New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4698498 | 66 (1.100) | 6 (0.100) | 6/256 | NT | 8.6% | coding (2190/2655 nt) | kdpD | sensor protein |
? | NC_002947 | = 4698541 | 64 (1.110) | coding (2147/2655 nt) | kdpD | sensor protein |
ATGCACGAACAGCAATGGCAGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGCCGGGATCGCATCGCCCAACGCCAACAGGCTGTCGATGCTGCCACGCATGGC > NC_002947/4698396‑4698683 | aTGCACGAACAGCAATGGCAGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAggc < 2:112005‑M2/149‑4 (MQ=255) cACGAACAGCAATGGCAGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCCGGGGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAggcgg > 1:119183‑M2/1‑143 (MQ=255) aaCAGCAATGGCAGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCCCTGG‑GAGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGt > 1:307908/1‑148 (MQ=255) aaCAGCAATGGCAGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCAt > 4:352795/1‑149 (MQ=255) aCAGCAATGGCAGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCAt < 8:98136/148‑1 (MQ=255) aCAGCAATGGCAGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATg > 8:143472/1‑149 (MQ=255) cAATGGCAGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTc > 7:232428/1‑147 (MQ=255) aaTGGCAGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCcag < 8:340458/149‑1 (MQ=255) tGGCAGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCcag > 5:44464/1‑147 (MQ=255) gCAGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAgg > 3:122426/1‑149 (MQ=255) aGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGtt < 6:155740/149‑1 (MQ=255) aGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGtt > 6:105951/1‑149 (MQ=255) aGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGtt > 4:202586/1‑149 (MQ=255) cggtcggCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCATCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTgg < 1:180685/149‑1 (MQ=255) ggtcggCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGa < 5:351136/149‑1 (MQ=255) tcggCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATg < 2:108694/149‑1 (MQ=255) tcggCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATg > 1:108694/1‑149 (MQ=255) ggCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATg > 8:308609/1‑147 (MQ=255) 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(MQ=255) tgCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCg > 5:130874/1‑149 (MQ=255) acGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCgg < 6:44464/149‑1 (MQ=255) acGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCgg > 1:218351/1‑149 (MQ=255) gCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GCAGGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGATTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGAAGGTTCTGGATGTGGCGATCGAGGGGTTCGGc > 1:289818/1‑149 (MQ=255) gCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGc > 8:53583/1‑148 (MQ=255) 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cgcCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGGGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTAc < 2:69300/149‑1 (MQ=255) gcCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACg > 3:144292/1‑149 (MQ=255) cAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACggg < 7:53583/149‑1 (MQ=255) aGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGt < 3:202586/149‑1 (MQ=255) gCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTg < 3:193980/149‑1 (MQ=255) gCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTg < 2:218351/149‑1 (MQ=255) accaccCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGcc > 1:52840/1‑149 (MQ=255) cccGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTg > 2:341269/1‑143 (MQ=255) cccGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTg < 1:341269/143‑1 (MQ=255) cGCAGTCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATCTCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCcag < 4:241446/149‑1 (MQ=255) cGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCcag < 5:224157/149‑1 (MQ=255) cAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCcag > 4:129192/1‑147 (MQ=255) tGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGTGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCgc‑gg > 7:54893/1‑149 (MQ=255) aGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGTGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCgc‑ggcg < 8:54893/149‑1 (MQ=255) gcgcACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGc‑ggcgg < 8:232428/149‑1 (MQ=255) ccGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGc > 7:163766/1‑149 (MQ=255) ccGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGc < 8:163766/149‑1 (MQ=255) gacgaTATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGCCg < 2:52840/149‑1 (MQ=255) gaTATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAggcggatatcgtcggcagtgcgctcaaccgcctgcgggtggtgctggcgccgctgcgtgtgcacacggacgtgccgaccgagctgccattgctgt < 2:141014‑M2/148‑96 (MQ=255) gaTATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAggcggatatcgtcggcagtgcgctcaaccgcctgcgggtggtgctggcgccgctgcgtgtgcacacggacgtgccgaccgagctgccattgctgt > 1:141014‑M2/1‑53 (MQ=255) gaTATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGCCGGGa > 8:140891/1‑149 (MQ=255) atCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTGGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGCCGGGatcg > 6:14502/1‑149 (MQ=255) tCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGCCGGGatcg < 2:307908/148‑1 (MQ=255) cc‑‑gc‑cgGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAggcggatatcgtcggcagtgcgctcaaccgcctgcgggtggtgctggcgccgctgcgtgtgcacacggacgtgccgaccgagctgccattgctgttcgtg < 1:328184‑M2/148‑101 (MQ=255) cgGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAggcggatatcgtcggcagtgcgctcaaccgcctgcgggtggtgctggcgccgctgcgtgtgcacacggacgtgccgaccgagctgccattgctg < 5:113353‑M2/138‑95 (MQ=255) cgGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAggcggatatcgtcggcagtgcgctcaaccgcctgcgggtggtgctggcgccgctgcgtgtgcacacggacgtgccgaccgagctgccattgctg > 6:113353‑M2/1‑44 (MQ=255) gggCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCGCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCGTCCGCCGGGATCGCATCGcc > 8:165567/1‑148 (MQ=255) gCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGCCGGGATCGCATCGCCCaa > 7:307721/1‑149 (MQ=255) gcgGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGCCGGGATCGCATCGCCCAACGCCAACAgg < 3:134082/148‑1 (MQ=255) gcgGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGCCGGGATCGCATCGCCCAACGCCAACAGGc < 3:90118/149‑1 (MQ=255) 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gccgccATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGCCGGGATCGCATCGCCCAACGCCAACAGGCTGTCGATGCTGCCAc > 4:217571/1‑149 (MQ=255) cATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGCCGGGATCGCATCGCCCAACGCCAACAGGCTGTCGATGTTGCCACGCATg < 2:373137/149‑1 (MQ=255) cATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGCCGGGATCGCATCGCCCAACGCCAACAGGCTGTCGATGCTGCCACGCATg > 6:134675/1‑149 (MQ=255) gCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCCCTGGCGGTCTTCAGCCGGGATCGCATCGCCCAACGCCAACAGGCTGTCGATGCTGCCACGCATGGc < 1:112005/148‑1 (MQ=255) | ATGCACGAACAGCAATGGCAGCTCGGTCGGCACGTCCGTGTGCACACGCAGCGGCGCCAGCACCACCCGCAGGCGGTTGAGCGCACTGCCGACGATATCC‑‑GC‑CGGGGCCACCCAGTCGCGGGCCAGCTTGAGGCCGCCATGGCCCAGGCGGGTCATGTCCAGCAGGTTCTGGATGTAGCGATCGAGGCGTTCGGCTTCGTTACGGGTGCCCTCCAGCAGCTCGC‑GGCGGTCTTCAGCCGGGATCGCATCGCCCAACGCCAACAGGCTGTCGATGCTGCCACGCATGGC > NC_002947/4698396‑4698683 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |