCTGCTGTTCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑g < 2:320122/149‑1 (MQ=255) ccAGTGCGGCGATCCCGCTGCTGTTCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑g < 6:314852/149‑1 (MQ=255) ccAGTGCGGCGATCCCGCTGCTGTTCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑g < 1:249293/149‑1 (MQ=255) cAGTGCGGCGATCCCGCTGCTGTTCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑g > 1:103535/1‑148 (MQ=255) aGTGCGGCGATCCCGCTGCTGTTCGCCCCGGTGCAACAGGGCGGCGAGTATTACGGCCACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑g > 1:254078/1‑147 (MQ=255) ggcgATCCCGCTGCTGTTCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGc < 7:10537/149‑1 (MQ=255) cgATCCCGCTGCTGTTCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGTTCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCa < 1:107873/149‑1 (MQ=255) ccGCTGCTGTTCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAgcgc > 4:4264/1‑148 (MQ=255) cGCTGCTGTTCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCa < 1:160928/149‑1 (MQ=255) tcgccGCCCAGTTGCACCGGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTa > 4:349807/5‑149 (MQ=255) ttCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGt > 3:19093/1‑146 (MQ=255) ttCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGt < 4:19093/146‑1 (MQ=255) ccccGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGccc > 7:340202/1‑149 (MQ=255) cccGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGccc > 6:107607/1‑148 (MQ=255) tGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCgt < 7:281907/149‑1 (MQ=255) cAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCgtgt < 3:24693/149‑1 (MQ=255) cAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCgtgt > 4:24693/1‑149 (MQ=255) tGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGtt > 3:112698/1‑148 (MQ=255) ggcgAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCgg > 5:364442/1‑149 (MQ=255) gcgAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCggg < 6:283188/149‑1 (MQ=255) cgAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGgc < 8:4830/149‑1 (MQ=255) gAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGgca < 2:254078/149‑1 (MQ=255) cGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCCGCGGGCAGCAGCCGAGcc > 2:277365/1‑149 (MQ=255) gcCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATcggc < 5:107607/149‑1 (MQ=255) gcCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATcggc < 7:332133/149‑1 (MQ=255) cAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATcggcgg > 2:7061/1‑149 (MQ=255) cAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATcggcgg < 2:103535/149‑1 (MQ=255) aGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAAc > 6:317009/1‑71 (MQ=255) aGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAAc < 5:317009/71‑1 (MQ=255) gcgcCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGcaca < 5:100685/148‑1 (MQ=255) gATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTc > 5:326981/1‑148 (MQ=255) tCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTcgggctgatcggcgccgactggcgcactgcaccgtcgccgtaatactcgccgcccagttgcaccggggcgaacagcagcgggatcgccgcactggccagcaggtgg < 6:333756‑M2/149‑107 (MQ=255) aGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGc > 4:268046/1‑136 (MQ=255) aGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGc < 3:268046/136‑1 (MQ=255) gCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTcgggctgatcggcgccgactggcgcactgcaccgtcgccgtaatactcgccgcccagtt < 6:93101‑M2/99‑60 (MQ=255) gCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTcgggctgatcggcgccgactggcgcactgcaccgtcgccgtaatactcgccgcccagtt > 5:93101‑M2/1‑40 (MQ=255) cccGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTa > 3:342063/1‑149 (MQ=255) cTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCa > 1:93628/1‑149 (MQ=255) ttGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCAt > 4:327058/1‑149 (MQ=255) gCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCAtt > 7:139640/1‑148 (MQ=255) gCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCAtt < 6:326981/148‑1 (MQ=255) gCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCAt < 3:4264/147‑1 (MQ=255) aCCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGa > 5:37905/1‑148 (MQ=255) aCCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGa > 6:240213/1‑148 (MQ=255) ccTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGa > 1:200674/1‑147 (MQ=255) tGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCCGGCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAg > 1:71672/1‑149 (MQ=255) gggCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGcc > 2:262360/1‑149 (MQ=255) ggCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGcc < 1:7061/148‑1 (MQ=255) cAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGCCTGGAAg > 2:48543/1‑149 (MQ=255) cAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAACAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGCCTGGAAg < 4:192544/149‑1 (MQ=255) gggTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGCCTGGAAGGCGat < 1:65769/149‑1 (MQ=255) ggTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑TCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGTCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCCGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGCCTGGAAGGCGata < 1:262360/149‑1 (MQ=255) gTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGCCTGGAAGGCGatat > 6:316300/1‑149 (MQ=255) tGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGCCTGGAAGGCGATATc < 4:342063/149‑1 (MQ=255) tggtggTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGCCTGGAAGGCGATATCGaa < 5:240213/149‑1 (MQ=255) gtggtCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGCCTGGAAGGCGATATCGAAct < 2:200674/149‑1 (MQ=255) tggtCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGCCTGGAAGGCGATATCGAActg > 1:293136/1‑149 (MQ=255) tCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGCCTGGAAGGCGATATCGAActgctg < 4:112698/149‑1 (MQ=255) | CTGGCCAGTGCGGCGATCCCGCTGCTGTTCGCCCCGGTGCAACTGGGCGGCGAGTATTACGGCGACGGTGCAGTGCGCCAGTCGGCGCCGATCAGCCCGGCCTTGCACCTGGGCGCCAGCCGGGTGCTGGTGGTCGGGGTCAGCGGAAACCC‑GCAGCGGCCAGCGCCACCTGTACCGCCCCAGCGTGTGTTCAGCGGGCAGCAGCCGAGCCTGGCGCAGATCGGCGGGCACATGCTCAACAGTACGTTCATTGACAGCCTGGAAGGCGATATCGAACTGCTG > NC_002947/1936257‑1936538 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |