New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3590042 = | 49 (0.810) | 4 (0.070) | 3/250 | NT | 8.3% | coding (563/1251 nt) | nicP‑I | porin‑like protein |
? | NC_002947 | 3590096 = | 42 (0.740) | coding (617/1251 nt) | nicP‑I | porin‑like protein |
GTGAGTTTGAGCTCGTCGGAAATCGACGGGCTGACTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGACTGGGTACTCAGTGCCAACCTGGGT > NC_002947/3589948‑3590244 | gTGAGTTTGAGCTCGTCGGAAATCGACGGGCTGACTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCaa < 3:62927/149‑1 (MQ=255) acaaagccttgttggtagatgtcctccagctgaccgtaccaaaggctgacgctgctttggttggcattgaacgcatagtccccacccacatagtTGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCaa > 3:336240‑M1/95‑149 (MQ=255) aaagccttgttggtagatgtcctccagctgaccgtaccaaaggctgacgctgctttggttggcattgaacgcatagtccccacccacatagtTGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCaa > 5:252941‑M1/93‑147 (MQ=255) aaagccttgttggtagatgtcctccagctgaccgtaccaaaggctgacgctgctttggttggcattgaacgcatagtccccacccacatagtTGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCaa < 6:252941‑M1/55‑1 (MQ=255) gTTTGAGCTCGTCGGAAATCGACGGGCTGACTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAAGCACACACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTAGGCCATGTGCAGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTAt > 1:164647/1‑149 (MQ=255) agccttgttggtagatgtcctccagctgaccgtaccaaaggctgacgctgctttggttggcattgaacgcatagtccccacccacatagtTGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTAt > 8:62049‑M1/91‑149 (MQ=255) gtcgGAAATCGACGGGCTGACTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAGGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGtgggtggg > 2:203154/1‑148 (MQ=255) tcgGAAATCGACGGGCTGACTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGa < 6:342335/149‑1 (MQ=255) aTCGACGGGCTGACTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGc < 4:284019/149‑1 (MQ=255) gACGGGCTGACTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAGGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGt < 1:203154/148‑1 (MQ=255) gACGGGCTGACTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGATGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGt < 8:104720/148‑1 (MQ=255) aCGTGCTGACTTTTCAGGCCGGGCACTTGAAAAGCAGCCACCTGCGTTACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTTGGTGTGGACTATGCGTTc < 2:164647/149‑1 (MQ=255) aCGGGCTGACTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTc < 1:177773/149‑1 (MQ=255) aCGGGCTGACTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTc < 1:183488/149‑1 (MQ=255) gCTGACTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATg < 8:347468/149‑1 (MQ=255) cTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGccaac < 6:253392/149‑1 (MQ=255) cAGGCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCaaa < 1:271605/148‑1 (MQ=255) aGGCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAag > 2:324930/1‑148 (MQ=255) ggCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAag > 1:46886/1‑147 (MQ=255) ccGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAagcagc < 5:372725/149‑1 (MQ=255) gggCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCg > 8:276561/1‑148 (MQ=255) ttGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCt > 3:265070/1‑149 (MQ=255) aaaaGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGTGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCttt < 5:245592/148‑1 (MQ=255) aaGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTgg > 4:40192/1‑148 (MQ=255) aaGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGt < 1:324930/149‑1 (MQ=255) ccaccTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGtt > 5:35304/1‑111 (MQ=255) ccaccTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGt > 1:7136/1‑148 (MQ=255) ccaccTGAGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGTTGAACGCGATGCTCGTCCATGTGCCGATGCGAGAGGCCGAAAGCTACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGtt < 6:35304/111‑1 (MQ=255) tGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTg > 4:132504/1‑149 (MQ=255) cGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTgg < 3:40192/148‑1 (MQ=255) tAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTggag > 7:73385/1‑148 (MQ=255) cGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACa < 2:7136/149‑1 (MQ=255) gCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAgg < 6:234399/148‑1 (MQ=255) gCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGc > 3:147517/1‑149 (MQ=255) atagttgaacgcgtcgctttcggcctgtcgcatcggcacatggccgagcatcgcgttcaACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCt > 8:62049‑M2/60‑149 (MQ=255) aaGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCtt > 6:194961/1‑149 (MQ=255) gATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTttg > 6:75735/1‑149 (MQ=255) ttgaacgcgtcgctttcggcctgtcgcatcggcacatggccgagcatcgcgttcaACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCttt > 5:252941‑M2/56‑147 (MQ=255) ttgaacgcgtcgctttcggcctgtcgcatcggcacatggccgagcatcgcgttcaACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCttt < 6:252941‑M2/92‑1 (MQ=255) ttgaacgcgtcgctttcggcctgtcgcatcggcacatggccgagcatcgcgttcaACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTttgt > 3:336240‑M2/56‑149 (MQ=255) AACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAAGCCTTGTTgg > 8:59981‑M1/1‑149 (MQ=255) aTGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGaa < 3:61838/149‑1 (MQ=255) tGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAg < 8:73385/149‑1 (MQ=255) cATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCa > 5:244159/1‑148 (MQ=255) gACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGAc > 4:305187/1‑149 (MQ=255) gACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGAc > 1:360724/1‑149 (MQ=255) aGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCAGATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGACTg > 1:86940/1‑149 (MQ=255) gCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCgg > 2:372391/1‑140 (MQ=255) gCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCgg < 1:372391/140‑1 (MQ=255) cGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGACTGGGTAc > 8:260783/1‑149 (MQ=255) aaaGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCgg > 8:90444/1‑136 (MQ=255) aaaGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCgg < 7:90444/136‑1 (MQ=255) aaGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGACTGGGTACTCa < 7:260783/149‑1 (MQ=255) gCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGTCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGACTGGGTACTCAGt < 4:147517/149‑1 (MQ=255) gCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGACTGGGTACTCAGt < 7:65921/149‑1 (MQ=255) gttcaACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGACTGGGTACTCAGTGCCAAcc > 4:39036‑M2/6‑149 (MQ=255) ttcaACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGACTGGGTACTCAGTGCCAACCt > 3:89187‑M2/5‑149 (MQ=255) tcaACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGACTGGGTACTCAGTGCCAACCTg > 2:19674‑M2/4‑149 (MQ=255) caACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGACTGGGTACTCAGTGCCAACCTgg > 7:104102‑M2/3‑149 (MQ=255) aCTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGACTGGGTACTCAGTGCCAACCTGGGt < 5:194961/149‑1 (MQ=255) | GTGAGTTTGAGCTCGTCGGAAATCGACGGGCTGACTATGCAGGCCGGGCACTTGAAAAGCACCCACCTGCGTAACGAAGGTGGCGATGGCAAGATGAACGCGATGCTCGGCCATGTGCCGATGCGACAGGCCGAAAGCGACGCGTTCAACTATGTGGGTGGGGACTATGCGTTCA‑ATGCCAACCAAAGCAGCGTCAGCCTTTGGTACGGTCAGCTGGAGGACATCTACCAACAAGGCTTTGTTGGCCTGAAGCACAGCAAACCCGTCGGCGACTGGGTACTCAGTGCCAACCTGGGT > NC_002947/3589948‑3590244 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |