New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2897461 = | 42 (0.700) | 3 (0.050) | 3/254 | NT | 6.5% | coding (780/945 nt) | PP_2551 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2897534 = | 46 (0.800) | coding (853/945 nt) | PP_2551 | LysR family transcriptional regulator |
GTGATTGCCAGCAGTCAGGCCGTGGCCACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTATTCGGCTGGGGATAGGTGCCTAGACTGGGG > NC_002947/2897387‑2897679 | gTGATTGCCAGCAGTCAGGCCGTGGCCACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTc > 2:100933/1‑149 (MQ=255) cgccctgcaccccgaactgcgactggcgccacaactcgaatacccggttacgcaaccagcggtgctcggccgaGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTc > 4:232684‑M1/74‑148 (MQ=255) gccctgcaccccgaactgcgactggcgccacaactcgaatacccggttacgcaaccagcggtgctcggccgaGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCgg > 1:84887‑M1/73‑149 (MQ=255) aTTGCCAGCAGTCAGGCCGTGGCCACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGc < 6:286307/149‑1 (MQ=255) gcagTCAGGCCGTGGCCACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCAc < 7:46882/149‑1 (MQ=255) gTCAGGCCGTGGCCACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGc > 4:255233/1‑149 (MQ=255) gTCAGGCCGTGGCCACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGc > 3:248639/1‑149 (MQ=255) aGGCCGTGGCCACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTg < 5:270344/148‑1 (MQ=255) gCCGTGGCCACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGtt > 2:260186/1‑149 (MQ=255) cGTGGCCACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGc < 1:100933/149‑1 (MQ=255) ccACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGTCCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGtt > 1:263885/1‑142 (MQ=255) ccACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGtt < 2:263885/142‑1 (MQ=255) cACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAAcc > 3:100002/1‑149 (MQ=255) ccGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTc > 8:27903/1‑149 (MQ=255) cGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTGATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCTCCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCa < 1:231298/149‑1 (MQ=255) gCAACTGAGCCGCTTTCATGACCTGGCCTGGCGACGACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGt < 8:164262/149‑1 (MQ=255) cAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGCCCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGGATTCGAGTTGTGGCGGCAGTc > 3:157949/1‑149 (MQ=255) cTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCa < 7:17879/149‑1 (MQ=255) gAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGt > 5:322374/1‑149 (MQ=255) ggaTGACCTGGCCAGGCGATCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTg < 6:98047/146‑1 (MQ=255) cATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTg > 3:84839/1‑147 (MQ=255) cATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTg > 4:291715/1‑147 (MQ=255) ccgaggcctgcaggcgctggtgccacacgacccagtagcgctggctgtggtcgatgaagcccagtggtcgccaggccTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAgggc > 1:84887‑M2/78‑149 (MQ=255) gaggcctgcaggcgctggtgccacacgacccagtagcgctggctgtggtcgatgaagcccagtggtcgccaggccTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAgggcg > 4:232684‑M2/76‑148 (MQ=255) ctggcctggcGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAgggcgg > 6:335545/1‑149 (MQ=255) gACCACTGGGCTTCAACGACCACAGCCAGAGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGACTGCAGGCCTAGGCCGAGCACCTCTGGTTCCGAAACCGGTAATTAGACTTCAGGCCCCAGTC‑GCACTTCGGGGTGCACGGCGGCCATGCGGGt > 2:213474/1‑149 (MQ=255) ccACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTc < 3:291715/149‑1 (MQ=255) ggCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCAt < 2:286234/148‑1 (MQ=255) ggCTTCATCCACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCa < 7:27903/147‑1 (MQ=255) ccacacgacccagtagcgctggctgtggtcgatgaagcccagtggtcgccaggccTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATag < 2:84887‑M2/93‑1 (MQ=255) tCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTa > 6:243653/1‑149 (MQ=255) cGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTAt > 6:382908/1‑149 (MQ=255) aCCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGc < 6:322374/149‑1 (MQ=255) aCCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGc > 4:195661/1‑149 (MQ=255) ccACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCg < 4:248639/149‑1 (MQ=255) cacaGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCgg > 2:260560/1‑149 (MQ=255) cacaGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGATATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCgg < 5:90639/149‑1 (MQ=255) acaGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCCGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGGTCGCCAGAGCAGCGATGCgg > 4:20504/1‑148 (MQ=255) gccagcGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GTAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAg > 7:112873/1‑149 (MQ=255) ccagcGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGc > 4:178725/1‑149 (MQ=255) agcGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTAt > 6:364972/1‑72 (MQ=255) agcGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTAt < 5:364972/72‑1 (MQ=255) gcgcTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAg < 5:382908/149‑1 (MQ=255) cgcTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAgg < 7:316332/149‑1 (MQ=255) cgcTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGCGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAgg < 1:260186/149‑1 (MQ=255) tACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTa > 7:46833/1‑149 (MQ=255) ggTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTATTCgg > 6:252613/1‑149 (MQ=255) gTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTATTCGGc > 5:318091/1‑149 (MQ=255) tCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTATTCGGCt < 4:100002/149‑1 (MQ=255) gtgtGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTATTCGGCTgg < 3:255233/149‑1 (MQ=255) gCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTATTCGGCTGGGGTTa < 4:84839/149‑1 (MQ=255) gCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTATTCGGCTGGGGAt < 2:61049/148‑1 (MQ=255) aGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTATTCGGCTGGGGATAGGTGc < 5:252613/149‑1 (MQ=255) gCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGGGAGGTTATTCGGCTGGGGATAGGt < 4:62837/140‑1 (MQ=255) gCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTATTCGGCTGGGGATAGGt > 3:62837/1‑140 (MQ=255) ggccTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTAATCGAGTTGGGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGGTATTCGGCTGGGGATAGGTGCCTAGACTggg < 3:20504‑M2/145‑1 (MQ=255) gccTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTATTCGGCTGGGGATAGGTGCCTAGACTgggg < 5:335545‑M2/146‑1 (MQ=255) cTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTCGGCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTATTCGGCTGGGGATAGGTGCCTAGACTgggg > 1:97311‑M2/2‑148 (MQ=255) | GTGATTGCCAGCAGTCAGGCCGTGGCCACGGTCCCCGAGCACATCGCCCGGCAACTGAGCCGTTTGCATGACCTGGCCTGGCGACCACTGGGCTTCATCGACCACAGCCAGCGCTACTGGGTCGTGTGGCACCAGCGCCTGCAGGCCTCGGCCGAGCACCGCTGGTTGCGTAACCGGGTATTCGAGTTGTGGCGCCAGTC‑GCAGTTCGGGGTGCAGGGCGGGCATGCGGGTTCGCCATAGCAGCTATGCGGTAAGCGAGGTTATTCGGCTGGGGATAGGTGCCTAGACTGGGG > NC_002947/2897387‑2897679 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |